seq1 = pF1KE1312.tfa, 1440 bp
seq2 = pF1KE1312/gi568815596f_201029866.tfa (gi568815596f:201029866_201263970), 234105 bp

>pF1KE1312 1440
>gi568815596f:201029866_201263970 (Chr2)

1-281  (100001-100281)   100% ->
282-387  (103164-103269)   100% ->
388-523  (106107-106242)   100% ->
524-606  (110492-110574)   100% ->
607-661  (115513-115567)   100% ->
662-711  (119138-119187)   100% ->
712-793  (119889-119970)   100% ->
794-1304  (130567-131077)   100% ->
1305-1440  (133970-134105)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGCTGAAGTCATCCATCAGGTTGAAGAAGCACTTGATACAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGCTGAAGTCATCCATCAGGTTGAAGAAGCACTTGATACAGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGAGATGCTGCTCTTTTTGTGCCGGGATGTTGCTATAGATGTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGAGATGCTGCTCTTTTTGTGCCGGGATGTTGCTATAGATGTGGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACCTAATGTCAGGGACCTTCTGGATATTTTACGGGAAAGAGGTAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACCTAATGTCAGGGACCTTCTGGATATTTTACGGGAAAGAGGTAAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTGTCGGGGACTTGGCTGAACTGCTCTACAGAGTGAGGCGATTTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCTGTCGGGGACTTGGCTGAACTGCTCTACAGAGTGAGGCGATTTGACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTCAAACGTATCTTGAAGATGGACAGAAAAGCTGTGGAGACCCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTCAAACGTATCTTGAAGATGGACAGAAAAGCTGTGGAGACCCACCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAGGAACCCTCACCTTGTTTCGGACTATAG         AGTGCTGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100251 TCAGGAACCCTCACCTTGTTTCGGACTATAGGTA...CAGAGTGCTGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCAGAGATTGGTGAGGATTTGGATAAATCTGATGTGTCCTCATTAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103174 GCAGAGATTGGTGAGGATTTGGATAAATCTGATGTGTCCTCATTAATTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTCATGAAGGATTACATGGGCCGAGGCAAGATAAGCAAGGAGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103224 CCTCATGAAGGATTACATGGGCCGAGGCAAGATAAGCAAGGAGAAGGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388      AGTTTCTTGGACCTTGTGGTTGAGTTGGAGAAACTAAATCTGGTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103274 ..TAGAGTTTCTTGGACCTTGTGGTTGAGTTGGAGAAACTAAATCTGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCCCAGATCAACTGGATTTATTAGAAAAATGCCTAAAGAACATCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106152 GCCCCAGATCAACTGGATTTATTAGAAAAATGCCTAAAGAACATCCACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AATAGACCTGAAGACAAAAATCCAGAAGTACAAGCAGTCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106202 AATAGACCTGAAGACAAAAATCCAGAAGTACAAGCAGTCTGGTA...TAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTCAAGGAGCAGGGACAAGTTACAGGAATGTTCTCCAAGCAGCAATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110492 TTCAAGGAGCAGGGACAAGTTACAGGAATGTTCTCCAAGCAGCAATCCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAGAGTCTCAAGGATCCTTCAAATAACTTCAGG         CTCCATAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 110542 AAGAGTCTCAAGGATCCTTCAAATAACTTCAGGGTG...AAGCTCCATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGGAGAAGTAAAGAACAAAGACTTAAGGAACAGCTTGGCGCTCAAC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115521 TGGGAGAAGTAAAGAACAAAGACTTAAGGAACAGCTTGGCGCTCAACGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662       AAGAACCAGTGAAGAAATCCATTCAGGAATCAGAAGCTTTTTTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115571 ...CAGAAGAACCAGTGAAGAAATCCATTCAGGAATCAGAAGCTTTTTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTCAG         AGCATACCTGAAGAGAGATACAAGATGAAGAGCAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119182 CCTCAGGTA...CAGAGCATACCTGAAGAGAGATACAAGATGAAGAGCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCCCCTAGGAATCTGCCTGATAATCGATTGCATTGGCAATGAGACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 119924 GCCCCTAGGAATCTGCCTGATAATCGATTGCATTGGCAATGAGACAGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    794       AGCTTCTTCGAGACACCTTCACTTCCCTGGGCTATGAAGTCCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119974 ...CAGAGCTTCTTCGAGACACCTTCACTTCCCTGGGCTATGAAGTCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAATTCTTGCATCTCAGTATGCATGGTATATCCCAGATTCTTGGCCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130611 AAATTCTTGCATCTCAGTATGCATGGTATATCCCAGATTCTTGGCCAATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGCCTGTATGCCCGAGCACCGAGACTACGACAGCTTTGTGTGTGTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130661 TGCCTGTATGCCCGAGCACCGAGACTACGACAGCTTTGTGTGTGTCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGAGCCGAGGAGGCTCCCAGAGTGTGTATGGTGTGGATCAGACTCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130711 TGAGCCGAGGAGGCTCCCAGAGTGTGTATGGTGTGGATCAGACTCACTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGGCTCCCCCTGCATCACATCAGGAGGATGTTCATGGGAGATTCATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130761 GGGCTCCCCCTGCATCACATCAGGAGGATGTTCATGGGAGATTCATGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TTATCTAGCAGGGAAGCCAAAGATGTTTTTTATTCAGAACTATGTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130811 TTATCTAGCAGGGAAGCCAAAGATGTTTTTTATTCAGAACTATGTGGTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAGAGGGCCAGCTGGAGGACAGCAGCCTCTTGGAGGTGGATGGGCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130861 CAGAGGGCCAGCTGGAGGACAGCAGCCTCTTGGAGGTGGATGGGCCAGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATGAAGAATGTGGAATTCAAGGCTCAGAAGCGAGGGCTGTGCACAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130911 ATGAAGAATGTGGAATTCAAGGCTCAGAAGCGAGGGCTGTGCACAGTTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCGAGAAGCTGACTTCTTCTGGAGCCTGTGTACTGCGGACATGTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130961 CCGAGAAGCTGACTTCTTCTGGAGCCTGTGTACTGCGGACATGTCCCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGGAGCAGTCTCACAGCTCACCATCCCTGTACCTGCAGTGCCTCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131011 TGGAGCAGTCTCACAGCTCACCATCCCTGTACCTGCAGTGCCTCTCCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AAACTGAGACAAGAAAG         AAAACGCCCACTCCTGGATCTTCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 131061 AAACTGAGACAAGAAAGGTG...CAGAAAACGCCCACTCCTGGATCTTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CATTGAACTCAATGGCTACATGTATGATTGGAACAGCAGAGTTTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133994 CATTGAACTCAATGGCTACATGTATGATTGGAACAGCAGAGTTTCTGCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AGGAGAAATATTATGTCTGGCTGCAGCACACTCTGAGAAAGAAACTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134044 AGGAGAAATATTATGTCTGGCTGCAGCACACTCTGAGAAAGAAACTTATC

   1500     .    :
   1429 CTCTCCTACACA
        ||||||||||||
 134094 CTCTCCTACACA