seq1 = pF1KE1299.tfa, 765 bp
seq2 = pF1KE1299/gi568815592f_32537459.tfa (gi568815592f:32537459_32846386), 308928 bp

>pF1KE1299 765
>gi568815592f:32537459_32846386 (Chr6)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-331  (103852-104100)   98% ->
332-613  (104514-104795)   98% ->
614-765  (105152-105303)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCCTAAACAAAGCTCTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCCTAAACAAAGCTCTGCTGCTGGGGGCCCTCGCTCTGACCACCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGG         CTGACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||| |
 100051 GATGAGCCCCTGTGGAGGTGAAGACATTGTGGGTG...CAGCTGACCACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACCAGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103861 TTGCCTCTTGTGGTGTAAACTTGTACCAGTTTTACGGTCCCTCTGGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 103911 TACACCCATGAATTTGATGGAGATGAGCAGTTCTACGTGGACCTGGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGAGTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103961 GAAGGAGACTGCCTGGCGGTGGCCTGAGTTCAGCAAATTTGGAGGTTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104011 ACCCGCAGGGTGCACTGAGAAACATGGCTGTGGCAAAACACAACTTGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCATGATTAAACGCTACAACTCTACCGCTGCTACCAATG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104061 ATCATGATTAAACGCTACAACTCTACCGCTGCTACCAATGGTA...CAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104515 GGTTCCTGAGGTCACAGTGTTTTCCAAGTCTCCCGTGACACTGGGTCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAACACCCTCATCTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAAC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104565 CCAACACCCTCATTTGTCTTGTGGACAACATCTTTCCTCCTGTGGTCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCACATGGCTGAGCAATGGGCACGCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGAC
        |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
 104615 ATCACATGGCTGAGCAATGGGCAGTCAGTCACAGAAGGTGTTTCTGAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104665 CAGCTTCCTCTCCAAGAGTGATCATTCCTTCTTCAAGATCAGTTACCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104715 CCTTCCTCCCTTCTGCTGATGAGATTTATGACTGCAAGGTGGAGCACTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGG         AGCCTGAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104765 GGCCTGGACCAGCCTCTTCTGAAACACTGGGGTA...CAGAGCCTGAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105162 TCCAGCCCCTATGTCAGAGCTCACAGAGACTGTGGTCTGTGCCCTGGGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGTCTGTGGGCCTCGTGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105212 TGTCTGTGGGCCTCATGGGCATTGTGGTGGGCACTGTCTTCATCATCCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 105262 GGCCTGCGTTCAGTTGGTGCTTCCAGACACCAAGGGCCATTG