seq1 = pF1KE1220.tfa, 723 bp
seq2 = pF1KE1220/gi568815586f_9952688.tfa (gi568815586f:9952688_10165629), 212942 bp

>pF1KE1220 723
>gi568815586f:9952688_10165629 (Chr12)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-172  (101584-101664)   98% ->
173-319  (108440-108586)   100% ->
320-471  (110368-110519)   100% ->
472-593  (112045-112166)   100% ->
594-723  (112813-112942)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACGAGGAAGAAATATACACCTCTCTTCAGTGGGATAGCCCAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACGAGGAAGAAATATACACCTCTCTTCAGTGGGATAGCCCAGCACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACACTTACCAGAAATGTCTGTCTTCCAACAAATGTTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 AGACACTTACCAGAAATGTCTGTCTTCCAACAAATGTTCAGGTA...TAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGCATGCTGTCTTGTGATGGTGATTTCATGTGTTTTCTGCATGGGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101584 GAGCATGCTGTCTTGTGATGGTGATTTCATGTGTTTTCTGCATGGGATTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTAACGGCATCCATTTTCTTGGGCGTCAAGT         TGTTGCAGGT
        ||||| |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101634 TTAACAGCATCCATTTTCTTGGGCGTCAAGTGTA...AAGTGTTGCAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTCCACCATTGCGATGCAGCAGCAAGAAAAACTCATCCAACAAGAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108450 GTCCACCATTGCGATGCAGCAGCAAGAAAAACTCATCCAACAAGAGAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CACTGCTAAACTTTACAGAATGGAAGAGAAGCTGTGCCCTTCAGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108500 CACTGCTAAACTTTACAGAATGGAAGAGAAGCTGTGCCCTTCAGATGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATTGCCAAGCCTTCATGCAAAACTCATTAAGTTCAG         CCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108550 TATTGCCAAGCCTTCATGCAAAACTCATTAAGTTCAGGTA...AAGCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TAACAGCAGTCCTTGTCCAAACAATTGGATTCAGAACAGAGAAAGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110372 TAACAGCAGTCCTTGTCCAAACAATTGGATTCAGAACAGAGAAAGTTGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTATGTCTCTGAAATTTGGAGCATTTGGCACACCAGTCAAGAGAATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110422 ACTATGTCTCTGAAATTTGGAGCATTTGGCACACCAGTCAAGAGAATTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTAAAGGAAGGTTCCACGCTGCTACAAATAGAGAGCAAAGAAGAAATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 110472 TTAAAGGAAGGTTCCACGCTGCTACAAATAGAGAGCAAAGAAGAAATGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472        GATTTTATCACTGGCAGCTTGAGGAAGATTAAAGGAAGCTATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110522 A...TAGGATTTTATCACTGGCAGCTTGAGGAAGATTAAAGGAAGCTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTACTGGGTGGGGTTGTCTCAGGATGGACACAGCGGACGCTGGCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112088 ATTACTGGGTGGGGTTGTCTCAGGATGGACACAGCGGACGCTGGCTTTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAAGATGGCTCCTCTCCTTCTCCTGGCCT         GTTGCCAGCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112138 CAAGATGGCTCCTCTCCTTCTCCTGGCCTGTA...CAGGTTGCCAGCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAGATCCCAGTCAGCTAACCAAGTCTGTGGATACGTGAAAAGCAATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112825 GAGATCCCAGTCAGCTAACCAAGTCTGTGGATACGTGAAAAGCAATTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTCTTTCGTCTAACTGCAGCACGTGGAAGTATTTTATCTGTGAGAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112875 TTCTTTCGTCTAACTGCAGCACGTGGAAGTATTTTATCTGTGAGAAGTAT

    750     .    :    .
    706 GCGTTGAGATCCTCTGTC
        ||||||||||||||||||
 112925 GCGTTGAGATCCTCTGTC