seq1 = pF1KE1249.tfa, 1482 bp
seq2 = pF1KE1249/gi568815579f_1653663.tfa (gi568815579f:1653663_1875442), 221780 bp

>pF1KE1249 1482
>gi568815579f:1653663_1875442 (Chr19)

1-1192  (100001-101192)   100% ->
1193-1482  (121491-121780)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGAGCCTGGAGAGCCTGGGGGGCCTGCACAGCGTGGCCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTGAGCCTGGAGAGCCTGGGGGGCCTGCACAGCGTGGCCCACGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGCGGGCGAGCTGCTGAGCCCGGGCCACGCGCGCTCGGCGGCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGCGGGCGAGCTGCTGAGCCCGGGCCACGCGCGCTCGGCGGCGGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCACCGCGGCCTGGTGGCGCCCGGGCGCCCGGGCCTGGTGGCCGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCACCGCGGCCTGGTGGCGCCCGGGCGCCCGGGCCTGGTGGCCGGCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGAGCCTGCTGGACGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGTGGGGGCGCCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGAGCCTGCTGGACGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGTGGGGGCGCCGGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCGGGCGGCGCGGGCAGCGCGGGCGGCGGCGCGGACTTCCGCGGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCGGGCGGCGCGGGCAGCGCGGGCGGCGGCGCGGACTTCCGCGGGGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGCGGGCCCGCTGCACCCGGCAATGGGCATGGCCTGCGAGGCGCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGCGGGCCCGCTGCACCCGGCAATGGGCATGGCCTGCGAGGCGCCGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGGCGGCACCTACACGACGCTCACGCCCCTGCAGCACCTGCCGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGGCGGCACCTACACGACGCTCACGCCCCTGCAGCACCTGCCGCCGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCGGCCGTGGCCGACAAGTTCCACCAGCACGCGGCGGCCGCGGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGCGGCCGTGGCCGACAAGTTCCACCAGCACGCGGCGGCCGCGGCCGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCGGGGCGCACGGCGGCCATCCCCACGCGCACCCGCACCCGGCGGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCGGGGCGCACGGCGGCCATCCCCACGCGCACCCGCACCCGGCGGCCGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCGCCCCCGCCACCCCCGCCGCAGCGTCTGGCGGCCAGCGTGAGCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCGCCCCCGCCACCCCCGCCGCAGCGTCTGGCGGCCAGCGTGAGCGGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCACCCTCATGCGCGACGAGCGGGCGGCGCTCGCCTCCGTGGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCACCCTCATGCGCGACGAGCGGGCGGCGCTCGCCTCCGTGGGCCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTACGGACCCTACGGCAAGGAGCTGCCCGCCATGGGGTCGCCGCTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCTACGGACCCTACGGCAAGGAGCTGCCCGCCATGGGGTCGCCGCTGTCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCGCTGCCCAACGCGCTGCCGCCCGCGCTGCACGGCGCCCCGCAGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCGCTGCCCAACGCGCTGCCGCCCGCGCTGCACGGCGCCCCGCAGCCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCCGCCGCCACCACCCCCGCCGCTGGCCGCCTACGGCCCGCCAGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCCGCCGCCACCACCCCCGCCGCTGGCCGCCTACGGCCCGCCAGGCCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGCTGGGGACAAGCTGCTGCCGCCCGCCGCCTTCGAGCCGCACGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGCTGGGGACAAGCTGCTGCCGCCCGCCGCCTTCGAGCCGCACGCCGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGCTGGGACGCGCGGAGGACGCACTGGCCCGCGGGCTGCCCGGAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGCTGGGACGCGCGGAGGACGCACTGGCCCGCGGGCTGCCCGGAGGCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGGCGGCACAGGCAGCGGCGGAGCGGGCAGCGGGAGCGCCGCGGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGGCGGCACAGGCAGCGGCGGAGCGGGCAGCGGGAGCGCCGCGGGGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGCGCCGCTGGGCGGGCTGGCGGCGGCCGGGGCGCACGGGCCGCACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGGCGCCGCTGGGCGGGCTGGCGGCGGCCGGGGCGCACGGGCCGCACGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGAGGCGGCGGCCCCGGCGGGAGCGGCGGCGGCCCCAGCGCGGGCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGAGGCGGCGGCCCCGGCGGGAGCGGCGGCGGCCCCAGCGCGGGCGCAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGCCGAGGAGATCAACACCAAGGAGGTGGCGCAGCGCATCACGGCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGCCGAGGAGATCAACACCAAGGAGGTGGCGCAGCGCATCACGGCGGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGAAGCGCTACAGCATCCCGCAGGCAATCTTCGCGCAGCGGATCCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGAAGCGCTACAGCATCCCGCAGGCAATCTTCGCGCAGCGGATCCTGTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CGCTCTCAGGGCACGCTCTCCGACCTGCTGCGCAACCCCAAGCCGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CGCTCTCAGGGCACGCTCTCCGACCTGCTGCGCAACCCCAAGCCGTGGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CAAGCTCAAATCCGGCCGCGAGACCTTCCGCAGGATGTGGAAGTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CAAGCTCAAATCCGGCCGCGAGACCTTCCGCAGGATGTGGAAGTGGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGGAGCCAGAGTTCCAGCGCATGTCGGCGCTGCGCTTGGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101151 AGGAGCCAGAGTTCCAGCGCATGTCGGCGCTGCGCTTGGCAGGTA...CA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193  CCTGCAAGCGCAAGGAACAGGAGCAGCAGAAGGAGCGCGCCCTGCAGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121490 GCCTGCAAGCGCAAGGAACAGGAGCAGCAGAAGGAGCGCGCCCTGCAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CAAGAAGCAGCGCCTGGTGTTCACCGACCTGCAGCGACGCACGCTGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121540 CAAGAAGCAGCGCCTGGTGTTCACCGACCTGCAGCGACGCACGCTGATCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CCATCTTCAAGGAGAACAAGCGGCCGTCCAAGGAGATGCAGGTCACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121590 CCATCTTCAAGGAGAACAAGCGGCCGTCCAAGGAGATGCAGGTCACCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TCGCAGCAGCTCGGCTTGGAGCTCAACACCGTCAGCAACTTCTTCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121640 TCGCAGCAGCTCGGCTTGGAGCTCAACACCGTCAGCAACTTCTTCATGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CGCGCGGCGCCGCTGCATGAACCGCTGGGCTGAGGAGCCCAGCACGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121690 CGCGCGGCGCCGCTGCATGAACCGCTGGGCTGAGGAGCCCAGCACGGCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CCGGGGGCCCCGCCGGCGCCACGGCCACTTTCTCCAAGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121740 CCGGGGGCCCCGCCGGCGCCACGGCCACTTTCTCCAAGGCC