seq1 = pF1KE1232.tfa, 1095 bp
seq2 = pF1KE1232/gi568815585f_27324739.tfa (gi568815585f:27324739_27535594), 210856 bp

>pF1KE1232 1095
>gi568815585f:27324739_27535594 (Chr13)

1-201  (100000-100200)   99% ->
202-302  (102354-102454)   100% ->
303-399  (105132-105228)   100% ->
400-488  (105795-105883)   100% ->
489-562  (107993-108066)   100% ->
563-643  (109401-109481)   100% ->
644-873  (110067-110296)   100% ->
874-933  (110395-110454)   100% ->
934-1095  (110695-110856)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCCGCCGGCCGTGGTCGCCGAGTCGGTGTCGTCCTTGACCATCGC
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 CTGGATCCGCCGGCCGTGGTCGCCGAGTCGGTGTCGTCCTTGACCATCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACGCGTTCATTGCAGCCGGCGAGAGCTCAGCTCCGACCCCGCCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100050 CGACGCGTTCATTGCAGCCGGCGAGAGCTCAGCTCCGACCCCGCCGCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCGCTTCCCAGGAGGTTCATCTGCTCCTTCCCTGACTGCAGCGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100100 CCGCGCTTCCCAGGAGGTTCATCTGCTCCTTCCCTGACTGCAGCGCCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACAGCAAAGCCTGGAAGCTTGACGCGCACCTGTGCAAGCACACGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100150 TACAGCAAAGCCTGGAAGCTTGACGCGCACCTGTGCAAGCACACGGGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 G         AGACCATTTGTTTGTGACTATGAAGGGTGTGGCAAGGCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100200 GGTG...TAGAGACCATTTGTTTGTGACTATGAAGGGTGTGGCAAGGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCATCAGGGACTACCATCTGAGCCGCCACATTCTGACTCACACAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102394 TCATCAGGGACTACCATCTGAGCCGCCACATTCTGACTCACACAGGAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGCCGTTTGT         TTGTGCAGCCAATGGCTGTGATCAAAAATT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102444 AAGCCGTTTGTGTA...CAGTTGTGCAGCCAATGGCTGTGATCAAAAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAACACAAAATCAAACTTGAAGAAACATTTTGAACGCAAACATGAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105162 CAACACAAAATCAAACTTGAAGAAACATTTTGAACGCAAACATGAAAATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACAAAAACAATATATA         TGCAGTTTTGAAGACTGTAAGAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105212 AACAAAAACAATATATAGTA...CAGTGCAGTTTTGAAGACTGTAAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCTTTAAGAAACATCAGCAGCTGAAAATCCATCAGTGCCAGCATACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105819 ACCTTTAAGAAACATCAGCAGCTGAAAATCCATCAGTGCCAGCATACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAACCTCTATTCAA         GTGTACCCAGGAAGGATGTGGGAAAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105869 TGAACCTCTATTCAAGTA...CAGGTGTACCCAGGAAGGATGTGGGAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTTTGCATCACCCAGCAAGCTGAAACGACATGCCAAGGCCCACGAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108019 ACTTTGCATCACCCAGCAAGCTGAAACGACATGCCAAGGCCCACGAGGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    563        GCTATGTATGTCAAAAAGGATGTTCCTTTGTGGCAAAAACATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108069 G...TAGGCTATGTATGTCAAAAAGGATGTTCCTTTGTGGCAAAAACATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GACGGAACTTCTGAAACATGTGAGAGAAACCCATAAAG         AGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109444 GACGGAACTTCTGAAACATGTGAGAGAAACCCATAAAGGTA...CAGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAATACTATGTGAAGTATGCCGGAAAACATTTAAACGCAAAGATTACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110070 AAATACTATGTGAAGTATGCCGGAAAACATTTAAACGCAAAGATTACCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAGCAACACATGAAAACTCATGCCCCAGAAAGGGATGTATGTCGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110120 AAGCAACACATGAAAACTCATGCCCCAGAAAGGGATGTATGTCGCTGTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAGAGAAGGCTGTGGAAGAACCTATACAACTGTGTTTAATCTCCAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110170 AAGAGAAGGCTGTGGAAGAACCTATACAACTGTGTTTAATCTCCAAAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATATCCTCTCCTTCCATGAGGAAAGCCGCCCTTTTGTGTGTGAACATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110220 ATATCCTCTCCTTCCATGAGGAAAGCCGCCCTTTTGTGTGTGAACATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGCTGTGGCAAAACATTTGCAATGAAA         CAAAGTCTCACTAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 110270 GGCTGTGGCAAAACATTTGCAATGAAAGTA...TAGCAAAGTCTCACTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCATGCTGTTGTACATGATCCTGACAAGAAGAAAATGAAGCTCAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 110409 GCATGCTGTTGTACATGATCCTGACAAGAAGAAAATGAAGCTCAAAGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    934      GTCAAAAAATCTCGTGAAAAACGGAGTTTGGCCTCTCATCTCAGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110459 ..AAGGTCAAAAAATCTCGTGAAAAACGGAGTTTGGCCTCTCATCTCAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGATATATCCCTCCCAAAAGGAAACAAGGGCAAGGCTTATCTTTGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110740 GGATATATCCCTCCCAAAAGGAAACAAGGGCAAGGCTTATCTTTGTGTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AAACGGAGAGTCACCCAACTGTGTGGAAGACAAGATGCTCTCGACAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110790 AAACGGAGAGTCACCCAACTGTGTGGAAGACAAGATGCTCTCGACAGTTG

   1150     .    :    .
   1079 CAGTACTTACCCTTGGC
        |||||||||||||||||
 110840 CAGTACTTACCCTTGGC