seq1 = pF1KE1247.tfa, 1446 bp
seq2 = pF1KE1247/gi568815597r_32584009.tfa (gi568815597r:32584009_32802660), 218652 bp

>pF1KE1247 1446
>gi568815597r:32584009_32802660 (Chr1)

(complement)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-1233  (106617-107796)   99% ->
1234-1358  (118279-118403)   100% ->
1359-1446  (118572-118659)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGCCCGGAGCCCCGGCGCGGCGGGGACGGCGCCGCCCAGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGCCCGGAGCCCCGGCGCGGCGGGGACGGCGCCGCCCAGGCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAG         GAAAACAAGAGTAGAGGCCAATTCTCCTCTTCCAAAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGGTA...CAGGAAAACAAGAGTAGAGGCCAATTCTCCTCTTCCAAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTCTGGATCCCTAAATGAGGCAGAAGCCTTGAACCCAGAAGTTACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106655 ACTCTGGATCCCTAAATGAGGCAGAAGCCTTGAACCCAGAAGTTACTCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTTCAGAGGGGTCCTTAAACCTCGAAGACATTCTCTACCTGGAGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106705 TCTTCAGAGGGGTCCTTAAACCTCGAAGACATTCTCTACCTGGAGGACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGTGACCTTGATGAGACACTCTATGTGCAAGAGACTGAGAAGGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106755 AGGTGACCTTGATGAGACACTCTATGTGCAAGAGACTGAGAAGGCAGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGCCCTGTATATTGAGGAGGCCATGCAGCCAGATGAGGCTCTGCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106805 AGGCCCTGTATATTGAGGAGGCCATGCAGCCAGATGAGGCTCTGCATGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGGAGCCTGGGAATCCAGAGGAGACAGTGTGTGTGGAGGAAACCACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106855 GAGGAGCCTGGGAATCCAGAGGAGACAGTGTGTGTGGAGGAAACCACGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCAGATCGGATACAGTTTGTGGAGGGGCCCGTGGAGCCAGGAAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106905 GCCAGATCGGATACAGTTTGTGGAGGGGCCCGTGGAGCCAGGAAAGCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAAGCCCAGAGCACGTTGTTTATGAGGGAGAGACAGTCACAAGGGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106955 CAAGCCCAGAGCACGTTGTTTATGAGGGAGAGACAGTCACAAGGGCGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAATCTAACCCTGAGGAGAGCCTCAGAGCCGAGCAGAGCCCCAGCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 107005 AAATCTAACCCTGAGGAGAGCCTCAGAGCCGAGCAGAGCCCCAGCATGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGAGAACCTGAGCATAGAGGACCTGGAATTGCTAGAGGGGCGTTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107055 GGAGAACCTGAGCATAGAGGACCTGGAATTGCTAGAGGGGCGTTTCCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGTGTGTCCAAGCTGTGGCCCAGCTGGAAGAGGAGAGGGATCAGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107105 AGTGTGTCCAAGCTGTGGCCCAGCTGGAAGAGGAGAGGGATCAGCTCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CATGAGCTTGTATTGCTCCGGGAACCAGCCCTGCAGGAGGTACAGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107155 CATGAGCTTGTATTGCTCCGGGAACCAGCCCTGCAGGAGGTACAGCAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCATCAAGACATCCTGGCTGCCTACAAGCTCCATGCCCAAGCAGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107205 CCATCAAGACATCCTGGCTGCCTACAAGCTCCATGCCCAAGCAGAGCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGAGAGATGGCCTAAGGGAGGAGATCCGGCTGGTCAAGCAGAAGCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107255 AGAGAGATGGCCTAAGGGAGGAGATCCGGCTGGTCAAGCAGAAGCTTTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AAAGTGACAAAGGAATGTGTGGCCTACCAATACCAGCTGGAGTGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107305 AAAGTGACAAAGGAATGTGTGGCCTACCAATACCAGCTGGAGTGCCGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCAGGACGTGGCTCAGTTTGCCGATTTCCAGGAAGTGCTGACTACAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 107355 GCAGGACGTGGCTCAGTTTGCCGATTTCCGGGAAGTGCTGACTACAAGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CAACCCAGCTCTCAGAGGAACTGGCCCAGCTCCGGGATGCCTATCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107405 CAACCCAGCTCTCAGAGGAACTGGCCCAGCTCCGGGATGCCTATCAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAGAAGGAGCAGCTGCGGCAACAACTAGAAGCCCCTCCAAGCCAGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107455 CAGAAGGAGCAGCTGCGGCAACAACTAGAAGCCCCTCCAAGCCAGAGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGGGCACTTTCTCCAGGAAAGCCGGCGACTCTCTGCCCAGTTTGAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107505 TGGGCACTTTCTCCAGGAAAGCCGGCGACTCTCTGCCCAGTTTGAAAATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCATGGCAGAGAGCCGCCAGGACCTGGAGGAGGAGTATGAGCCTCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107555 TCATGGCAGAGAGCCGCCAGGACCTGGAGGAGGAGTATGAGCCTCAGTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CTGCGGCTCCTAGAGAGGAAAGAAGCTGGGACCAAAGCTCTGCAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107605 CTGCGGCTCCTAGAGAGGAAAGAAGCTGGGACCAAAGCTCTGCAGAGAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCAGGCTGAGATCCAGGAAATGAAGGAGGCTCTGAGACCCCTGCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107655 CCAGGCTGAGATCCAGGAAATGAAGGAGGCTCTGAGACCCCTGCAAGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AGGCCCGGCAGCTCCGCCTGCAAAACAGGAACCTGGAGGACCAGATCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107705 AGGCCCGGCAGCTCCGCCTGCAAAACAGGAACCTGGAGGACCAGATCGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CTTGTGAGGCAAAAACGAGATGAAGAGGTGCAGCAGTACAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107755 CTTGTGAGGCAAAAACGAGATGAAGAGGTGCAGCAGTACAGGGTA...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234  GAACAGCTGGAGGAAATGGAAGAACGCCAGAGGCAGTTAAGAAATGGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118278 GGAACAGCTGGAGGAAATGGAAGAACGCCAGAGGCAGTTAAGAAATGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TGCAACTCCAGCAACAGAAGAACAAAGAGATGGAACAGCTAAGGCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118328 TGCAACTCCAGCAACAGAAGAACAAAGAGATGGAACAGCTAAGGCTCAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CTTGCTGAAGAGCTCTCTACTTATAA         GGCTATGCTACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 118378 CTTGCTGAAGAGCTCTCTACTTATAAGTC...AAGGGCTATGCTACTACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CAAGAGCCTGGAACAGGCTGATGCTCCCACTTCTCAGGCAGGTGGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118587 CAAGAGCCTGGAACAGGCTGATGCTCCCACTTCTCAGGCAGGTGGAATGG

   1450     .    :    .    :
   1424 AGACACAGTCTCAAGGGGCTGTT
        |||||||||||||||| | | ||
 118637 AGACACAGTCTCAAGGTGATCTT