seq1 = pF1KE1227.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE1227/gi568815595r_52158535.tfa (gi568815595r:52158535_52378361), 219827 bp

>pF1KE1227 939
>gi568815595r:52158535_52378361 (Chr3)

(complement)

1-161  (100001-100161)   100% ->
162-259  (107553-107650)   100% ->
260-326  (111344-111410)   100% ->
327-426  (116883-116982)   100% ->
427-543  (117861-117977)   100% ->
544-699  (118490-118645)   100% ->
700-769  (119096-119165)   100% ->
770-912  (119684-119826)   100% ->
913-939  (120843-120869)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTGACCGACAGCGTGTTGCGGAGCTTCCGCGTCGCTAAGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTGACCGACAGCGTGTTGCGGAGCTTCCGCGTCGCTAAGGTGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCGAAAACTCGGACAAGATTAACTGCTTCGATTTCAGCCCCAACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGCGAAAACTCGGACAAGATTAACTGCTTCGATTTCAGCCCCAACGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGACGGTCATCTCGAGTAGCGACGACGACTCCATCGTGCTCTATGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGACGGTCATCTCGAGTAGCGACGACGACTCCATCGTGCTCTATGACTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGAGGGCAA         ACCAAAGAGAACCCTGTACAGTAAGAAATA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGAGGGCAAGTG...CAGACCAAAGAGAACCCTGTACAGTAAGAAATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGTGTGGACCTCATCAGATACACTCATGCAGCAAACACAGTTGTTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107583 TGGTGTGGACCTCATCAGATACACTCATGCAGCAAACACAGTTGTTTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTCTAACAAAATAGACG         ATACTATTCGTTACTTGTCCTTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107633 GCTCTAACAAAATAGACGGTA...CAGATACTATTCGTTACTTGTCCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATGACAACAAATACATCAGATACTTTCCTGGACATAGCAAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 111367 CATGACAACAAATACATCAGATACTTTCCTGGACATAGCAAAAGGTA...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    327    GGTGGTGGCCTTGTCCATGTCACCTGTGGATGACACTTTCATTTCTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116880 CAGGGTGGTGGCCTTGTCCATGTCACCTGTGGATGACACTTTCATTTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGTCTCTTGATAAGACCATTCGACTCTGGGATCTCCGGTCTCCTAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116930 GGTCTCTTGATAAGACCATTCGACTCTGGGATCTCCGGTCTCCTAACTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAG         GGCCTCATGCATCTGCAGGGGAAGCCAGTTTGTTCTTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116980 CAGGTA...TAGGGCCTCATGCATCTGCAGGGGAAGCCAGTTTGTTCTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGATCCAGAAGGGTTAATTTTCGCTGCAGGTGTCAACTCTGAAATGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117899 TGATCCAGAAGGGTTAATTTTCGCTGCAGGTGTCAACTCTGAAATGGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTTTATGACCTTCGTTCTTTTGATAAG         GGGCCATTTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117949 AGCTTTATGACCTTCGTTCTTTTGATAAGGTA...CAGGGGCCATTTGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACCTTTAAGATGCAGTATGATCGAACTTGTGAGTGGACAGGACTTAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118502 ACCTTTAAGATGCAGTATGATCGAACTTGTGAGTGGACAGGACTTAAATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAGCAATGATGGCAAGCTCATCCTCATTTCCACCAACGGCAGCTTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118552 CAGCAATGATGGCAAGCTCATCCTCATTTCCACCAACGGCAGCTTCATTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTCTGATTGATGCATTCAAAGGAGTGGTGATGCACACATTTGGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 118602 GTCTGATTGATGCATTCAAAGGAGTGGTGATGCACACATTTGGGGTG...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700    GGTTATGCCAACAGCAAAGCTGTCACACTGGAGGCTTCATTTACTCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119093 TAGGGTTATGCCAACAGCAAAGCTGTCACACTGGAGGCTTCATTTACTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGACTCTCAGTTTATTATGATTG         GTTCAGAGGATGGCAAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 119143 AGACTCTCAGTTTATTATGATTGGTG...TAGGTTCAGAGGATGGCAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCCATGTCTGGAATGGAGAGAGCGGTATAAAAGTAGCTGTGTTGGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119702 TCCATGTCTGGAATGGAGAGAGCGGTATAAAAGTAGCTGTGTTGGATGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAACACACAGGCCCGATTACCTGTTTGCAATTCAACCCCAAGTTCATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119752 AAACACACAGGCCCGATTACCTGTTTGCAATTCAACCCCAAGTTCATGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTTTGCCAGTGCGTGTTCCAACATG         GCCTTTTGGTTGCCCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 119802 TTTTGCCAGTGCGTGTTCCAACATGGTA...TAGGCCTTTTGGTTGCCCA

   1000     .    :
    929 CCATTGATGAC
        |||||||||||
 120859 CCATTGATGAC