seq1 = pF1KE1313.tfa, 654 bp
seq2 = pF1KE1313/gi568815596f_112813013.tfa (gi568815596f:112813013_113018806), 205794 bp

>pF1KE1313 654
>gi568815596f:112813013_113018806 (Chr2)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-145  (100780-100842)   96% ->
146-265  (104117-104236)   100% ->
266-408  (104623-104765)   100% ->
409-654  (105549-105794)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTTTGTGGGGGAGAACTCAGGAGTGAAAATGGGCTCTGAGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCTTTGTGGGGGAGAACTCAGGAGTGAAAATGGGCTCTGAGGACTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAAAAGATGAACCCCAGTGCTGCTTAGAAG         ACCCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 GGAAAAAGATGAACCCCAGTGCTGCTTAGAAGGTA...CAGACCCGGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAAGCCCCCTGGAACCAGGCCCAAGCCTCCCCGCCATGAATTTTGTTCAC
         ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100789 GAAGCCCCCTGGAACCAGGCCCAAGCCTCCCCACCATGAATTTTGTTCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAA         GTCCAAAGGTGAAGAACTTAAACCCGAAGAAATTCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100839 ACAAGTA...TAGGTCCAAAGGTGAAGAACTTAAACCCGAAGAAATTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATTCATGACCAGGATCACAAAGTACTGGTCCTGGACTCTGGGAATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104154 CATTCATGACCAGGATCACAAAGTACTGGTCCTGGACTCTGGGAATCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGCAGTTCCAGATAAAAACTACATACGCCCAG         AGATCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104204 TAGCAGTTCCAGATAAAAACTACATACGCCCAGGTG...CAGAGATCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTGCATTAGCCTCATCCTTGAGCTCAGCCTCTGCGGAGAAAGGAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104631 TTTGCATTAGCCTCATCCTTGAGCTCAGCCTCTGCGGAGAAAGGAAGTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATTCTCCTGGGGGTCTCTAAAGGGGAGTTTTGTCTCTACTGTGACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104681 GATTCTCCTGGGGGTCTCTAAAGGGGAGTTTTGTCTCTACTGTGACAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATAAAGGACAAAGTCATCCATCCCTTCAGCTGAAG         AAGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104731 ATAAAGGACAAAGTCATCCATCCCTTCAGCTGAAGGTG...CAGAAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAACTGATGAAGCTGGCTGCCCAAAAGGAATCAGCACGCCGGCCCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105555 AAACTGATGAAGCTGGCTGCCCAAAAGGAATCAGCACGCCGGCCCTTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTTTATAGGGCTCAGGTGGGCTCCTGGAACATGCTGGAGTCGGCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105605 CTTTTATAGGGCTCAGGTGGGCTCCTGGAACATGCTGGAGTCGGCGGCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCCCGGATGGTTCATCTGCACCTCCTGCAATTGTAATGAGCCTGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105655 ACCCCGGATGGTTCATCTGCACCTCCTGCAATTGTAATGAGCCTGTTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGACAGATAAATTTGAGAACAGGAAACACATTGAATTTTCATTTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105705 GTGACAGATAAATTTGAGAACAGGAAACACATTGAATTTTCATTTCAACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGTTTGCAAAGCTGAAATGAGCCCCAGTGAGGTCAGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105755 AGTTTGCAAAGCTGAAATGAGCCCCAGTGAGGTCAGCGAT