seq1 = pF1KE1300.tfa, 1716 bp
seq2 = pF1KE1300/gi568815596f_241769757.tfa (gi568815596f:241769757_241973271), 203515 bp

>pF1KE1300 1716
>gi568815596f:241769757_241973271 (Chr2)

1-158  (100001-100158)   100% ->
159-1716  (101958-103515)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCGGGCTGGGGCAGACATGTGGGCCAGCACCTTCACCCTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCGGGCTGGGGCAGACATGTGGGCCAGCACCTTCACCCTGGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGAGAGGAAGCCCCAGGACGTCTGGGTTCTGCTACCTGAGCACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGAGAGGAAGCCCCAGGACGTCTGGGTTCTGCTACCTGAGCACAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTCCCGGGATGCCTGGACGGCGGTGGTGTCCAGTACCTGCTGGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTCCCGGGATGCCTGGACGGCGGTGGTGTCCAGTACCTGCTGGTGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCTCGAG         GCTCCAGTGCGGTCACTGTCCGGGGACCTGGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCTCGAGGTG...CAGGCTCCAGTGCGGTCACTGTCCGGGGACCTGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCGGCCCATGTGCACGTCCTCTTCCACCTGTGGTGGGACAGGGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101991 CTCGGCCCATGTGCACGTCCTCTTCCACCTGTGGTGGGACAGGGCCAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCGGGGGCTGGTGAAGATGCGCATCTGGGGCCAGCGGTGCAGGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102041 ACCGGGGGCTGGTGAAGATGCGCATCTGGGGCCAGCGGTGCAGGCTGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCGCACCCGGGGACTGCCAGGTGAGGCCCCCGGGCGAGCAGCCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102091 CCCGCACCCGGGGACTGCCAGGTGAGGCCCCCGGGCGAGCAGCCCTTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGCAGGCTGGTCTTGCACATCCTGCAGGACTGCTACGGGGATGGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102141 CAGCAGGCTGGTCTTGCACATCCTGCAGGACTGCTACGGGGATGGCCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCCCAGCCCGGCACCCCAGGGAGGCCTATGAGGGCTGCTGTGAGGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102191 GCCCAGCCCGGCACCCCAGGGAGGCCTATGAGGGCTGCTGTGAGGCCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGCTGGGGGTCTGCTTCCTCCAGAAGGCCCCAGACCCCGCCTGGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102241 GAGCTGGGGGTCTGCTTCCTCCAGAAGGCCCCAGACCCCGCCTGGAGCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAACGCCACAAAAGGCAACTTCCCCGCCACGGCCTGGGGTGGCACTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102291 CAACGCCACAAAAGGCAACTTCCCCGCCACGGCCTGGGGTGGCACTGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCGTCTCCAGGGGCAAACCGCTGTCCACCCCTGGCGACGACCTTGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102341 CCGTCTCCAGGGGCAAACCGCTGTCCACCCCTGGCGACGACCTTGGCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGTGGCGTTGTCATCGCCATCCCCTTCTCCCTTGTGGGTACCAGCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102391 GGTGGCGTTGTCATCGCCATCCCCTTCTCCCTTGTGGGTACCAGCAATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCAGGTGCCCATCGCTGAGGGCCCTGCCCCCCCTGCGGGGGCCTCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102441 CCAGGTGCCCATCGCTGAGGGCCCTGCCCCCCCTGCGGGGGCCTCTCTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTGTGACTGGCAGCTGTGAGGCCCTGGTCATCGGCCAGGGCTCCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102491 CTGTGACTGGCAGCTGTGAGGCCCTGGTCATCGGCCAGGGCTCCATCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTGTCTGGGGATTCAGTGGCCATGCCTGGGGGCAAAGGCTTCCCGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102541 CTGTCTGGGGATTCAGTGGCCATGCCTGGGGGCAAAGGCTTCCCGGTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CATTGGAGACCCCCTCTTCCACGGCCCCGGCCTCCTCGGCAGCAGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102591 CATTGGAGACCCCCTCTTCCACGGCCCCGGCCTCCTCGGCAGCAGCATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGACCTTCGAGCTCAAGGGCTTCCTCTTCAAAGGCCGGGGCTCCCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102641 AGACCTTCGAGCTCAAGGGCTTCCTCTTCAAAGGCCGGGGCTCCCTCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AGCCCGGTTGGCGTGGCCCAGGGCTGGGGCCCCATCTCCCTCAACAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102691 AGCCCGGTTGGCGTGGCCCAGGGCTGGGGCCCCATCTCCCTCAACAATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCTCGTCCCTGTGGGGAAACACACGCCAACCGTGTTCTACTGTGTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102741 CCTCGTCCCTGTGGGGAAACACACGCCAACCGTGTTCTACTGTGTGGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCTCGGCCAGCGGGGAGGGCTCCCTCACCTTCCCCTCCTCCCTCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102791 TCTCGGCCAGCGGGGAGGGCTCCCTCACCTTCCCCTCCTCCCTCACCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ATCTTCACCAACACCCTCTCGGAGCCCACCGATGGCCCTGTGGCCACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102841 ATCTTCACCAACACCCTCTCGGAGCCCACCGATGGCCCTGTGGCCACTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 AGAGGCCTCCATCACCTTCCCCTTCATCTTTACTGATGTCAAGGATGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102891 AGAGGCCTCCATCACCTTCCCCTTCATCTTTACTGATGTCAAGGATGCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TTGCTGAGGTGGCTGAAGGCAACGGGAAGGAAGGAGGCGGCCAGGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102941 TTGCTGAGGTGGCTGAAGGCAACGGGAAGGAAGGAGGCGGCCAGGGCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GTCCCAGTGGGTCACGACGCCCTGCCAGAGACCAATGCTGGTGGCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102991 GTCCCAGTGGGTCACGACGCCCTGCCAGAGACCAATGCTGGTGGCCTCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CTCCCAGGTCAAAGGCTCCCTTGCCCTCCCCTTCCCTGCTGATGTCCAAG
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103041 CTCCCAGGTCAAGGGCTCCCTTGCCCTCCCCTTCCCTGCTGATGTCCAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 GCAAAGATGCCTTTACTGACATCACTGAAGGCAAAGAGAAGGAAGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103091 GCAAAGATGCCTTTACTGACATCACTGAAGGCAAAGAGAAGGAAGGTGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CTGGTCACCGCGGGTCACGACGCCCCTCTGGAGGCCAATGCCGAGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103141 CTGGTCACCGCGGGTCACGACGCCCCTCTGGAGGCCAATGCCGAGGGCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CATCACGGTTAGTGAGGGCTGCATCACCATCCCCTTCGCAGTCTTCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103191 CATCACGGTTAGTGAGGGCTGCATCACCATCCCCTTCGCAGTCTTCGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 TCATAAAGCGCAAGGGCGGTGGCCACGTTGCCTACGGCCCCCAGGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103241 TCATAAAGCGCAAGGGCGGTGGCCACGTTGCCTACGGCCCCCAGGGCAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GGCTGCTTCTCCCAAGGCTATTACCAGAAGAGGCAGCTGAGGTCCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103291 GGCTGCTTCTCCCAAGGCTATTACCAGAAGAGGCAGCTGAGGTCCAGGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CCACAAGGCCCGCTGTGGGTGCCGCCGGGAGGAAGACGAGCGCCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103341 CCACAAGGCCCGCTGTGGGTGCCGCCGGGAGGAAGACGAGCGCCCTGGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 GTGCCTGCCGTAGGCCGCACGCCGAGCCCTACGAGGACTTCTGGATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103391 GTGCCTGCCGTAGGCCGCACGCCGAGCCCTACGAGGACTTCTGGATCTGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 GTGTCCATGACCGTGTGCGTCTTCTGGCTGATGTGCATGTGTCGGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103441 GTGTCCATGACCGTGTGCGTCTTCTGGCTGATGTGCATGTGTCGGCTGAA

   1700     .    :    .    :    .
   1692 CCCCGGGATCTACCCGCAGCAAGTG
        |||||||||||||||||||||||||
 103491 CCCCGGGATCTACCCGCAGCAAGTG