seq1 = pF1KE1309.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KE1309/gi568815587f_7887353.tfa (gi568815587f:7887353_8096019), 208667 bp

>pF1KE1309 1071
>gi568815587f:7887353_8096019 (Chr11)

1-364  (100001-100364)   100% ->
365-435  (104429-104499)   100% ->
436-515  (104732-104811)   100% ->
516-653  (105535-105672)   99% ->
654-745  (107074-107165)   100% ->
746-882  (107630-107766)   100% ->
883-996  (107902-108015)   100% ->
997-1071  (108593-108667)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACACCGGCGGTACCAGTAAGTGCTCCTCCGGCCACGCCAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACACCGGCGGTACCAGTAAGTGCTCCTCCGGCCACGCCAACCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTCCCGGCGGCGGCCCCAGCCTCAGTTCCAGCGCCAACGCCAGCACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTCCCGGCGGCGGCCCCAGCCTCAGTTCCAGCGCCAACGCCAGCACCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCGGCTCCGGTTCCCGCTGCGGCTCCAGCCTCATCCTCAGACCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCGGCTCCGGTTCCCGCTGCGGCTCCAGCCTCATCCTCAGACCCTGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGCAGCGGCTGCAACTGCGGCTCCTGGCCAGACCCCGGCCTCAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAGCAGCGGCTGCAACTGCGGCTCCTGGCCAGACCCCGGCCTCAGCGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCTCCAGCGCAGACCCCAGCGCCCGCTCTGCCTGGTCCTGCTCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCTCCAGCGCAGACCCCAGCGCCCGCTCTGCCTGGTCCTGCTCTTCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCCCTTCCCCGGCGGCCGCGTGGTCAGGCTGCACCCAGTCATTTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCCCTTCCCCGGCGGCCGCGTGGTCAGGCTGCACCCAGTCATTTTGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCCATTGTGGACAGCTACGAGAGACGCAACGAGGGTGCTGCCCGAGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCCATTGTGGACAGCTACGAGAGACGCAACGAGGGTGCTGCCCGAGTTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGGACCCTGTTGG         GAACTGTCGACAAACACTCAGTGGAGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGGACCCTGTTGGGTG...CAGGAACTGTCGACAAACACTCAGTGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCACCAATTGCTTTTCAGTGCCGCACAATGAGTCAGAAGATGAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104456 TCACCAATTGCTTTTCAGTGCCGCACAATGAGTCAGAAGATGAAGTG...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    436    GTGGCTGTTGACATGGAATTTGCTAAGAATATGTATGAACTGCATAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104729 TAGGTGGCTGTTGACATGGAATTTGCTAAGAATATGTATGAACTGCATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAAAGTTTCTCCAAATGAGCTCATCCTGGGCTG         GTACGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104779 AAAAGTTTCTCCAAATGAGCTCATCCTGGGCTGGTA...CAGGTACGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGGGCCATGACATCACAGAGCACTCTGTGCTGATCCATGAGTACTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 105543 CGGGCCATGACATCACAGAGCACTCTGTGCTGATCCACGAGTACTACAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGAGAGGCCCCCAACCCCATCCACCTCACTGTGGACACAAGTCTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105593 CGAGAGGCCCCCAACCCCATCCACCTCACTGTGGACACAAGTCTCCAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGGCCGCATGAGCATCAAAGCCTACGTCAG         CACTTTAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105643 CGGCCGCATGAGCATCAAAGCCTACGTCAGGTG...CAGCACTTTAATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGTCCCTGGGAGGACCATGGGAGTGATGTTCACGCCTCTGACAGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107085 GAGTCCCTGGGAGGACCATGGGAGTGATGTTCACGCCTCTGACAGTGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TACGCGTACTACGACACTGAACGCATCGGAG         TTGACCTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107135 TACGCGTACTACGACACTGAACGCATCGGAGGTG...TAGTTGACCTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATGAAGACCTGCTTTAGCCCCAACAGAGTGATTGGACTCTCAAGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107640 CATGAAGACCTGCTTTAGCCCCAACAGAGTGATTGGACTCTCAAGTGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGCAGCAAGTAGGAGGGGCATCAGCTCGCATCCAGGATGCCCTGAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107690 TGCAGCAAGTAGGAGGGGCATCAGCTCGCATCCAGGATGCCCTGAGTACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTGTTGCAATATGCAGAGGATGTACTG         TCTGGAAAGGTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 107740 GTGTTGCAATATGCAGAGGATGTACTGGTG...CAGTCTGGAAAGGTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGCTGACAATACTGTGGGCCGCTTCCTGATGAGCCTGGTTAACCAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107916 AGCTGACAATACTGTGGGCCGCTTCCTGATGAGCCTGGTTAACCAAGTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CGAAAATAGTTCCCGATGACTTTGAGACCATGCTCAACAGCAACATCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107966 CGAAAATAGTTCCCGATGACTTTGAGACCATGCTCAACAGCAACATCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997          GACCTTTTGATGGTGACCTACCTGGCCAACCTCACACAGTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108016 GTG...CAGGACCTTTTGATGGTGACCTACCTGGCCAACCTCACACAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :
   1038 ACAGATTGCACTCAATGAAAAACTTGTAAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108634 ACAGATTGCACTCAATGAAAAACTTGTAAACCTG