seq1 = pF1KE1294.tfa, 1425 bp
seq2 = pF1KE1294/gi568815597r_33047180.tfa (gi568815597r:33047180_33281432), 234253 bp

>pF1KE1294 1425
>gi568815597r:33047180_33281432 (Chr1)

(complement)

1-408  (100001-100408)   100% ->
409-504  (115867-115962)   100% ->
505-761  (121489-121745)   100% ->
762-877  (123065-123180)   100% ->
878-1425  (133706-134253)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTGCAGCCTCAAGGACGAGCTGCTGTGCTCCATCTGCCTGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTGCAGCCTCAAGGACGAGCTGCTGTGCTCCATCTGCCTGAGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACCAGGACCCGGTGAGCCTGGGCTGCGAGCATTACTTCTGCCGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTACCAGGACCCGGTGAGCCTGGGCTGCGAGCATTACTTCTGCCGCCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATCACGGAGCACTGGGTGCGGCAGGAGGCGCAGGGCGCCCGCGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCATCACGGAGCACTGGGTGCGGCAGGAGGCGCAGGGCGCCCGCGACTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCGAGTGCCGGCGCACGTTCGCCGAGCCCGCGCTGGCGCCCAGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCGAGTGCCGGCGCACGTTCGCCGAGCCCGCGCTGGCGCCCAGCCTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGGCCAACATCGTGGAGCGCTACAGCTCCTTCCCGCTGGACGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGGCCAACATCGTGGAGCGCTACAGCTCCTTCCCGCTGGACGCCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAACGCGCGCCGCGCCGCGCGACCCTGCCAGGCGCACGACAAGGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAACGCGCGCCGCGCCGCGCGACCCTGCCAGGCGCACGACAAGGTCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTTCTGCCTCACGGACCGCGCGCTTCTCTGCTTCTTCTGCGACGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCTTCTGCCTCACGGACCGCGCGCTTCTCTGCTTCTTCTGCGACGAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCACTGCACGAGCAGCATCAGGTCACCGGCATCGACGACGCCTTCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCACTGCACGAGCAGCATCAGGTCACCGGCATCGACGACGCCTTCGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCTGCAG         AGGGAGCTGAAGGACCAACTTCAGGCCCTTCAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCTGCAGGTG...CAGAGGGAGCTGAAGGACCAACTTCAGGCCCTTCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GACAGCGAGCGGGAACACACCGAAGCGCTGCAGCTGCTCAAGCGACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115900 GACAGCGAGCGGGAACACACCGAAGCGCTGCAGCTGCTCAAGCGACAACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCGGAGACCAAG         TCTTCCACCAAGAGCCTGCGGACCACTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 115950 GGCGGAGACCAAGGTG...CAGTCTTCCACCAAGAGCCTGCGGACCACTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCGGCGAGGCCTTCGAGCGGCTGCACCGGCTGCTGCGTGAACGCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121517 TCGGCGAGGCCTTCGAGCGGCTGCACCGGCTGCTGCGTGAACGCCAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCCATGCTAGAGGAGCTGGAGGCGGACACGGCCCGCACGCTGACCGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121567 GCCATGCTAGAGGAGCTGGAGGCGGACACGGCCCGCACGCTGACCGACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CGAGCAGAAAGTCCAGCGCTACAGCCAGCAGCTGCGCAAGGTCCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121617 CGAGCAGAAAGTCCAGCGCTACAGCCAGCAGCTGCGCAAGGTCCAGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GAGCCCAGATCCTGCAGGAGCGGCTGGCTGAAACCGACCGGCACACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121667 GAGCCCAGATCCTGCAGGAGCGGCTGGCTGAAACCGACCGGCACACCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTGGCTGGGGTGGCCTCACTGTCCGAGCG         GCTCAAGGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 121717 CTGGCTGGGGTGGCCTCACTGTCCGAGCGGTA...CAGGCTCAAGGGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AATCCATGAGACCAACCTCACATATGAAGACTTCCCGACCTCCAAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123077 AATCCATGAGACCAACCTCACATATGAAGACTTCCCGACCTCCAAGTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CAGGCCCCCTGCAGTACACCATCTGGAAGTCCCTGTTCCAGGACATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123127 CAGGCCCCCTGCAGTACACCATCTGGAAGTCCCTGTTCCAGGACATCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CCAG         TGCCAGCCGCCCTAACCCTGGACCCGGGCACAGCCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123177 CCAGGTA...CAGTGCCAGCCGCCCTAACCCTGGACCCGGGCACAGCCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCAGCGCCTGATCCTGTCGGACGACTGCACCATTGTGGCTTACGGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133743 CCAGCGCCTGATCCTGTCGGACGACTGCACCATTGTGGCTTACGGCAACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGCACCCACAGCCACTGCAGGACTCGCCAAAGCGCTTCGATGTGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133793 TGCACCCACAGCCACTGCAGGACTCGCCAAAGCGCTTCGATGTGGAGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TCGGTGCTGGGTTCTGAAGCCTTCAGTAGTGGCGTCCACTACTGGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133843 TCGGTGCTGGGTTCTGAAGCCTTCAGTAGTGGCGTCCACTACTGGGAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGTGGTGGCGGAGAAGACCCAGTGGGTGATCGGGCTGGCACACGAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133893 GGTGGTGGCGGAGAAGACCCAGTGGGTGATCGGGCTGGCACACGAAGCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CAAGCCGCAAGGGCAGCATCCAGATCCAGCCCAGCCGCGGCTTCTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133943 CAAGCCGCAAGGGCAGCATCCAGATCCAGCCCAGCCGCGGCTTCTACTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ATCGTGATGCACGATGGCAACCAGTACAGCGCCTGCACGGAGCCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133993 ATCGTGATGCACGATGGCAACCAGTACAGCGCCTGCACGGAGCCCTGGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GCGGCTTAACGTCCGGGACAAGCTTGACAAGGTGGGTGTCTTCCTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134043 GCGGCTTAACGTCCGGGACAAGCTTGACAAGGTGGGTGTCTTCCTGGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 ATGACCAAGGCTTGCTCATCTTCTACAATGCTGATGACATGTCCTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134093 ATGACCAAGGCTTGCTCATCTTCTACAATGCTGATGACATGTCCTGGCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TACACCTTCCGCGAGAAGTTCCCTGGCAAGCTCTGCTCTTACTTCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134143 TACACCTTCCGCGAGAAGTTCCCTGGCAAGCTCTGCTCTTACTTCAGCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TGGCCAGAGCCACGCCAATGGCAAGAACGTTCAGCCGCTGCGGATCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134193 TGGCCAGAGCCACGCCAATGGCAAGAACGTTCAGCCGCTGCGGATCAACA

   1450     .    :
   1415 CCGTCCGCATC
        |||||||||||
 134243 CCGTCCGCATC