seq1 = pF1KE1250.tfa, 1518 bp
seq2 = pF1KE1250/gi568815578f_43814892.tfa (gi568815578f:43814892_44166857), 351966 bp

>pF1KE1250 1518
>gi568815578f:43814892_44166857 (Chr20)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-165  (158476-158541)   100% ->
166-411  (191656-191901)   100% ->
412-651  (236415-236654)   100% ->
652-879  (239408-239635)   100% ->
880-960  (249886-249966)   100% ->
961-1356  (250821-251216)   100% ->
1357-1484  (251839-251966)   100% ->
1485-1518  (253759-253792)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGTCCGCCTGTACCCCTCGGCGCCCGCGGTGGGCGCGCGGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGTCCGCCTGTACCCCTCGGCGCCCGCGGTGGGCGCGCGGCCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGAGCCGGCCGGCCTGGCGCACCTGGACTATTACCACGGCGGCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 GGCCGAGCCGGCCGGCCTGGCGCACCTGGACTATTACCACGGCGGCAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         TTTGATGGTGACAGTGCCTACGTGGGGATGAGTGACGGAAAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TA...TAGTTTGATGGTGACAGTGCCTACGTGGGGATGAGTGACGGAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGAGCTCCTGTCAACCAGCCAG         ACCTACAACGGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 158518 CCAGAGCTCCTGTCAACCAGCCAGGTG...TAGACCTACAACGGCCAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGAGAACAACGAAGACTATGAGATCCCCCCGATAACACCTCCCAACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191673 CGAGAACAACGAAGACTATGAGATCCCCCCGATAACACCTCCCAACCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGGAGCCATCCCTCCTGCACCTGGGGGACCACGAAGCCAGCTACCACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191723 CGGAGCCATCCCTCCTGCACCTGGGGGACCACGAAGCCAGCTACCACTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGTGCCACGGCCTCACCCCCAACGGTCTGCTCCCTGCCTACTCCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191773 CTGTGCCACGGCCTCACCCCCAACGGTCTGCTCCCTGCCTACTCCTATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCCATGGACCTCCCAGCCATCATGGTGTCCAACATGCTAGCACAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191823 GGCCATGGACCTCCCAGCCATCATGGTGTCCAACATGCTAGCACAGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCACCTGCTGTCGGGCCAGCTGCCCACG         ATCCAGGAGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 191873 GCCACCTGCTGTCGGGCCAGCTGCCCACGGTG...TAGATCCAGGAGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCCACTCGGAAGTGGCTGCCTATGACTCGGGCCGGCCCGGGCCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236427 GTCCACTCGGAAGTGGCTGCCTATGACTCGGGCCGGCCCGGGCCCCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGTCGCCCGGCAATGCTGGCCAGCCACATGAGTGCCCTCAGCCAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236477 GGGTCGCCCGGCAATGCTGGCCAGCCACATGAGTGCCCTCAGCCAGTCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTCATCTCGCAGATGGGCATCCGGAGCAGCATCGCCCACAGCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236527 AGCTCATCTCGCAGATGGGCATCCGGAGCAGCATCGCCCACAGCTCCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCACCGCCGGGGAGCAAGTCAGCGACCCCCTCTCCCTCCAGCTCCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236577 TCACCGCCGGGGAGCAAGTCAGCGACCCCCTCTCCCTCCAGCTCCACTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGAAGAGGAGTCGGAAGTGCATTTCAAG         ATCTCGGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 236627 GGAAGAGGAGTCGGAAGTGCATTTCAAGGTA...CAGATCTCGGGAGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGAGACCTTCAGCCGACCCAGGAAAAAAGGCCAAGAACCCGAAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239421 AGAGACCTTCAGCCGACCCAGGAAAAAAGGCCAAGAACCCGAAGAAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAAAAGAAGGACCCCAATGAGCCGCAGAAGCCTGTGTCGGCCTACGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239471 AAAAAGAAGGACCCCAATGAGCCGCAGAAGCCTGTGTCGGCCTACGCACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTTCTTCAGAGACACTCAGGCCGCCATCAAGGGTCAGAACCCCAGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239521 CTTCTTCAGAGACACTCAGGCCGCCATCAAGGGTCAGAACCCCAGTGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTTTCGGTGACGTGTCCAAAATCGTGGCCTCCATGTGGGACAGCCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239571 CTTTCGGTGACGTGTCCAAAATCGTGGCCTCCATGTGGGACAGCCTGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAGGAACAGAAGCAG         GCCTACAAGAGGAAGACAGAAGCAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 239621 GAGGAACAGAAGCAGGTG...CAGGCCTACAAGAGGAAGACAGAAGCAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AAAGAAGGAATATCTGAAGGCCCTGGCAGCCTACCGGGCTAGCCTCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249912 AAAGAAGGAATATCTGAAGGCCCTGGCAGCCTACCGGGCTAGCCTCGTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCAAG         AGCTCCCCAGATCAAGGTGAGACCAAGAGCACTCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249962 CCAAGGTA...CAGAGCTCCCCAGATCAAGGTGAGACCAAGAGCACTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GCAAACCCACCAGCCAAAATGCTCCCACCCAAGCAGCCCATGTATGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250857 GCAAACCCACCAGCCAAAATGCTCCCACCCAAGCAGCCCATGTATGCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCCAGGCCTGGCCTCCTTCCTGACGCCGTCGGACCTGCAGGCCTTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250907 GCCAGGCCTGGCCTCCTTCCTGACGCCGTCGGACCTGCAGGCCTTCCGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GTGGGGCCTCCCCTGCCAGCCTCGCCCGGACGCTGGGCTCCAAGTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250957 GTGGGGCCTCCCCTGCCAGCCTCGCCCGGACGCTGGGCTCCAAGTCTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTGCCAGGCCTCAGTGCGTCCCCGCCGCCGCCACCCTCCTTCCCGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251007 CTGCCAGGCCTCAGTGCGTCCCCGCCGCCGCCACCCTCCTTCCCGCTCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCCCACACTGCACCAGCAGCTGTCACTGCCCCCTCACGCCCAGGGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251057 CCCCACACTGCACCAGCAGCTGTCACTGCCCCCTCACGCCCAGGGCGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TCCTCAGTCCACCTGTTAGCATGTCCCCAGCCCCCCAGCCCCCTGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251107 TCCTCAGTCCACCTGTTAGCATGTCCCCAGCCCCCCAGCCCCCTGTCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CCCACCCCCATGGCACTCCAGGTGCAGCTGGCGATGAGCCCCTCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251157 CCCACCCCCATGGCACTCCAGGTGCAGCTGGCGATGAGCCCCTCACCTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AGGGCCACAG         GACTTCCCGCACATCTCTGAGTTCCCCAGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 251207 AGGGCCACAGGTA...TAGGACTTCCCGCACATCTCTGAGTTCCCCAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GCTCGGGATCCTGCTCACCTGGCCCATCCAACCCCACCAGCAGCGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251870 GCTCGGGATCCTGCTCACCTGGCCCATCCAACCCCACCAGCAGCGGGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TGGGACAGCAGCTACCCCAGTGGGGAGTGTGGCATCAGCACCTGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 251920 TGGGACAGCAGCTACCCCAGTGGGGAGTGTGGCATCAGCACCTGCAGGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :
   1485       CCTGCTCCCCAGGGACAAATCGCTCTACCTCACC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251970 ...CAGCCTGCTCCCCAGGGACAAATCGCTCTACCTCACC