seq1 = pF1KE1310.tfa, 1191 bp
seq2 = pF1KE1310/gi568815582f_57272569.tfa (gi568815582f:57272569_57483029), 210461 bp

>pF1KE1310 1191
>gi568815582f:57272569_57483029 (Chr16)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-191  (107066-107186)   100% ->
192-1191  (109462-110461)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCCGATATCTCTGTCGTGGCTGCTCCGCTTGGCCACCTTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCCGATATCTCTGTCGTGGCTGCTCCGCTTGGCCACCTTCTGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGACTGTCCTGCTGGCTG         GACAGCACCACGGTGTGACGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 TCTGACTGTCCTGCTGGCTGGTA...CAGGACAGCACCACGGTGTGACGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATGCAACATCACGTGCAGCAAGATGACATCAAAGATACCTGTAGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107087 AATGCAACATCACGTGCAGCAAGATGACATCAAAGATACCTGTAGCTTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCATCCACTATCAACAGAACCAGGCATCATGCGGCAAACGCGCAATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107137 CTCATCCACTATCAACAGAACCAGGCATCATGCGGCAAACGCGCAATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          CTTGGAGACGAGACAGCACAGGCTGTTCTGTGCCGACCCGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107187 GTA...TAGCTTGGAGACGAGACAGCACAGGCTGTTCTGTGCCGACCCGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGAGCAATGGGTCAAGGACGCGATGCAGCATCTGGACCGCCAGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109503 AGGAGCAATGGGTCAAGGACGCGATGCAGCATCTGGACCGCCAGGCTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCCTAACTCGAAATGGCGGCACCTTCGAGAAGCAGATCGGCGAGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109553 GCCCTAACTCGAAATGGCGGCACCTTCGAGAAGCAGATCGGCGAGGTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCCAGGACCACCCCTGCCGCCGGGGGAATGGACGAGTCTGTGGTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109603 GCCCAGGACCACCCCTGCCGCCGGGGGAATGGACGAGTCTGTGGTCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCCCGAAGCCACAGGCGAAAGCAGTAGCCTGGAGCCGACTCCTTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109653 AGCCCGAAGCCACAGGCGAAAGCAGTAGCCTGGAGCCGACTCCTTCTTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGGAAGCACAGAGGGCCCTGGGGACCTCCCCAGAGCTGCCGACGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109703 CAGGAAGCACAGAGGGCCCTGGGGACCTCCCCAGAGCTGCCGACGGGCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GACTGGTTCCTCAGGGACCAGGCTCCCCCCGACGCCAAAGGCTCAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109753 GACTGGTTCCTCAGGGACCAGGCTCCCCCCGACGCCAAAGGCTCAGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GAGGGCCTGTGGGCACGGAGCTTTTCCGAGTGCCTCCCGTCTCCACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109803 GAGGGCCTGTGGGCACGGAGCTTTTCCGAGTGCCTCCCGTCTCCACTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCCACGTGGCAGAGTTCTGCTCCCCACCAACCTGGGCCCAGCCTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109853 GCCACGTGGCAGAGTTCTGCTCCCCACCAACCTGGGCCCAGCCTCTGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGAGGCAAAGACCTCTGAGGCCCCGTCCACCCAGGACCCCTCCACCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109903 TGAGGCAAAGACCTCTGAGGCCCCGTCCACCCAGGACCCCTCCACCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCTCCACTGCGTCCTCCCCAGCCCCAGAGGAGAATGCTCCGTCTGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109953 CCTCCACTGCGTCCTCCCCAGCCCCAGAGGAGAATGCTCCGTCTGAAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAGCGTGTGTGGGGTCAGGGACAGAGCCCCAGGCCAGAGAACTCTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110003 CAGCGTGTGTGGGGTCAGGGACAGAGCCCCAGGCCAGAGAACTCTCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCGGGAGGAGATGGGTCCCGTGCCAGCGCACACGGATGCCTTCCAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110053 GCGGGAGGAGATGGGTCCCGTGCCAGCGCACACGGATGCCTTCCAGGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GGGGGCCTGGCAGCATGGCCCACGTCTCTGTGGTCCCTGTCTCCTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110103 GGGGGCCTGGCAGCATGGCCCACGTCTCTGTGGTCCCTGTCTCCTCAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGGACCCCCAGCAGGGAGCCAGTGGCTTCAGGCAGCTGGACCCCTAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110153 GGGACCCCCAGCAGGGAGCCAGTGGCTTCAGGCAGCTGGACCCCTAAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGAGGAACCCATCCATGCCACCATGGACCCCCAGAGGCTGGGCGTCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110203 TGAGGAACCCATCCATGCCACCATGGACCCCCAGAGGCTGGGCGTCCTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCACTCCTGTCCCTGACGCCCAGGCTGCCACCCGGAGGCAGGCGGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110253 TCACTCCTGTCCCTGACGCCCAGGCTGCCACCCGGAGGCAGGCGGTGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CTGCTGGCCTTCCTTGGCCTCCTCTTCTGCCTGGGGGTGGCCATGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110303 CTGCTGGCCTTCCTTGGCCTCCTCTTCTGCCTGGGGGTGGCCATGTTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CTACCAGAGCCTCCAGGGCTGCCCTCGAAAGATGGCAGGAGAGATGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110353 CTACCAGAGCCTCCAGGGCTGCCCTCGAAAGATGGCAGGAGAGATGGCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGGGCCTTCGCTACATCCCCCGGAGCTGTGGTAGTAATTCATATGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110403 AGGGCCTTCGCTACATCCCCCGGAGCTGTGGTAGTAATTCATATGTCCTG

   1200     .
   1183 GTGCCCGTG
        |||||||||
 110453 GTGCCCGTG