seq1 = pF1KE1254.tfa, 1641 bp
seq2 = pF1KE1254/gi568815591f_123555964.tfa (gi568815591f:123555964_123763205), 207242 bp

>pF1KE1254 1641
>gi568815591f:123555964_123763205 (Chr7)

1-273  (100001-100273)   100% ->
274-1617  (105897-107240)   100% ->
1618-1641  (107756-107779)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTACCTTTGGCTACCGAAGAGGACTCAGTAAATACGAATCCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTACCTTTGGCTACCGAAGAGGACTCAGTAAATACGAATCCATCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGGATGAACTCCTCGCCTCCCTGTCAGCCGAGGAGCTGAAGGAGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGGATGAACTCCTCGCCTCCCTGTCAGCCGAGGAGCTGAAGGAGCTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGAGAGTTGGAAGACATTGAACCTGACCGCAACCTTCCCGTGGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAGAGAGTTGGAAGACATTGAACCTGACCGCAACCTTCCCGTGGGGCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGCAAAAGAGCCTGACAGAGAAAACCCCCACAGGGACATTCAGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGCAAAAGAGCCTGACAGAGAAAACCCCCACAGGGACATTCAGCAGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCACTGATGGCCTATTGGGAAAAGGAGTCCCAAAAACTCTTGGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCACTGATGGCCTATTGGGAAAAGGAGTCCCAAAAACTCTTGGAGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAGGCTGGGGGAATGTGGAAAG         GTTGCAGAAGACAAAGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100251 AGAGGCTGGGGGAATGTGGAAAGGTA...TAGGTTGCAGAAGACAAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAAGTGAAGAAGAGCTTATCTTTACTGAAAGTAACAGTGAGGTTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105915 GAAAGTGAAGAAGAGCTTATCTTTACTGAAAGTAACAGTGAGGTTTCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAAGTGTATACAGAGGAGGAGGAGGAGGAGTCCCAGGAGGAAGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105965 GGAAGTGTATACAGAGGAGGAGGAGGAGGAGTCCCAGGAGGAAGAGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAGAAGACAGTGACGAAGAGGAAAGAACAATTGAAACTGCAAAAGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106015 AAGAAGACAGTGACGAAGAGGAAAGAACAATTGAAACTGCAAAAGGGATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AATGGAACTGTAAATTATGATAGTGTCAATTCTGACAACTCTAAGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106065 AATGGAACTGTAAATTATGATAGTGTCAATTCTGACAACTCTAAGCCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GATATTTAAAAGTCAAATAGAGAACATAAATTTGACCAATGGCAGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106115 GATATTTAAAAGTCAAATAGAGAACATAAATTTGACCAATGGCAGCAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGAGGAACACAGAGTCCCCAGCTGCCATTCACCCTTGTGGAAATCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106165 GGAGGAACACAGAGTCCCCAGCTGCCATTCACCCTTGTGGAAATCCTACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGATTGAGGACGCTTTGGACAAGATTAAAAGCAATGACCCTGACACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106215 GTGATTGAGGACGCTTTGGACAAGATTAAAAGCAATGACCCTGACACCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGAAGTCAATTTGAACAACATTGAGAACATCACAACACAGACCCTTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106265 AGAAGTCAATTTGAACAACATTGAGAACATCACAACACAGACCCTTACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCTTTGCTGAAGCCCTCAAGGACAACACTGTGGTGAAGACGTTCAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106315 GCTTTGCTGAAGCCCTCAAGGACAACACTGTGGTGAAGACGTTCAGTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCCAACACGCATGCCGACGACAGTGCAGCCATGGCCATTGCAGAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106365 GCCAACACGCATGCCGACGACAGTGCAGCCATGGCCATTGCAGAGATGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CAAAGTCAATGAGCACATCACCAACGTAAACGTCGAGTCCAACTTCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106415 CAAAGTCAATGAGCACATCACCAACGTAAACGTCGAGTCCAACTTCATAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CGGGAAAGGGGATCCTGGCCATCATGAGAGCTCTCCAGCACAACACGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106465 CGGGAAAGGGGATCCTGGCCATCATGAGAGCTCTCCAGCACAACACGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTCACGGAGCTGCGTTTCCATAACCAGAGGCACATCATGGGCAGCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106515 CTCACGGAGCTGCGTTTCCATAACCAGAGGCACATCATGGGCAGCCAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGAAATGGAGATTGTCAAGCTGCTGAAGGAGAACACGACGCTGCTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106565 GGAAATGGAGATTGTCAAGCTGCTGAAGGAGAACACGACGCTGCTGAGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGGGATACCATTTTGAACTCCCAGGACCAAGAATGAGCATGACGAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106615 TGGGATACCATTTTGAACTCCCAGGACCAAGAATGAGCATGACGAGCATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TTGACAAGAAATATGGATAAACAGAGGCAAAAACGTTTGCAGGAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106665 TTGACAAGAAATATGGATAAACAGAGGCAAAAACGTTTGCAGGAGCAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 ACAGCAGGAGGGATACGATGGAGGACCCAATCTTAGGACCAAAGTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106715 ACAGCAGGAGGGATACGATGGAGGACCCAATCTTAGGACCAAAGTCTGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AAAGAGGAACACCTAGCTCTTCACCTTATGTATCTCCCAGGCACTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106765 AAAGAGGAACACCTAGCTCTTCACCTTATGTATCTCCCAGGCACTCACCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TGGTCATCCCCAAAACTCCCCAAAAAAGTCCAGACTGTGAGGAGCCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106815 TGGTCATCCCCAAAACTCCCCAAAAAAGTCCAGACTGTGAGGAGCCGTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TCTGTCTCCTGTGGCCACACCTCCTCCTCCTCCCCCTCCTCCTCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106865 TCTGTCTCCTGTGGCCACACCTCCTCCTCCTCCCCCTCCTCCTCCTCCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CCCCTCCTTCTTCCCAAAGGCTGCCACCACCTCCTCCTCCTCCCCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106915 CCCCTCCTTCTTCCCAAAGGCTGCCACCACCTCCTCCTCCTCCCCCTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CCACTCCCAGAGAAAAAGCTCATTACCAGAAACATTGCAGAAGTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106965 CCACTCCCAGAGAAAAAGCTCATTACCAGAAACATTGCAGAAGTCATCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 ACAACAGGAGAGTGCCCAACGGGCATTACAAAATGGACAAAAAAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107015 ACAACAGGAGAGTGCCCAACGGGCATTACAAAATGGACAAAAAAAGAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 AAGGGAAAAAGGTCAAGAAACAGCCAAACAGTATTCTAAAGGAAATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107065 AAGGGAAAAAGGTCAAGAAACAGCCAAACAGTATTCTAAAGGAAATAAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 AATTCTCTGAGGTCAGTGCAAGAGAAGAAAATGGAAGACAGTTCCCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107115 AATTCTCTGAGGTCAGTGCAAGAGAAGAAAATGGAAGACAGTTCCCGACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TTCTACCCCACAGAGATCAGCTCATGAGAATCTCATGGAAGCAATTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107165 TTCTACCCCACAGAGATCAGCTCATGAGAATCTCATGGAAGCAATTCGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 GAAGCAGCATAAAACAGCTAAAGCGG         GTGGAAGTTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107215 GAAGCAGCATAAAACAGCTAAAGCGGGTA...TAGGTGGAAGTTCCAGAA

   1650     .
   1633 GCCCTGCGA
        |||||||||
 107771 GCCCTGCGA