seq1 = pF1KE1226.tfa, 900 bp
seq2 = pF1KE1226/gi568815584f_22942226.tfa (gi568815584f:22942226_23143125), 200900 bp

>pF1KE1226 900
>gi568815584f:22942226_23143125 (Chr14)

1-900  (100001-100900)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTGCAGGATGTGTGCAAGTGGCAGTCCCCTGACACCCAGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCTGCAGGATGTGTGCAAGTGGCAGTCCCCTGACACCCAGGGACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCACCTCACCTGCCTCGGGCTGGCGGCTGGGCTGTGCCCCGGGGTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCACCTCACCTGCCTCGGGCTGGCGGCTGGGCTGTGCCCCGGGGTTGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCCTCAAACCTTCCTGCAGATCCATGGCCCCAGACTGGCCCACGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCCTCAAACCTTCCTGCAGATCCATGGCCCCAGACTGGCCCACGGCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCACTCTGGCCTTCCGCTTCCGTCATGGAGTCATTGCTGCAGCTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCACTCTGGCCTTCCGCTTCCGTCATGGAGTCATTGCTGCAGCTGACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGTTCCTCCTGTGGCAGCTATGTGGCGTGTCCAGCCTCATGCAAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGTTCCTCCTGTGGCAGCTATGTGGCGTGTCCAGCCTCATGCAAGGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCCTGTGCACCAGCACCTCCTGGGTACCACCTCTGGCACCTCTGCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCCTGTGCACCAGCACCTCCTGGGTACCACCTCTGGCACCTCTGCCGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGTGCTACCTGGTATCGGGTATTACAGCGGGAGCTGCGGCTTCGGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGTGCTACCTGGTATCGGGTATTACAGCGGGAGCTGCGGCTTCGGGAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAGGGAGGGTCAGCTGCCCAGTGTGGCCAGTGCTGCCAAGCTCTTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAGGGAGGGTCAGCTGCCCAGTGTGGCCAGTGCTGCCAAGCTCTTGTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATGATGTCTCAATACCGGGGACTGGATCTCTGTGTGGCCACTGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATGATGTCTCAATACCGGGGACTGGATCTCTGTGTGGCCACTGCCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGCGGCTGGGACCGCTCTGGCCCTGAGCTCTTCTACGTCTATAGCGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGCGGCTGGGACCGCTCTGGCCCTGAGCTCTTCTACGTCTATAGCGACGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CACCCGCCTGCAGGGGGACATCTTCTCTGTGGGCTCTGGATCTCCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CACCCGCCTGCAGGGGGACATCTTCTCTGTGGGCTCTGGATCTCCCTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTACGGCGTGCTAGACCGTGGCTATCGCTACGACATGAGCACCCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCTACGGCGTGCTAGACCGTGGCTATCGCTACGACATGAGCACCCAGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCTACGCCCTGGCTCGCTGCGCCGTGGCCCACGCCACCCACCGTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCTACGCCCTGGCTCGCTGCGCCGTGGCCCACGCCACCCACCGTGATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTATTCAGGGGGCTCTGTAGACCTTTTCCACGTGCGGGAGAGTGGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTATTCAGGGGGCTCTGTAGACCTTTTCCACGTGCGGGAGAGTGGATGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGCATGTGTCACGCAGTGATGCCTGTGTGCTGTACGTGGAGTTACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGCATGTGTCACGCAGTGATGCCTGTGTGCTGTACGTGGAGTTACAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTCCTGGAGCCGGAGCCAGAGGAGGATGCCAGCCATGCCCATCCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTCCTGGAGCCGGAGCCAGAGGAGGATGCCAGCCATGCCCATCCTGAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGCCACTGCCCACAGAGCTGCAGAAGATAGAGAGCTCTCTGTGGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGCCACTGCCCACAGAGCTGCAGAAGATAGAGAGCTCTCTGTGGGGCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGGAGGTGACACCAGGAGACTCCAGGATGCCAGCAGGGACTGAGACGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GGGAGGTGACACCAGGAGACTCCAGGATGCCAGCAGGGACTGAGACGGTG