seq1 = pF1KE1228.tfa, 951 bp
seq2 = pF1KE1228/gi568815575f_100485019.tfa (gi568815575f:100485019_100699714), 214696 bp

>pF1KE1228 951
>gi568815575f:100485019_100699714 (ChrX)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-180  (100213-100344)   100% ->
181-321  (108877-109017)   100% ->
322-423  (109243-109344)   100% ->
424-577  (112486-112639)   100% ->
578-744  (113998-114164)   100% ->
745-951  (114490-114696)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAAAGAATCCTCCAGAGAATTGTGAAGACTGTCACATTCTAAAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGCAAAGAATCCTCCAGAGAATTGTGAAGACTGTCACATTCTAAATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        GCAGAAGCTTTTAAATCCAAGAAAATATGTAAATCACTTAAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...TAGGCAGAAGCTTTTAAATCCAAGAAAATATGTAAATCACTTAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTGTGGACTGGTGTTTGGTATCCTGGCCCTAACTCTAATTGTCCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100256 TTTGTGGACTGGTGTTTGGTATCCTGGCCCTAACTCTAATTGTCCTGTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGGGGAGCAAGCACTTCTGGCCGGAGGTACCCAAAAAA         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100306 TGGGGGAGCAAGCACTTCTGGCCGGAGGTACCCAAAAAAGTA...CAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTATGACATGGAGCACACTTTCTACAGCAATGGAGAGAAGAAGAAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108879 CTATGACATGGAGCACACTTTCTACAGCAATGGAGAGAAGAAGAAGATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACATGGAAATTGATCCTGTGACCAGAACTGAAATATTCAGAAGCGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108929 ACATGGAAATTGATCCTGTGACCAGAACTGAAATATTCAGAAGCGGAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCACTGATGAAACATTGGAAGTGCACGACTTTAAAAAC         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108979 GGCACTGATGAAACATTGGAAGTGCACGACTTTAAAAACGTA...TAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATACACTGGCATCTACTTCGTGGGTCTTCAAAAATGTTTTATCAAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109245 ATACACTGGCATCTACTTCGTGGGTCTTCAAAAATGTTTTATCAAAACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGATTAAAGTGATTCCTGAATTTTCTGAACCAGAAGAGGAAATAGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109295 AGATTAAAGTGATTCCTGAATTTTCTGAACCAGAAGAGGAAATAGATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424          AATGAAGAAATTACCACAACTTTCTTTGAACAGTCAGTGAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109345 GTA...CAGAATGAAGAAATTACCACAACTTTCTTTGAACAGTCAGTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTGGGTCCCAGCAGAAAAGCCTATTGAAAACCGAGATTTTCTTAAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112527 TTGGGTCCCAGCAGAAAAGCCTATTGAAAACCGAGATTTTCTTAAAAATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCAAAATTCTGGAGATTTGTGATAACGTGACCATGTATTGGATCAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112577 CCAAAATTCTGGAGATTTGTGATAACGTGACCATGTATTGGATCAATCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTCTAATATCAG         TTTCTGAGTTACAAGACTTTGAGGAGGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 112627 ACTCTAATATCAGGTA...TAGTTTCTGAGTTACAAGACTTTGAGGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGAGAAGATCTTCACTTTCCTGCCAACGAAAAAAAAGGGATTGAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114026 GGGAGAAGATCTTCACTTTCCTGCCAACGAAAAAAAAGGGATTGAACAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGAACAGTGGGTGGTCCCTCAAGTGAAAGTAGAGAAGACCCGTCACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114076 ATGAACAGTGGGTGGTCCCTCAAGTGAAAGTAGAGAAGACCCGTCACGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGACAAGCAAGTGAGGAAGAACTTCCAATAAATGACTAT         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 114126 AGACAAGCAAGTGAGGAAGAACTTCCAATAAATGACTATGTG...CAGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGAAAATGGAATAGAATTTGATCCCATGCTGGATGAGAGAGGTTATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114492 TGAAAATGGAATAGAATTTGATCCCATGCTGGATGAGAGAGGTTATTGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTATTTACTGCCGTCGAGGCAACCGCTATTGCCGCCGCGTCTGTGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114542 GTATTTACTGCCGTCGAGGCAACCGCTATTGCCGCCGCGTCTGTGAACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTACTAGGCTACTACCCATATCCATACTGCTACCAAGGAGGACGAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114592 TTACTAGGCTACTACCCATATCCATACTGCTACCAAGGAGGACGAGTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGTCGTGTCATCATGCCTTGTAACTGGTGGGTGGCCCGCATGCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114642 CTGTCGTGTCATCATGCCTTGTAACTGGTGGGTGGCCCGCATGCTGGGGA

   1000     .
    947 GGGTC
        |||||
 114692 GGGTC