seq1 = pF1KE1311.tfa, 1407 bp
seq2 = pF1KE1311/gi568815588f_110776028.tfa (gi568815588f:110776028_110998085), 222058 bp

>pF1KE1311 1407
>gi568815588f:110776028_110998085 (Chr10)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-346  (105206-105508)   99% ->
347-441  (106976-107070)   100% ->
442-555  (109226-109339)   100% ->
556-777  (111638-111859)   100% ->
778-875  (113506-113603)   100% ->
876-990  (114529-114643)   100% ->
991-1098  (118064-118171)   100% ->
1099-1209  (118385-118495)   100% ->
1210-1349  (119921-120060)   100% ->
1350-1407  (122001-122058)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGTAGAAAATGAGCAGATACTGAATGTAAACCCTGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGGATGTAGAAAATGAGCAGATACTGAATGTAAACCCTGCAGGTA...A

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   ATCCTGATAACTTAAGTGACTCTCTCTTTTCCGGTGATGAAGAAAATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105204 AGATCCTGATAACTTAAGTGACTCTCTCTTTTCCGGTGATGAAGAAAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGGGACTGAGGAAGTAAAGAATGAAATAAATGGAAATTGGATTTCAGCA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105254 CTGGGACTGAGGAAATAAAGAATGAAATAAATGGAAATTGGATTTCAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACTCCATTAACGAAGCTAGAATTAATGCCAAGGCAAAAAGGCGACTAAG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105304 TCCTCCATTAACGAAGCTAGAATTAATGCCAAGGCAAAAAGGCGACTAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAAAACTCATCCCGGGACTCTGGCAGAGGCGATTCGGTCAGCGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105354 GAAAAACTCATCCCGGGACTCTGGCAGAGGCGATTCGGTCAGCGACAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGAGTGACGCCCTTAGAAGTGGATTAACTGTGCCAACCAGTCCAAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105404 GGAGTGACGCCCTTAGAAGTGGATTAACTGTGCCAACCAGTCCAAAGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGTTGCTGGATAGGCGATCCAGATCTGGGAAAGGAAGGGGACTACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105454 AGGTTGCTGGATAGGCGATCCAGATCTGGGAAAGGAAGGGGACTACCAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAAG         GTGGTGCAGGAGGCAAAGGTGTCTGGGGTACACCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105504 GAAAGGTT...CAGGTGGTGCAGGAGGCAAAGGTGTCTGGGGTACACCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GACAGGTGTATGATGTGGAGGAGGTGGATGTGAAAGATCCTAACTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107012 GACAGGTGTATGATGTGGAGGAGGTGGATGTGAAAGATCCTAACTATGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATGACCAG         GAGAACTGTGTTTATGAAACTGTAGTTTTGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107062 GATGACCAGGTA...AAGGAGAACTGTGTTTATGAAACTGTAGTTTTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTGGATGAAAGGGCATTTGAGAAGACTTTAACACCAATCATACAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109258 TTTGGATGAAAGGGCATTTGAGAAGACTTTAACACCAATCATACAGGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATTTTGAGCATGGAGATACTAATGAAGTTGCG         GAAATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 109308 ATTTTGAGCATGGAGATACTAATGAAGTTGCGGTA...CAGGAAATGTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGAGATTTAAATCTTGGTGAAATGAAAAGTGGAGTACCAGTGTTGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111647 AGAGATTTAAATCTTGGTGAAATGAAAAGTGGAGTACCAGTGTTGGCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATCCTTAGCATTGGAGGGGAAGGCTAGTCATAGAGAGATGACATCTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111697 ATCCTTAGCATTGGAGGGGAAGGCTAGTCATAGAGAGATGACATCTAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTCTTTCTGACCTTTGTGGGACAGTAATGAGCACAACTGATGTGGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111747 TTCTTTCTGACCTTTGTGGGACAGTAATGAGCACAACTGATGTGGAAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCATTTGATAAATTGTTGAAAGATCTACCTGAATTAGCACTGGATACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111797 TCATTTGATAAATTGTTGAAAGATCTACCTGAATTAGCACTGGATACTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TAGAGCACCACAG         TTGGTGGGCCAGTTTATTGCTAGAGCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111847 TAGAGCACCACAGGTT...CAGTTGGTGGGCCAGTTTATTGCTAGAGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTGGAGATGGAATTTTATGTAATACCTATATTGATAGTTACAAAGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113534 TTGGAGATGGAATTTTATGTAATACCTATATTGATAGTTACAAAGGAACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTAGATTGTGTGCAGGCTAG         AGCTGCTCTGGATAAGGCTAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 113584 GTAGATTGTGTGCAGGCTAGGTA...TAGAGCTGCTCTGGATAAGGCTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGTGCTTCTGAGTATGTCTAAAGGTGGAAAGCGTAAAGATAGTGTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114550 CGTGCTTCTGAGTATGTCTAAAGGTGGAAAGCGTAAAGATAGTGTGTGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCTCTGGAGGTGGGCAGCAATCTGTCAATCACCTTGTTAAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 114600 GCTCTGGAGGTGGGCAGCAATCTGTCAATCACCTTGTTAAAGAGGTA...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    991    ATTGATATGCTGCTGAAAGAATATTTACTCTCTGGAGACATATCTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118061 TAGATTGATATGCTGCTGAAAGAATATTTACTCTCTGGAGACATATCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGCTGAACATTGCCTTAAGGAACTGGAAGTACCTCATTTTCACCATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118111 AGCTGAACATTGCCTTAAGGAACTGGAAGTACCTCATTTTCACCATGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTGTATATGAA         GCTATTATAATGGTTTTAGAGTCAACTGGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118161 TTGTATATGAAGTA...TAGGCTATTATAATGGTTTTAGAGTCAACTGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAAAGTACATTTAAGATGATTTTGGATTTATTAAAGTCCCTTTGGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118415 GAAAGTACATTTAAGATGATTTTGGATTTATTAAAGTCCCTTTGGAAGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TTCTACCATTACTGTAGACCAAATGAAAAGA         GGTTATGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 118465 TTCTACCATTACTGTAGACCAAATGAAAAGAGTA...TAGGGTTATGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GAATTTACAATGAAATTCCGGACATTAATCTGGATGTCCCACATTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119931 GAATTTACAATGAAATTCCGGACATTAATCTGGATGTCCCACATTCATAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCTGTGCTGGAGCGGTTTGTAGAAGAATGTTTTCAGGCTGGAATAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119981 TCTGTGCTGGAGCGGTTTGTAGAAGAATGTTTTCAGGCTGGAATAATTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAAACAACTCAGAGATCTTTGTCCTTCAAG         GGGCAGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 120031 CAAACAACTCAGAGATCTTTGTCCTTCAAGGTA...CAGGGGCAGAAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1361 GTTTTGTAAGCGAAGGAGATGGAGGTCGTCTTAAACCAGAGAGCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122012 GTTTTGTAAGCGAAGGAGATGGAGGTCGTCTTAAACCAGAGAGCTAC