seq1 = pF1KE1303.tfa, 1248 bp
seq2 = pF1KE1303/gi568815597r_15392946.tfa (gi568815597r:15392946_15624200), 231255 bp

>pF1KE1303 1248
>gi568815597r:15392946_15624200 (Chr1)

(complement)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-418  (105806-106091)   100% ->
419-453  (116294-116328)   100% ->
454-630  (117126-117302)   100% ->
631-720  (118122-118211)   100% ->
721-868  (119443-119590)   100% ->
869-1048  (128749-128928)   100% ->
1049-1158  (130200-130309)   100% ->
1159-1248  (131166-131255)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGAAGCGGATCGGCGGCTCCTGCGGCGGTGCCGGCTGCGGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGAAGCGGATCGGCGGCTCCTGCGGCGGTGCCGGCTGCGGCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGAGCTGCAGGTGGACCAGCTCTGGGACGCCCTGCTGAGCCGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGAGCTGCAGGTGGACCAGCTCTGGGACGCCCTGCTGAGCCGCGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTCAGGCCCCATATGATCGAGGACATCCAG         CGGGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 TGTTCAGGCCCCATATGATCGAGGACATCCAGGTG...CAGCGGGCAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTGGATCTCGGCGGGATCAGGCCAGGCAGCTGATCATAGATCTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105815 TCTGGATCTCGGCGGGATCAGGCCAGGCAGCTGATCATAGATCTGGAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGAGGGAGTCAGGCTCTTCCTTTGTTCATCTCCTGCTTAGAGGACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105865 TCGAGGGAGTCAGGCTCTTCCTTTGTTCATCTCCTGCTTAGAGGACACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCAGGACATGCTGGCTTCGTTTCTGCGAACTAACAGGCAAGCAGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105915 GCCAGGACATGCTGGCTTCGTTTCTGCGAACTAACAGGCAAGCAGCAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTGTCGAAGCCAACCCTAGAAAACCTTACCCCAGTGGTGCTCAGACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105965 TTGTCGAAGCCAACCCTAGAAAACCTTACCCCAGTGGTGCTCAGACCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GATTCGCAAACCAGAGGTTCTCAGACCGGAAACACCCAGACCAGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106015 GATTCGCAAACCAGAGGTTCTCAGACCGGAAACACCCAGACCAGTGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTGGTTCTGGAGGATTTGGTGATGTCG         GTGCTCTTGAGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106065 TTGGTTCTGGAGGATTTGGTGATGTCGGTA...CAGGTGCTCTTGAGAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTGAGGGGAAATGCAGATTTG         GCTTACATCCTGAGCATGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 116308 TTGAGGGGAAATGCAGATTTGGTG...CAGGCTTACATCCTGAGCATGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCCTGTGGCCACTGCCTCATTATCAACAATGTGAACTTCTGCCGTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117146 GCCCTGTGGCCACTGCCTCATTATCAACAATGTGAACTTCTGCCGTGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGGGCTCCGCACCCGCACTGGCTCCAACATCGACTGTGAGAAGTTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117196 CCGGGCTCCGCACCCGCACTGGCTCCAACATCGACTGTGAGAAGTTGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGTCGCTTCTCCTCGCTGCATTTCATGGTGGAGGTGAAGGGCGACCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117246 CGTCGCTTCTCCTCGCTGCATTTCATGGTGGAGGTGAAGGGCGACCTGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGCCAAG         AAAATGGTGCTGGCTTTGCTGGAGCTGGCGCAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117296 TGCCAAGGTA...TAGAAAATGGTGCTGGCTTTGCTGGAGCTGGCGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGACCACGGTGCTCTGGACTGCTGCGTGGTGGTCATTCTCTCTCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118156 AGGACCACGGTGCTCTGGACTGCTGCGTGGTGGTCATTCTCTCTCACGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGTCAG         GCCAGCCACCTGCAGTTCCCAGGGGCTGTCTACGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118206 TGTCAGGTA...TAGGCCAGCCACCTGCAGTTCCCAGGGGCTGTCTACGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACAGATGGATGCCCTGTGTCGGTCGAGAAGATTGTGAACATCTTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119478 CACAGATGGATGCCCTGTGTCGGTCGAGAAGATTGTGAACATCTTCAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGACCAGCTGCCCCAGCCTGGGAGGGAAGCCCAAGCTCTTTTTCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119528 GGACCAGCTGCCCCAGCCTGGGAGGGAAGCCCAAGCTCTTTTTCATCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCTGTGGTGGGG         AGCAGAAAGACCATGGGTTTGAGGTGGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 119578 GCCTGTGGTGGGGGTA...CAGAGCAGAAAGACCATGGGTTTGAGGTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTCCACTTCCCCTGAAGACGAGTCCCCTGGCAGTAACCCCGAGCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128777 CTCCACTTCCCCTGAAGACGAGTCCCCTGGCAGTAACCCCGAGCCAGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCACCCCGTTCCAGGAAGGTTTGAGGACCTTCGACCAGCTGGACGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128827 CCACCCCGTTCCAGGAAGGTTTGAGGACCTTCGACCAGCTGGACGCCATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCTAGTTTGCCCACACCCAGTGACATCTTTGTGTCCTACTCTACTTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128877 TCTAGTTTGCCCACACCCAGTGACATCTTTGTGTCCTACTCTACTTTCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AG         GTTTTGTTTCCTGGAGGGACCCCAAGAGTGGCTCCTGGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128927 AGGTG...AAGGTTTTGTTTCCTGGAGGGACCCCAAGAGTGGCTCCTGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACGTTGAGACCCTGGACGACATCTTTGAGCAGTGGGCTCACTCTGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130239 ACGTTGAGACCCTGGACGACATCTTTGAGCAGTGGGCTCACTCTGAAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CTGCAGTCCCTCCTGCTTAGG         GTCGCTAATGCTGTTTCGGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 130289 CTGCAGTCCCTCCTGCTTAGGGTG...CAGGTCGCTAATGCTGTTTCGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GAAAGGGATTTATAAACAGATGCCTGGTTGCTTTAATTTCCTCCGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131186 GAAAGGGATTTATAAACAGATGCCTGGTTGCTTTAATTTCCTCCGGAAAA

   1300     .    :    .    :
   1229 AACTTTTCTTTAAAACATCA
        ||||||||||||||||||||
 131236 AACTTTTCTTTAAAACATCA