seq1 = pF1KE1302.tfa, 435 bp
seq2 = pF1KE1302/gi568815597r_20014117.tfa (gi568815597r:20014117_20219498), 205382 bp

>pF1KE1302 435
>gi568815597r:20014117_20219498 (Chr1)

(complement)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-185  (103022-103166)   100% ->
186-292  (103886-103992)   100% ->
293-435  (105240-105382)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACTTGCACTGCTGTGTGGGCTGGTGGTGATGGCTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGAACTTGCACTGCTGTGTGGGCTGGTGGTGATGGCTGGTG...CAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGTGATTCCAATCCAGGGCGGGATCCTGAACCTGAACAAGATGGTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103023 TGTGATTCCAATCCAGGGCGGGATCCTGAACCTGAACAAGATGGTCAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGTGACTGGGAAAATGCCCATCCTCTCCTACTGGCCCTACGGCTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103073 AAGTGACTGGGAAAATGCCCATCCTCTCCTACTGGCCCTACGGCTGTCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCGGACTAGGTGGCAGAGGCCAACCCAAAGATGCCACGGACTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103123 TGCGGACTAGGTGGCAGAGGCCAACCCAAAGATGCCACGGACTGGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    GTGCTGCCAGACCCATGACTGCTGCTATGACCACCTGAAGACCCAGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103883 CAGGTGCTGCCAGACCCATGACTGCTGCTATGACCACCTGAAGACCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGTGCAGCATCTACAAGGACTATTACAGATACAACTTTTCCCAGGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103933 GGTGCAGCATCTACAAGGACTATTACAGATACAACTTTTCCCAGGGGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCCACTGCT         CTGACAAGGGAAGCTGGTGTGAGCAGCAGCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103983 ATCCACTGCTGTG...CAGCTGACAAGGGAAGCTGGTGTGAGCAGCAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTGTGCCTGTGACAAGGAGGTGGCCTTCTGCCTGAAGCGCAACCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105271 GTGTGCCTGTGACAAGGAGGTGGCCTTCTGCCTGAAGCGCAACCTGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTACCAGAAGCGACTGCGTTTCTACTGGCGGCCCCACTGCCGGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105321 CCTACCAGAAGCGACTGCGTTTCTACTGGCGGCCCCACTGCCGGGGGCAG

    450     .    :
    424 ACCCCTGGGTGC
        ||||||||||||
 105371 ACCCCTGGGTGC