seq1 = pF1KE1273.tfa, 2088 bp
seq2 = pF1KE1273/gi568815595r_167910272.tfa (gi568815595r:167910272_168195285), 285014 bp

>pF1KE1273 2088
>gi568815595r:167910272_168195285 (Chr3)

(complement)

1-187  (100001-100187)   100% ->
188-262  (146921-146995)   100% ->
263-312  (148287-148336)   100% ->
313-366  (150405-150458)   100% ->
367-517  (151757-151907)   100% ->
518-600  (153812-153894)   100% ->
601-684  (154417-154500)   100% ->
685-843  (158292-158450)   100% ->
844-1176  (162434-162766)   100% ->
1177-1433  (165250-165506)   100% ->
1434-1513  (165984-166063)   100% ->
1514-1623  (167449-167558)   100% ->
1624-1791  (170191-170358)   100% ->
1792-1860  (170692-170760)   100% ->
1861-1941  (184463-184543)   100% ->
1942-2088  (184868-185014)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAAACGGGATGTGCTCCCGAAAGCAGAAGCGGATTTTCCAGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAAACGGGATGTGCTCCCGAAAGCAGAAGCGGATTTTCCAGACGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGGCTTTCTCTACGGCGCGATGCTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGGCTTTCTCTACGGCGCGATGCTCTACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGAGCTGCAGACGCAGCTGCGGAAAGCCGAGGCGGTGGCGCTCAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGAGCTGCAGACGCAGCTGCGGAAAGCCGAGGCGGTGGCGCTCAAGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCAGCACCAGGAGTCCCTCTCCGCCCAGTTACAAG         TTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100151 CAGCAGCACCAGGAGTCCCTCTCCGCCCAGTTACAAGGTA...CAGTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATATGAACACAGATCAAGATTAGAGAAATCCTTGCAAAAAGAAAGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146925 ATATGAACACAGATCAAGATTAGAGAAATCCTTGCAAAAAGAAAGACTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACATAAAAAAGCAAAGGAAG         ATTTTCTTGTTTATAAGTTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 146975 AACATAAAAAAGCAAAGGAAGGTA...TAGATTTTCTTGTTTATAAGTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGCACAAGAAACATTAAATAAAGGAAGG         CAAGATTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 148307 GAAGCACAAGAAACATTAAATAAAGGAAGGGTA...CAGCAAGATTCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TAGCAGATACAGTGCACTGAATGTCCAACATCAGATGTTGAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 150416 TAGCAGATACAGTGCACTGAATGTCCAACATCAGATGTTGAAAGTG...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   AGCCAACACGAGGAGCTAAAGAAACAGCACAGTGACTTGGAAGAGGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151755 AGAGCCAACACGAGGAGCTAAAGAAACAGCACAGTGACTTGGAAGAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CATCGCAAACAAGGGGAAGACTTCAGTAGAACATTTAATGACCATAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151805 CATCGCAAACAAGGGGAAGACTTCAGTAGAACATTTAATGACCATAAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAAATACTTGCAGCTCCAGCAAGAAAAAGAACAAGAACTTTCTAAGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151855 AAAATACTTGCAGCTCCAGCAAGAAAAAGAACAAGAACTTTCTAAGCTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAG         AGACTGTATACAATTTGAGAGAAGAGAATAGACAACTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151905 AAGGTA...TAGAGACTGTATACAATTTGAGAGAAGAGAATAGACAACTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGGAAAGCACACCAAGACATACATACACAGCTTCAAGATGTCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 153850 AGGAAAGCACACCAAGACATACATACACAGCTTCAAGATGTCAAGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601     CAACAGCATAAGAATTTACTCTCCGAGCATGAACAACTTGTAGTGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153900 .TAGCAACAGCATAAGAATTTACTCTCCGAGCATGAACAACTTGTAGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTTTGGAAGACCACAAGAGTGCACTAGCTGCTGCACAG         ACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 154463 CTTTGGAAGACCACAAGAGTGCACTAGCTGCTGCACAGGTT...CAGACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CAAGTTGCAGAATATAAACAACTGAAAGATACTCTGAATAGGATTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158295 CAAGTTGCAGAATATAAACAACTGAAAGATACTCTGAATAGGATTCCAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCTTCGAAAACCTGATCCAGCAGAACAGCAAAATGTGACCCAGGTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158345 CCTTCGAAAACCTGATCCAGCAGAACAGCAAAATGTGACCCAGGTGGCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATTCTCCACAAGGTTACAACACAGCAAGGGAGAAGCCAACCCGAGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158395 ATTCTCCACAAGGTTACAACACAGCAAGGGAGAAGCCAACCCGAGAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGGAG         GTGTCTCGAAATAATGATGTGTGGCAGAACCATGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158445 CAGGAGGTA...TAGGTGTCTCGAAATAATGATGTGTGGCAGAACCATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGCAGTTCCTGGAAGAGCAGAAGACACAAAACTCTATGCTCCCACCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162469 AGCAGTTCCTGGAAGAGCAGAAGACACAAAACTCTATGCTCCCACCCATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGGAGGCAGAATTTCAGGCTCCCCCAGAGCCAATCCAACAAGAAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162519 AGGAGGCAGAATTTCAGGCTCCCCCAGAGCCAATCCAACAAGAAGTGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CGCAGAGAACCTGAGGAGCATCAGGTGGAAGAGGAGCACAGAAAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162569 CGCAGAGAACCTGAGGAGCATCAGGTGGAAGAGGAGCACAGAAAGGCCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGAGGAGGAAGAAATGGAGCAGGTCGGGCAAGCAGAACATCTTGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162619 GGAGGAGGAAGAAATGGAGCAGGTCGGGCAAGCAGAACATCTTGAGGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AACACGATCCATCACCAGAGGAGCAGGATCGGGAGTGGAAAGAGCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162669 AACACGATCCATCACCAGAGGAGCAGGATCGGGAGTGGAAAGAGCAGCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGCAACGAGAAGCAGCCAACCTCCTGGAAGGGCACGCGCGTGCTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 162719 GAGCAACGAGAAGCAGCCAACCTCCTGGAAGGGCACGCGCGTGCTGAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1177        GTGTACCCTTCAGCCAAGCCAATGATCAAATTCCAATCACCCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162769 A...TAGGTGTACCCTTCAGCCAAGCCAATGATCAAATTCCAATCACCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATGAGGAACAGTTGGAACAGCAGAGACTGGCAGTGCAGCAGGTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165293 ATGAGGAACAGTTGGAACAGCAGAGACTGGCAGTGCAGCAGGTGGAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCCCAGCAGCTGCGGGAACACCAGGAAGCTTTGCACCAGCAGAGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165343 GCCCAGCAGCTGCGGGAACACCAGGAAGCTTTGCACCAGCAGAGGCTGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGGGCACTTACTACGGCAGCAGGAACAGCAGCAGCAGCAGGTGGCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165393 GGGGCACTTACTACGGCAGCAGGAACAGCAGCAGCAGCAGGTGGCAAGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGATGGCCCTGCAGAGGCAGGCTGAGCTTGAGGAGGGCCGGCCGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165443 AGATGGCCCTGCAGAGGCAGGCTGAGCTTGAGGAGGGCCGGCCGCAGCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CAGGAGCAGCTCCG         GCAGCAAGCTCATTATGATGCTATGGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 165493 CAGGAGCAGCTCCGGTA...TAGGCAGCAAGCTCATTATGATGCTATGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TAATGATATCGTTCAGGGAGCAGAGGACCAGGGAATCCAAGGAGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166011 TAATGATATCGTTCAGGGAGCAGAGGACCAGGGAATCCAAGGAGAGGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GAG         CCTATGAAAGAGACAACCAGCACCAAGATGAAGCAGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166061 GAGGTG...TAGCCTATGAAAGAGACAACCAGCACCAAGATGAAGCAGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GGAGATCCAGGTAATAGACATGAGCCTCGTGAACAAGGACCCCGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167487 GGAGATCCAGGTAATAGACATGAGCCTCGTGAACAAGGACCCCGAGAAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CGACCCAGAATCTGAGGCAGAT         AGGGCAGCTGTAGAAGATA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 167537 CGACCCAGAATCTGAGGCAGATGTA...CAGAGGGCAGCTGTAGAAGATA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TAAACCCAGCAGATGACCCTAATAATCAAGGTGAGGATGAATTTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170210 TAAACCCAGCAGATGACCCTAATAATCAAGGTGAGGATGAATTTGAAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GCCGAGCAAGTGAGAGAAGAAAATTTGCCAGATGAAAATGAAGAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170260 GCCGAGCAAGTGAGAGAAGAAAATTTGCCAGATGAAAATGAAGAGCAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 ACAAAGTAATCAAAAGCAAGAGAATACAGAAGTGGAGGAACATTTGGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 170310 ACAAAGTAATCAAAAGCAAGAGAATACAGAAGTGGAGGAACATTTGGTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792         ATGGCAGGAAATCCAGACCAGCAGGAGGACAATGTTGATGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170360 TA...CAGATGGCAGGAAATCCAGACCAGCAGGAGGACAATGTTGATGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CAGTACCAGGAAGAGGCAGAAGAGGAG         GTTCAGGAAGATTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 170734 CAGTACCAGGAAGAGGCAGAAGAGGAGGTA...TAGGTTCAGGAAGATTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GACTGAAGAGAAAAAAAGGGAACTGGAGCATAATGCTGAAGAGACCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184477 GACTGAAGAGAAAAAAAGGGAACTGGAGCATAATGCTGAAGAGACCTATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GTGAAAATGATGAAAAT         ACTGATGATAAAAATAATGATGGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 184527 GTGAAAATGATGAAAATGTA...AAGACTGATGATAAAAATAATGATGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GAAGAGCAAGAAGTTCGAGATGACAACCGCCCCAAAGGCCGAGAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184892 GAAGAGCAAGAAGTTCGAGATGACAACCGCCCCAAAGGCCGAGAGGAACA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 CTACGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAAGAAGACGGGGCTGCAGTTGCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184942 CTACGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAAGAAGACGGGGCTGCAGTTGCTGAGA

   2200     .    :    .    :
   2066 AATCACATCGAAGAGCTGAAATG
        |||||||||||||||||||||||
 184992 AATCACATCGAAGAGCTGAAATG