seq1 = pF1KE1245.tfa, 1431 bp
seq2 = pF1KE1245/gi568815588f_113944133.tfa (gi568815588f:113944133_114145563), 201431 bp

>pF1KE1245 1431
>gi568815588f:113944133_114145563 (Chr10)

1-1431  (100001-101431)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGCGGGGGTGCTCGTCCTGGGCGCCTCCGAGCCCGGTAACCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGCGGGGGTGCTCGTCCTGGGCGCCTCCGAGCCCGGTAACCTGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCGGCCGCACCGCTCCCCGACGGCGCGGCCACCGCGGCGCGGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCGGCCGCACCGCTCCCCGACGGCGCGGCCACCGCGGCGCGGCTGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCCGCGTCGCCGCCCGCCTCGTTGCTGCCTCCCGCCAGCGAAAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCCCGCGTCGCCGCCCGCCTCGTTGCTGCCTCCCGCCAGCGAAAGCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCCGCTGTCTCAGCAGTGGACAGCGGGCATGGGTCTGCTGATGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCCGCTGTCTCAGCAGTGGACAGCGGGCATGGGTCTGCTGATGGCGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCGTGCTGCTCATCGTGGCGGGCAATGTGCTGGTGATCGTGGCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATCGTGCTGCTCATCGTGGCGGGCAATGTGCTGGTGATCGTGGCCATCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAAGACGCCGCGGCTGCAGACGCTCACCAACCTCTTCATCATGTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAAGACGCCGCGGCTGCAGACGCTCACCAACCTCTTCATCATGTCCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCAGCGCCGACCTGGTCATGGGGCTGCTGGTGGTGCCGTTCGGGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCAGCGCCGACCTGGTCATGGGGCTGCTGGTGGTGCCGTTCGGGGCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATCGTGGTGTGGGGCCGCTGGGAGTACGGCTCCTTCTTCTGCGAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATCGTGGTGTGGGGCCGCTGGGAGTACGGCTCCTTCTTCTGCGAGCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGACCTCAGTGGACGTGCTGTGCGTGACGGCCAGCATCGAGACCCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGACCTCAGTGGACGTGCTGTGCGTGACGGCCAGCATCGAGACCCTGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCATTGCCCTGGACCGCTACCTCGCCATCACCTCGCCCTTCCGCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTCATTGCCCTGGACCGCTACCTCGCCATCACCTCGCCCTTCCGCTACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAGCCTGCTGACGCGCGCGCGGGCGCGGGGCCTCGTGTGCACCGTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GAGCCTGCTGACGCGCGCGCGGGCGCGGGGCCTCGTGTGCACCGTGTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCATCTCGGCCCTGGTGTCCTTCCTGCCCATCCTCATGCACTGGTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCATCTCGGCCCTGGTGTCCTTCCTGCCCATCCTCATGCACTGGTGGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCGGAGAGCGACGAGGCGCGCCGCTGCTACAACGACCCCAAGTGCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCGGAGAGCGACGAGGCGCGCCGCTGCTACAACGACCCCAAGTGCTGCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTCGTCACCAACCGGGCCTACGCCATCGCCTCGTCCGTAGTCTCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTTCGTCACCAACCGGGCCTACGCCATCGCCTCGTCCGTAGTCTCCTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACGTGCCCCTGTGCATCATGGCCTTCGTGTACCTGCGGGTGTTCCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACGTGCCCCTGTGCATCATGGCCTTCGTGTACCTGCGGGTGTTCCGCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCCAGAAGCAGGTGAAGAAGATCGACAGCTGCGAGCGCCGTTTCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCCCAGAAGCAGGTGAAGAAGATCGACAGCTGCGAGCGCCGTTTCCTCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGGCCCAGCGCGGCCGCCCTCGCCCTCGCCCTCGCCCGTCCCCGCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGGCCCAGCGCGGCCGCCCTCGCCCTCGCCCTCGCCCGTCCCCGCGCCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CGCCGCCGCCCGGACCCCCGCGCCCCGCCGCCGCCGCCGCCACCGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CGCCGCCGCCCGGACCCCCGCGCCCCGCCGCCGCCGCCGCCACCGCCCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGGCCAACGGGCGTGCGGGTAAGCGGCGGCCCTCGCGCCTCGTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGGCCAACGGGCGTGCGGGTAAGCGGCGGCCCTCGCGCCTCGTGGCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCGCGAGCAGAAGGCGCTCAAGACGCTGGGCATCATCATGGGCGTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCGCGAGCAGAAGGCGCTCAAGACGCTGGGCATCATCATGGGCGTCTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CGCTCTGCTGGCTGCCCTTCTTCCTGGCCAACGTGGTGAAGGCCTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CGCTCTGCTGGCTGCCCTTCTTCCTGGCCAACGTGGTGAAGGCCTTCCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CGCGAGCTGGTGCCCGACCGCCTCTTCGTCTTCTTCAACTGGCTGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CGCGAGCTGGTGCCCGACCGCCTCTTCGTCTTCTTCAACTGGCTGGGCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CGCCAACTCGGCCTTCAACCCCATCATCTACTGCCGCAGCCCCGACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CGCCAACTCGGCCTTCAACCCCATCATCTACTGCCGCAGCCCCGACTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GCAAGGCCTTCCAGCGACTGCTCTGCTGCGCGCGCAGGGCTGCCCGCCGG
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GCAAGGCCTTCCAGGGACTGCTCTGCTGCGCGCGCAGGGCTGCCCGCCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CGCCACGCGACCCACGGAGACCGGCCGCGCGCCTCGGGCTGTCTGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CGCCACGCGACCCACGGAGACCGGCCGCGCGCCTCGGGCTGTCTGGCCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GCCCGGACCCCCGCCATCGCCCGGGGCCGCCTCGGACGACGACGACGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GCCCGGACCCCCGCCATCGCCCGGGGCCGCCTCGGACGACGACGACGACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 ATGTCGTCGGGGCCACGCCGCCCGCGCGCCTGCTGGAGCCCTGGGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 ATGTCGTCGGGGCCACGCCGCCCGCGCGCCTGCTGGAGCCCTGGGCCGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TGCAACGGCGGGGCGGCGGCGGACAGCGACTCGAGCCTGGACGAGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TGCAACGGCGGGGCGGCGGCGGACAGCGACTCGAGCCTGGACGAGCCGTG

   1400     .    :    .    :    .    :
   1401 CCGCCCCGGCTTCGCCTCGGAATCCAAGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CCGCCCCGGCTTCGCCTCGGAATCCAAGGTG