seq1 = pF1KE1237.tfa, 1260 bp
seq2 = pF1KE1237/gi568815587f_17195324.tfa (gi568815587f:17195324_17430983), 235660 bp

>pF1KE1237 1260
>gi568815587f:17195324_17430983 (Chr11)

1-144  (100001-100144)   100% ->
145-252  (100781-100888)   100% ->
253-379  (106421-106547)   100% ->
380-483  (114249-114352)   100% ->
484-669  (115502-115687)   100% ->
670-760  (115870-115960)   100% ->
761-819  (116549-116607)   100% ->
820-912  (116705-116797)   100% ->
913-1002  (120063-120152)   100% ->
1003-1173  (134804-134974)   100% ->
1174-1260  (135579-135662)   95%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGTGGAGGACCATCCTGCTACAGTATTGCTTTCTCTTGATTACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGTGGAGGACCATCCTGCTACAGTATTGCTTTCTCTTGATTACATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTACTTACTGCTCTTGAAGCTGTGCCTATTGACATAGACAAGACAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTACTTACTGCTCTTGAAGCTGTGCCTATTGACATAGACAAGACAAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TACAAAATATTCACCCTGTGGAAAGTGCGAAGATAGAACCACCA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100101 TACAAAATATTCACCCTGTGGAAAGTGCGAAGATAGAACCACCAGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145    GATACTGGACTTTATTATGATGAATATCTCAAGCAAGTGATTGATGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100778 AAGGATACTGGACTTTATTATGATGAATATCTCAAGCAAGTGATTGATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGGAAACAGATAAACACTTCAGAGAAAAGCTCCAGAAAGCAGACATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100828 GCTGGAAACAGATAAACACTTCAGAGAAAAGCTCCAGAAAGCAGACATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAAATAAAG         AGTGGGAGGCTAAGCAAAGAACTGGATTTA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100878 AGGAAATAAAGGTA...CAGAGTGGGAGGCTAAGCAAAGAACTGGATTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTAAGTCACCATGTGAGGACAAAACTTGATGAACTGAAAAGGCAAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106451 GTAAGTCACCATGTGAGGACAAAACTTGATGAACTGAAAAGGCAAGAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGAAGGTTAAGAATGTTAATTAAAGCTAAGTTGGATTCCCTTCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 106501 AGGAAGGTTAAGAATGTTAATTAAAGCTAAGTTGGATTCCCTTCAAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    380       ATATAGGCATGGACCACCAAGCTCTTCTAAAACAATTTGATCAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106551 ...CAGATATAGGCATGGACCACCAAGCTCTTCTAAAACAATTTGATCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTAAACCACCTGAATCCTGACAAGTTTGAATCCACAGATTTAGATATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114293 CTAAACCACCTGAATCCTGACAAGTTTGAATCCACAGATTTAGATATGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AATCAAAGCG         GCAACAAGTGATCTGGAACACTATGACAAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 114343 AATCAAAGCGGTG...CAGGCAACAAGTGATCTGGAACACTATGACAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCGTCATGAAGAATTTAAAAAATATGAAATGATGAAGGAACATGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115533 CTCGTCATGAAGAATTTAAAAAATATGAAATGATGAAGGAACATGAAAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGAGAATATTTAAAAACATTGAATGAAGAAAAGAGAAAAGAAGAAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115583 AGAGAATATTTAAAAACATTGAATGAAGAAAAGAGAAAAGAAGAAGAGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAAATTTGAAGAAATGAAGAAAAAGCATGAAAATCACCCTAAAGTTAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115633 TAAATTTGAAGAAATGAAGAAAAAGCATGAAAATCACCCTAAAGTTAATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCCA         GGAAGCAAAGATCAACTAAAAGAGGTATGGGAAGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115683 ACCCAGTA...CAGGGAAGCAAAGATCAACTAAAAGAGGTATGGGAAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACTGATGGATTGGATCCTAATGACTTTGACCCCAAGACATTTTTCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115906 ACTGATGGATTGGATCCTAATGACTTTGACCCCAAGACATTTTTCAAATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACATG         ATGTCAATAGTGATGGATTCCTGGATGAACAAGAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115956 ACATGGTA...TAGATGTCAATAGTGATGGATTCCTGGATGAACAAGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TAGAAGCCCTATTTACTAAAGAG         TTGGAGAAAGTATATGAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 116585 TAGAAGCCCTATTTACTAAAGAGGTA...TAGTTGGAGAAAGTATATGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCTAAAAATGAAGAGGATGATATGGTAGAAATGGAAGAAGAAAGGCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116723 CCTAAAAATGAAGAGGATGATATGGTAGAAATGGAAGAAGAAAGGCTTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AATGAGGGAACATGTAATGAATGAG         GTTGATACTAACAAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 116773 AATGAGGGAACATGTAATGAATGAGGTA...CAGGTTGATACTAACAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACAGATTGGTGACTCTGGAGGAGTTTTTGAAAGCCACAGAAAAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120079 ACAGATTGGTGACTCTGGAGGAGTTTTTGAAAGCCACAGAAAAAAAAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTCTTGGAGCCAGATAGCTGGGAG         ACATTAGATCAGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120129 TTCTTGGAGCCAGATAGCTGGGAGGTA...TAGACATTAGATCAGCAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GTTCTTCACAGAGGAAGAACTAAAAGAATATGAAAATATTATTGCTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134821 GTTCTTCACAGAGGAAGAACTAAAAGAATATGAAAATATTATTGCTTTAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGAAAATGAACTTAAGAAGAAGGCAGATGAGCTTCAGAAACAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134871 AAGAAAATGAACTTAAGAAGAAGGCAGATGAGCTTCAGAAACAAAAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAGCTACAACGTCAGCATGATCAACTGGAGGCTCAGAAGCTGGAATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134921 GAGCTACAACGTCAGCATGATCAACTGGAGGCTCAGAAGCTGGAATATCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TCAG         GTCATACAGCAGATGGAACAAAAAAAATTACAACAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134971 TCAGGTG...CAGGTCATACAGCAGATGGAACAAAAAAAATTACAACAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GAATTCCTCCATCAGGGCCAGCTGGAGAATTGAAGTTTGAGCCACACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| --|-
 135616 GAATTCCTCCATCAGGGCCAGCTGGAGAATTGAAGTTTGAGCCACG  T