seq1 = pF1KE1307.tfa, 1416 bp
seq2 = pF1KE1307/gi568815597r_151264546.tfa (gi568815597r:151264546_151469770), 205225 bp

>pF1KE1307 1416
>gi568815597r:151264546_151469770 (Chr1)

(complement)

1-61  (99998-100058)   96% ->
62-174  (100217-100329)   100% ->
175-360  (100582-100767)   100% ->
361-481  (101452-101572)   100% ->
482-664  (102867-103049)   100% ->
665-843  (103318-103496)   100% ->
844-922  (103925-104003)   100% ->
923-1044  (104087-104208)   100% ->
1045-1137  (104490-104582)   100% ->
1138-1256  (104727-104845)   100% ->
1257-1416  (105066-105225)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTACGAAATGTGGGAATTGTGGACCCGGCTACTCCACCCCTCTGGA
        |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 ACAGCTACGAAATGTGGGAATTGTGGACCCGGCTACTCCACCCCTCTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCATGAAAG         GACCCAGGGAAGAGATCGTCTACCTGCCCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 GGCCATGAAAGGTA...CAGGACCCAGGGAAGAGATCGTCTACCTGCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCATTTACCGAAACACAGGCACTGAGGCCCCAGATTATCTGGCCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100247 GCATTTACCGAAACACAGGCACTGAGGCCCCAGATTATCTGGCCACTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGTTGACCCCAAGTCTCCCCAGTATTGCCAG         GTCATCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100297 GATGTTGACCCCAAGTCTCCCCAGTATTGCCAGGTT...TAGGTCATCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCGGCTGCCCATGCCCAACCTGAAGGACGAGCTGCATCACTCAGGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100590 CCGGCTGCCCATGCCCAACCTGAAGGACGAGCTGCATCACTCAGGATGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACACCTGCAGCAGCTGCTTCGGTGATAGCACCAAGTCGCGCACCAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100640 ACACCTGCAGCAGCTGCTTCGGTGATAGCACCAAGTCGCGCACCAAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGCTGCCCAGTCTCATCTCCTCTCGCATCTATGTGGTGGACGTGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100690 GTGCTGCCCAGTCTCATCTCCTCTCGCATCTATGTGGTGGACGTGGGCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAGCCCCGGGCCCCAAAGCTGCACAAG         GTCATTGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100740 TGAGCCCCGGGCCCCAAAGCTGCACAAGGCA...CAGGTCATTGAGCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGACATCCATGCCAAGTGCGAACTGGCCTTTCTCCACACCAGCCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101465 AGGACATCCATGCCAAGTGCGAACTGGCCTTTCTCCACACCAGCCACTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGCCAGCGGGGAAGTGATGATCAGCTCCCTGGGAGACGTCAAGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101515 CTGGCCAGCGGGGAAGTGATGATCAGCTCCCTGGGAGACGTCAAGGGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGCAAAG         GGGGTTTTGTGCTGCTGGATGGGGAGACGTTCG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101565 TGGCAAAGGTA...CAGGGGGTTTTGTGCTGCTGGATGGGGAGACGTTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGTGAAGGGGACATGGGAGAGACCTGGGGGTGCTGCACCGTTGGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102900 AGGTGAAGGGGACATGGGAGAGACCTGGGGGTGCTGCACCGTTGGGCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GACTTCTGGTACCAGCCTCGACACAATGTCATGATCAGCACTGAGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102950 GACTTCTGGTACCAGCCTCGACACAATGTCATGATCAGCACTGAGTGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGCTCCCAATGTCTTACGAGATGGCTTCAACCCCGCTGATGTGGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103000 AGCTCCCAATGTCTTACGAGATGGCTTCAACCCCGCTGATGTGGAGGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665          GACTGTACGGGAGCCACTTATATGTATGGGACTGGCAGCGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103050 GTG...CAGGACTGTACGGGAGCCACTTATATGTATGGGACTGGCAGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CATGAGATTGTGCAGACCCTGTCTCTAAAAGATGGGCTTATTCCCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103359 CATGAGATTGTGCAGACCCTGTCTCTAAAAGATGGGCTTATTCCCTTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GATCCGCTTCCTGCACAACCCAGACGCTGCCCAAGGCTTTGTGGGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103409 GATCCGCTTCCTGCACAACCCAGACGCTGCCCAAGGCTTTGTGGGCTGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CACTCAGCTCCACCATCCAGCGCTTCTACAAGAACGAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103459 CACTCAGCTCCACCATCCAGCGCTTCTACAAGAACGAGGTG...TAGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGTACATGGTCAGTGGAGAAGGTGATCCAGGTGCCCCCCAAGAAAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103928 GGTACATGGTCAGTGGAGAAGGTGATCCAGGTGCCCCCCAAGAAAGTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGGCTGGCTGCTGCCCGAAATGCCAG         GCCTGATCACCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103978 GGGCTGGCTGCTGCCCGAAATGCCAGGTG...CAGGCCTGATCACCGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCCTGCTCTCCCTGGACGACCGCTTCCTCTACTTCAGCAACTGGCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104102 TCCTGCTCTCCCTGGACGACCGCTTCCTCTACTTCAGCAACTGGCTGCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGGGACCTGAGGCAGTATGACATCTCTGACCCACAGAGACCCCGCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104152 GGGGACCTGAGGCAGTATGACATCTCTGACCCACAGAGACCCCGCCTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGGACAG         CTCTTCCTCGGAGGCAGCATTGTTAAGGGAGGCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104202 AGGACAGGTG...TAGCTCTTCCTCGGAGGCAGCATTGTTAAGGGAGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGTGCAAGTGCTGGAGGACGAGGAACTAAAGTCCCAGCCAGAGCCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104524 CTGTGCAAGTGCTGGAGGACGAGGAACTAAAGTCCCAGCCAGAGCCCCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTGGTCAAG         GGAAAACGGGTGGCTGGAGGCCCTCAGATGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104574 GTGGTCAAGGTA...AAGGGAAAACGGGTGGCTGGAGGCCCTCAGATGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCAGCTCAGCCTGGATGGGAAGCGCCTCTACATCACCACGTCGCTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104759 CCAGCTCAGCCTGGATGGGAAGCGCCTCTACATCACCACGTCGCTGTACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTGCCTGGGACAAGCAGTTTTACCCTGATCTCATCAG         GGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104809 GTGCCTGGGACAAGCAGTTTTACCCTGATCTCATCAGGTG...CAGGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GGCTCTGTGATGCTGCAGGTTGATGTAGACACAGTAAAAGGAGGGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105070 GGCTCTGTGATGCTGCAGGTTGATGTAGACACAGTAAAAGGAGGGCTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GTTGAACCCCAACTTCCTGGTGGACTTCGGGAAGGAGCCCCTTGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105120 GTTGAACCCCAACTTCCTGGTGGACTTCGGGAAGGAGCCCCTTGGCCCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CCCTTGCCCATGAGCTCCGCTACCCTGGGGGCGATTGTAGCTCTGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105170 CCCTTGCCCATGAGCTCCGCTACCCTGGGGGCGATTGTAGCTCTGACATC

   1500     .
   1411 TGGATT
        ||||||
 105220 TGGATT