seq1 = pF1KE1260.tfa, 1785 bp
seq2 = pF1KE1260/gi568815593f_122990015.tfa (gi568815593f:122990015_123287198), 297184 bp

>pF1KE1260 1785
>gi568815593f:122990015_123287198 (Chr5)

1-592  (100001-100592)   100% ->
593-900  (109640-109947)   100% ->
901-1028  (165870-165997)   100% ->
1029-1153  (169500-169624)   100% ->
1154-1496  (180752-181094)   100% ->
1497-1673  (190133-190309)   100% ->
1674-1785  (197073-197184)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAAGCCCGGAGACCCCGGCGGTTCGGCCTTCCTCAAAGTGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGAAGCCCGGAGACCCCGGCGGTTCGGCCTTCCTCAAAGTGGACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCTACCTGCAGCACTGGCAGCAACTCTTCCCTCACGGAGGCGCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCCTACCTGCAGCACTGGCAGCAACTCTTCCCTCACGGAGGCGCAGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCTCAAGGGCAGCGGCGCCGCGGGTCTCCTGAGCGCGCCGCAGCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCTCAAGGGCAGCGGCGCCGCGGGTCTCCTGAGCGCGCCGCAGCCTCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCCGCCGCCGCCGCCCCCGCCCCCGGAGCGCGCTGAGCCTCCGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCCGCCGCCGCCGCCCCCGCCCCCGGAGCGCGCTGAGCCTCCGCCGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCCTGCGCCCGCGGCCCGCCTCTCTCTCCTCCGCCTCGTCCACGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCCTGCGCCCGCGGCCCGCCTCTCTCTCCTCCGCCTCGTCCACGCCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTTCCTCTTCCACCTCCGCCTCCTCCGCCTCCTCCTGCGCTGCTGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTTCCTCTTCCACCTCCGCCTCCTCCGCCTCCTCCTGCGCTGCTGCGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTGCCGCCGCGCTGGCTGGTCTCTCGGCCCTGCCGGTGTCGCAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCTGCCGCCGCGCTGGCTGGTCTCTCGGCCCTGCCGGTGTCGCAGCTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTGTTCGCGCCTCTAGCCGCCGCTGCCGTCGCCGCCGAGCCGCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTGTTCGCGCCTCTAGCCGCCGCTGCCGTCGCCGCCGAGCCGCTGCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCAAGGAACTGTGCCTCGGCGCCACCTCCGGCCCCGGGCCCGTCAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCAAGGAACTGTGCCTCGGCGCCACCTCCGGCCCCGGGCCCGTCAAGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCGGGGAGGGTCGCGGCGCCCCGCGCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCGGGGAGGGTCGCGGCGCCCCGCGCTTCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGCAGCGCAGAGGAGCTGGACTATTACCTGTATGGCCAGCAGCGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGCAGCGCAGAGGAGCTGGACTATTACCTGTATGGCCAGCAGCGCATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGATCATCCCGCTCAACCAGCACACCAGCGACCCCAACAACC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100551 AGATCATCCCGCTCAACCAGCACACCAGCGACCCCAACAACCGTA...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    593  GTTGCGACATGTGCGCGGACAACCGCAACGGCGAGTGCCCTATGCATGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109639 GGTTGCGACATGTGCGCGGACAACCGCAACGGCGAGTGCCCTATGCATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCCACTGCACTCGCTGCGCCGGCTTGTGGGCACCAGCAGCGCTGCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109689 GCCACTGCACTCGCTGCGCCGGCTTGTGGGCACCAGCAGCGCTGCGGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCGCGCCCCCGCCGGAGCTGCCGGAGTGGCTGCGGGACCTGCCTCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109739 CCGCGCCCCCGCCGGAGCTGCCGGAGTGGCTGCGGGACCTGCCTCGCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GTGTGCCTCTGCACCAGTACTGTGCCCGGCCTGGCCTACGGCATCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109789 GTGTGCCTCTGCACCAGTACTGTGCCCGGCCTGGCCTACGGCATCTGCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGCGCAGAGGATCCAGCAAGGCACCTGGATTGGACCTTTCCAAGGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109839 GGCGCAGAGGATCCAGCAAGGCACCTGGATTGGACCTTTCCAAGGCGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TTCTGCCCCCAGAGAAGGTGCAGGCAGGCGCCGTGAGGAACACGCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109889 TTCTGCCCCCAGAGAAGGTGCAGGCAGGCGCCGTGAGGAACACGCAGCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTCTGGGAG         ATATATGACCAGGATGGGACACTACAGCACTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109939 CTCTGGGAGGTA...CAGATATATGACCAGGATGGGACACTACAGCACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TATTGATGGTGGGGAACCTAGTAAGTCGAGCTGGATGAGGTATATCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165902 TATTGATGGTGGGGAACCTAGTAAGTCGAGCTGGATGAGGTATATCCGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GTGCAAGGCACTGCGGAGAACAGAATCTAACAGTAGTTCAGTACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 165952 GTGCAAGGCACTGCGGAGAACAGAATCTAACAGTAGTTCAGTACAGGTA.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029      GTCGAATATATTCTACCGAGCCTGTATAGATATCCCTAGGGGCAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166002 ..TAGGTCGAATATATTCTACCGAGCCTGTATAGATATCCCTAGGGGCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CGAGCTTCTGGTGTGGTACAATGACAGCTATACGTCTTTCTTTGGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169545 CGAGCTTCTGGTGTGGTACAATGACAGCTATACGTCTTTCTTTGGGATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CCTTACAATGCATTGCCCAGGATGAAAACT         TAAATGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 169595 CCTTACAATGCATTGCCCAGGATGAAAACTGTA...TAGTAAATGTCCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TCAACGGTAATGGAAGCCATGTGCAGACAAGACGCCCTGCAGCCCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180763 TCAACGGTAATGGAAGCCATGTGCAGACAAGACGCCCTGCAGCCCTTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CAAAAGCAGCAAACTCGCCCCTACCACCCAGCAGCGCTCCGTTGTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180813 CAAAAGCAGCAAACTCGCCCCTACCACCCAGCAGCGCTCCGTTGTTTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CCCAGACTCCGTGCAGCAGGAACTTCTCTCTTCTGGATAAGTCTGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180863 CCCAGACTCCGTGCAGCAGGAACTTCTCTCTTCTGGATAAGTCTGGGCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 ATTGAATCAGGATTTAATCAAATCAACGTGAAAAACCAGCGAGTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180913 ATTGAATCAGGATTTAATCAAATCAACGTGAAAAACCAGCGAGTCCTGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 AAGCCCAACTTCCACAAGCCAGCTCCACTCGGAGTTCAGTGACTGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180963 AAGCCCAACTTCCACAAGCCAGCTCCACTCGGAGTTCAGTGACTGGCATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TTTGGAAATGTGGGCAGTGCTTTAAGACTTTCACCCAGCGGATCCTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181013 TTTGGAAATGTGGGCAGTGCTTTAAGACTTTCACCCAGCGGATCCTCTTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CAGATGCACGTGTGCACGCAGAACCCCGACAG         ACCCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 181063 CAGATGCACGTGTGCACGCAGAACCCCGACAGGTA...CAGACCCTACCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 ATGCGGCCACTGCTCCCAGTCCTTTTCCCAGCCTTCAGAACTGAGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190142 ATGCGGCCACTGCTCCCAGTCCTTTTCCCAGCCTTCAGAACTGAGGAACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 ACGTGGTCACTCACTCTAGTGACCGGCCTTTCAAGTGCGGCTACTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190192 ACGTGGTCACTCACTCTAGTGACCGGCCTTTCAAGTGCGGCTACTGTGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 CGTGCCTTTGCCGGGGCCACCACCCTCAACAACCACATCCGAACCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190242 CGTGCCTTTGCCGGGGCCACCACCCTCAACAACCACATCCGAACCCACAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 TGGAGAAAAGCCCTTCAA         GTGCGAGAGGTGTGAGAGGAGCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 190292 TGGAGAAAAGCCCTTCAAGTA...CAGGTGCGAGAGGTGTGAGAGGAGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TCACGCAGGCCACCCAGCTGAGCCGACACCAGCGGATGCCCAATGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197096 TCACGCAGGCCACCCAGCTGAGCCGACACCAGCGGATGCCCAATGAGTGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .
   1747 AAGCCAATAACTGAGAGCCCAGAATCAATCGAAGTGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197146 AAGCCAATAACTGAGAGCCCAGAATCAATCGAAGTGGAT