seq1 = pF1KE1246.tfa, 1446 bp
seq2 = pF1KE1246/gi568815596r_174648127.tfa (gi568815596r:174648127_174864394), 216268 bp

>pF1KE1246 1446
>gi568815596r:174648127_174864394 (Chr2)

(complement)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-189  (104762-104907)   100% ->
190-234  (105020-105064)   100% ->
235-309  (106375-106449)   100% ->
310-419  (106720-106829)   100% ->
420-615  (109981-110176)   100% ->
616-853  (110655-110892)   100% ->
854-1077  (114226-114449)   100% ->
1078-1317  (115576-115815)   100% ->
1318-1446  (116140-116268)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCTGGCCTCTCCTCCTGCTCTTTAGCCTTTGCTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGGAGCCCTGGCCTCTCCTCCTGCTCTTTAGCCTTTGCTCAGGTA...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   CTGGCCTCGTCCTGGGCTCCGAACATGAGACCCGTCTGGTGGCAAAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104760 AGCTGGCCTCGTCCTGGGCTCCGAACATGAGACCCGTCTGGTGGCAAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATTTAAAGACTACAGCAGCGTGGTGCGGCCAGTGGAAGACCACCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104810 TATTTAAAGACTACAGCAGCGTGGTGCGGCCAGTGGAAGACCACCGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCGTGGAGGTCACCGTGGGCCTGCAGCTGATACAGCTCATCAATGTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104860 GTCGTGGAGGTCACCGTGGGCCTGCAGCTGATACAGCTCATCAATGTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190        GATGAAGTAAATCAGATCGTGACAACCAATGTGCGTCTGAAAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104910 G...CAGGATGAAGTAAATCAGATCGTGACAACCAATGTGCGTCTGAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AG         GGTGACATGGTAGATCTGCCACGCCCCAGCTGCGTGACT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105063 AGGTA...CAGGGTGACATGGTAGATCTGCCACGCCCCAGCTGCGTGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTGGGAGTTCCTTTGTTTTCTCATCTGCAGAATGAG         CAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106414 TTGGGAGTTCCTTTGTTTTCTCATCTGCAGAATGAGGTC...TAGCAATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGTGGATTACAACCTAAAATGGAATCCAGATGACTATGGCGGTGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106725 GGTGGATTACAACCTAAAATGGAATCCAGATGACTATGGCGGTGTGAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAATTCACATTCCTTCAGAAAAGATCTGGCGCCCAGACCTTGTTCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106775 AAATTCACATTCCTTCAGAAAAGATCTGGCGCCCAGACCTTGTTCTCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AACAA         TGCAGATGGTGACTTTGCTATTGTCAAGTTCACCAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106825 AACAAGTG...TAGTGCAGATGGTGACTTTGCTATTGTCAAGTTCACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGTGCTCCTGCAGTACACTGGCCACATCACGTGGACACCTCCAGCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110017 AGTGCTCCTGCAGTACACTGGCCACATCACGTGGACACCTCCAGCCATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTAAAAGCTACTGTGAGATCATCGTCACCCACTTTCCCTTTGATGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110067 TTAAAAGCTACTGTGAGATCATCGTCACCCACTTTCCCTTTGATGAACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACTGCAGCATGAAGCTGGGCACCTGGACCTACGACGGCTCTGTCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110117 AACTGCAGCATGAAGCTGGGCACCTGGACCTACGACGGCTCTGTCGTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATCAACCCG         GAAAGCGACCAGCCAGACCTGAGCAACTTCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110167 CATCAACCCGGTA...CAGGAAAGCGACCAGCCAGACCTGAGCAACTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGGAGAGCGGGGAGTGGGTGATCAAGGAGTCCCGGGGCTGGAAGCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110686 TGGAGAGCGGGGAGTGGGTGATCAAGGAGTCCCGGGGCTGGAAGCACTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGACCTATTCCTGCTGCCCCGACACCCCCTACCTGGACATCACCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110736 GTGACCTATTCCTGCTGCCCCGACACCCCCTACCTGGACATCACCTACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTCGTCATGCAGCGCCTGCCCCTCTACTTCATCGTCAACGTCATCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110786 CTTCGTCATGCAGCGCCTGCCCCTCTACTTCATCGTCAACGTCATCATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCTGCCTGCTCTTCTCCTTCTTAACTGGCCTGGTATTCTACCTGCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110836 CCTGCCTGCTCTTCTCCTTCTTAACTGGCCTGGTATTCTACCTGCCCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACTCAG         GGGAGAAGATGACTCTGAGCATCTCTGTCTTACT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110886 GACTCAGGTG...CAGGGGAGAAGATGACTCTGAGCATCTCTGTCTTACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTCTTTGACTGTGTTCCTTCTGGTCATCGTGGAGCTGATCCCCTCCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114260 GTCTTTGACTGTGTTCCTTCTGGTCATCGTGGAGCTGATCCCCTCCACGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCAGTGCTGTGCCCTTGATTGGAAAATACATGCTGTTCACCATGGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114310 CCAGTGCTGTGCCCTTGATTGGAAAATACATGCTGTTCACCATGGTGTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTCATTGCCTCCATCATCATCACTGTCATCGTCATCAACACACACCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114360 GTCATTGCCTCCATCATCATCACTGTCATCGTCATCAACACACACCACCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTCACCCAGCACCCATGTCATGCCCAACTGGGTGCGGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 114410 CTCACCCAGCACCCATGTCATGCCCAACTGGGTGCGGAAGGTG...TAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTTTTATCGACACTATCCCAAATATCATGTTTTTCTCCACAATGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115577 TTTTTATCGACACTATCCCAAATATCATGTTTTTCTCCACAATGAAAAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCATCCAGAGAAAAGCAAGACAAAAAGATTTTTACAGAAGACATTGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115627 CCATCCAGAGAAAAGCAAGACAAAAAGATTTTTACAGAAGACATTGATAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTCTGACATTTCTGGAAAGCCAGGGCCTCCACCCATGGGCTTCCACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115677 CTCTGACATTTCTGGAAAGCCAGGGCCTCCACCCATGGGCTTCCACTCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCCTGATCAAACACCCCGAGGTGAAAAGTGCCATCGAGGGCATCAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115727 CCCTGATCAAACACCCCGAGGTGAAAAGTGCCATCGAGGGCATCAAGTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATCGCAGAGACCATGAAGTCAGACCAGGAGTCTAACAAT         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 115777 ATCGCAGAGACCATGAAGTCAGACCAGGAGTCTAACAATGTA...CAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGCGGCAGAGTGGAAGTACGTTGCAATGGTGATGGACCACATACTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116142 GGCGGCAGAGTGGAAGTACGTTGCAATGGTGATGGACCACATACTCCTCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GAGTCTTCATGCTTGTTTGCATCATCGGAACCCTAGCCGTGTTTGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116192 GAGTCTTCATGCTTGTTTGCATCATCGGAACCCTAGCCGTGTTTGCAGGT

   1500     .    :    .    :    .
   1420 CGACTCATTGAATTAAATCAGCAAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||
 116242 CGACTCATTGAATTAAATCAGCAAGGA