seq1 = pF1KE1221.tfa, 729 bp
seq2 = pF1KE1221/gi568815587r_119239334.tfa (gi568815587r:119239334_119440397), 201064 bp

>pF1KE1221 729
>gi568815587r:119239334_119440397 (Chr11)

(complement)

1-214  (100001-100214)   100% ->
215-729  (100550-101064)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCCACTCCTCGTCCTGCTGCTCCTGGGCCTGGCGGCCGGCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCCACTCCTCGTCCTGCTGCTCCTGGGCCTGGCGGCCGGCTCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCACTGGACGACAACAAGATCCCCAGCCTCTGCCCGGGGCACCCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCACTGGACGACAACAAGATCCCCAGCCTCTGCCCGGGGCACCCCGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCCAGGCACGCCGGGCCACCATGGCAGCCAGGGCTTGCCGGGCCGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCCAGGCACGCCGGGCCACCATGGCAGCCAGGGCTTGCCGGGCCGCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCGCGACGGCCGCGACGGCGCGCCCGGGGCTCCGGGAGAGAAAGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCCGCGACGGCCGCGACGGCGCGCCCGGGGCTCCGGGAGAGAAAGGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCGGGAGGCCGG         GACTGCCGGGACCTCGAGGGGACCCCG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCGGGAGGCCGGGTA...CAGGACTGCCGGGACCTCGAGGGGACCCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCCGCGAGGAGAGGCGGGACCCGCGGGGCCCACCGGGCCTGCCGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100577 GGCCGCGAGGAGAGGCGGGACCCGCGGGGCCCACCGGGCCTGCCGGGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCTCGGTGCCTCCGCGATCCGCCTTCAGCGCCAAGCGCTCCGAGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100627 TGCTCGGTGCCTCCGCGATCCGCCTTCAGCGCCAAGCGCTCCGAGAGCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTGCCTCCGCCGTCTGACGCACCCTTGCCCTTCGACCGCGTGCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100677 GGTGCCTCCGCCGTCTGACGCACCCTTGCCCTTCGACCGCGTGCTGGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACGAGCAGGGACATTACGACGCCGTCACCGGCAAGTTCACCTGCCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100727 ACGAGCAGGGACATTACGACGCCGTCACCGGCAAGTTCACCTGCCAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCTGGGGTCTACTACTTCGCCGTCCATGCCACCGTCTACCGGGCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100777 CCTGGGGTCTACTACTTCGCCGTCCATGCCACCGTCTACCGGGCCAGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCAGTTTGATCTGGTGAAGAATGGCGAATCCATTGCCTCTTTCTTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100827 GCAGTTTGATCTGGTGAAGAATGGCGAATCCATTGCCTCTTTCTTCCAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTTTCGGGGGGTGGCCCAAGCCAGCCTCGCTCTCGGGGGGGGCCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100877 TTTTCGGGGGGTGGCCCAAGCCAGCCTCGCTCTCGGGGGGGGCCATGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGGCTGGAGCCTGAGGACCAAGTGTGGGTGCAGGTGGGTGTGGGTGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100927 AGGCTGGAGCCTGAGGACCAAGTGTGGGTGCAGGTGGGTGTGGGTGACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CATTGGCATCTATGCCAGCATCAAGACAGACAGCACCTTCTCCGGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100977 CATTGGCATCTATGCCAGCATCAAGACAGACAGCACCTTCTCCGGATTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .
    692 TGGTGTACTCCGACTGGCACAGCTCCCCAGTCTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101027 TGGTGTACTCCGACTGGCACAGCTCCCCAGTCTTTGCT