seq1 = pF1KE1296.tfa, 1527 bp
seq2 = pF1KE1296/gi568815594f_128731759.tfa (gi568815594f:128731759_128962249), 230491 bp

>pF1KE1296 1527
>gi568815594f:128731759_128962249 (Chr4)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-138  (111195-111280)   100% ->
139-296  (114617-114774)   100% ->
297-484  (117222-117409)   100% ->
485-696  (120299-120510)   100% ->
697-864  (123872-124039)   100% ->
865-981  (125580-125696)   100% ->
982-1527  (129946-130491)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAACGAGGTCGCCTTCCCAGCAGCAGTGAGGATTCTGACGACAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAACGAGGTCGCCTTCCCAGCAGCAGTGAGGATTCTGACGACAATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CA         GCCTGTCAACTACTTGGTCCCAGAATTCCCGATCCCAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTA...TAGGCCTGTCAACTACTTGGTCCCAGAATTCCCGATCCCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATAGGAGAAGCTCCTGCTCCAGACATGAAGATCGAAAGCCTTCAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111234 ATAGGAGAAGCTCCTGCTCCAGACATGAAGATCGAAAGCCTTCAGAGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       GTGTTTAGGACAGACCTGATCACTGCCATGAAGTTGCATGACTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111284 ...CAGGTGTTTAGGACAGACCTGATCACTGCCATGAAGTTGCATGACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTACCAGCTGAATCCGGATGAGTACTATGTGTTGGCAGATCCCTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114661 CTACCAGCTGAATCCGGATGAGTACTATGTGTTGGCAGATCCCTGGAGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGAATGGGAGAAAGGGGTCCAGGTGCCTGTGAGCCCGGGGACCATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114711 AGGAATGGGAGAAAGGGGTCCAGGTGCCTGTGAGCCCGGGGACCATCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCCTGTGGCCAG         GGTTGTGTCTGAAGAGAAATCCCTCAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 114761 CAGCCTGTGGCCAGGTA...CAGGGTTGTGTCTGAAGAGAAATCCCTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTTCATCAGGCCCAAGAAGTACATCGTGTCATCAGGCTCTGAGCCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117249 GTTCATCAGGCCCAAGAAGTACATCGTGTCATCAGGCTCTGAGCCTCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTTGGGCTATGTGGACATCCGGACGCTGGCTGACAGCGTGTGTCGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117299 AGTTGGGCTATGTGGACATCCGGACGCTGGCTGACAGCGTGTGTCGCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACCTCAATGACATGGATGCTGCATGGCTGGAACTGACCAATGAAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117349 GACCTCAATGACATGGATGCTGCATGGCTGGAACTGACCAATGAAGAATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAAGGAGATGG         GAATGCCTGAACTAGATGAATACACCATGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 117399 TAAGGAGATGGGTG...CAGGAATGCCTGAACTAGATGAATACACCATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAGGGTCCTAGAGGAATTTGAGCAGCGATGCTACGACAATATGAATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120329 AGAGGGTCCTAGAGGAATTTGAGCAGCGATGCTACGACAATATGAATCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCATAGAGACTGAGGAAGGCCTGGGGATCGAATATGATGAAGATGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120379 GCCATAGAGACTGAGGAAGGCCTGGGGATCGAATATGATGAAGATGTTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGTGATGTCTGCCAGTCTCCTGATGGTGAGGACGGCAATGAGATGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120429 CTGTGATGTCTGCCAGTCTCCTGATGGTGAGGACGGCAATGAGATGGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTGTGACAAATGCAACATCTGTGTGCACCAG         GCCTGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 120479 TCTGTGACAAATGCAACATCTGTGTGCACCAGGTA...CAGGCCTGTTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGAATCCTCAAGGTACCAGAGGGCAGCTGGCTGTGCCGGACATGTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123881 GGAATCCTCAAGGTACCAGAGGGCAGCTGGCTGTGCCGGACATGTGCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGGGGTTCAGCCAAAATGTCTGCTGTGTCCGAAGAAGGGTGGAGCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123931 GGGGGTTCAGCCAAAATGTCTGCTGTGTCCGAAGAAGGGTGGAGCTATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGCCCACCCGTAGCGGAACCAAGTGGGTCCACGTTAGCTGTGCTCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123981 AGCCCACCCGTAGCGGAACCAAGTGGGTCCACGTTAGCTGTGCTCTGTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATCCCTGAG         GTGAGCATTGGCAGCCCAGAGAAGATGGAGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 124031 ATCCCTGAGGTA...TAGGTGAGCATTGGCAGCCCAGAGAAGATGGAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATCACCAAGGTGTCACACATTCCCAGCAGCCGGTGGGCGCTAGTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125612 CATCACCAAGGTGTCACACATTCCCAGCAGCCGGTGGGCGCTAGTGTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCCTCTGCAATGAGAAGTTTGGGGCCTCTATACAG         TGCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 125662 GCCTCTGCAATGAGAAGTTTGGGGCCTCTATACAGGTA...CAGTGCTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTGAAGAACTGCCGCACAGCCTTCCATGTGACCTGTGCTTTTGACCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129952 GTGAAGAACTGCCGCACAGCCTTCCATGTGACCTGTGCTTTTGACCGGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCTGGAGATGAAGACCATCTTAGCAGAGAATGATGAAGTCAAGTTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130002 CCTGGAGATGAAGACCATCTTAGCAGAGAATGATGAAGTCAAGTTCAAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCTATTGCCCAAAGCACAGCTCACATAGGAAACCCGAGGAGAGTCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130052 CCTATTGCCCAAAGCACAGCTCACATAGGAAACCCGAGGAGAGTCTTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AAGGGGGCTGCACAGGAGAATGGGGCCCCTGAGTGTTCCCCCCGGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130102 AAGGGGGCTGCACAGGAGAATGGGGCCCCTGAGTGTTCCCCCCGGAATCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCTGGAGCCCTTTGCCAGCCTTGAGCAGAACCGGGAGGAGGCCCACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130152 GCTGGAGCCCTTTGCCAGCCTTGAGCAGAACCGGGAGGAGGCCCACCGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGAGTGTCCGTAAGCAGAAGCTGCAGCAGTTGGAGGATGAGTTCTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130202 TGAGTGTCCGTAAGCAGAAGCTGCAGCAGTTGGAGGATGAGTTCTACACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTCGTCAACCTGCTGGATGTTGCCAGGGCTCTGCGGCTGCCTGAGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130252 TTCGTCAACCTGCTGGATGTTGCCAGGGCTCTGCGGCTGCCTGAGGAAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 AGTGGATTTCCTGTACCAGTACTGGAAGTTGAAGAGGAAGGTCAACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130302 AGTGGATTTCCTGTACCAGTACTGGAAGTTGAAGAGGAAGGTCAACTTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ACAAGCCCCTGATCACCCCAAAGAAAGATGAAGAGGACAATCTAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130352 ACAAGCCCCTGATCACCCCAAAGAAAGATGAAGAGGACAATCTAGCCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CGGGAGCAGGATGTCTTATTTAGGAGGCTGCAGCTGTTCACGCACCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130402 CGGGAGCAGGATGTCTTATTTAGGAGGCTGCAGCTGTTCACGCACCTGCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GCAGGACCTGGAGAGGGTAATGATTGACACTGACACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130452 GCAGGACCTGGAGAGGGTAATGATTGACACTGACACCTTA