seq1 = pF1KE1219.tfa, 669 bp
seq2 = pF1KE1219/gi568815582r_8469776.tfa (gi568815582r:8469776_8689838), 220063 bp

>pF1KE1219 669
>gi568815582r:8469776_8689838 (Chr16)

(complement)

1-220  (100001-100220)   100% ->
221-301  (100546-100626)   100% ->
302-439  (117615-117752)   100% ->
440-669  (119834-120063)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGGTGCACCTGGGCGGGCTGGCCGGCGCGGCTGCGCTGACCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGGTGCACCTGGGCGGGCTGGCCGGCGCGGCTGCGCTGACCGGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCAGCTTTGTGCTCCTGGCGGCCGCCATCGGCACGGACTTCTGGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCAGCTTTGTGCTCCTGGCGGCCGCCATCGGCACGGACTTCTGGTATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATTGACACCGAGCGGCTGGAGAGGACTGGCCCGGGGGCGCAGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATTGACACCGAGCGGCTGGAGAGGACTGGCCCGGGGGCGCAGGACCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGGGTCCATCAATCGCAGCCAGCCCGAGCCTCTGAGCTCCCACTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGGGTCCATCAATCGCAGCCAGCCCGAGCCTCTGAGCTCCCACTCCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCTGGCGGACCTGCCGGG         TGCAGAGCCCGTGCACACCGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100201 CCTCTGGCGGACCTGCCGGGGTA...CAGTGCAGAGCCCGTGCACACCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGATGAACCCCTTCAGGCTGGAGAACGTGACAGTCAGCGAATCGAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100567 TGATGAACCCCTTCAGGCTGGAGAACGTGACAGTCAGCGAATCGAGCCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAACTTCTCA         CCATGCATGGGACATTTGTGATTCTGCTGCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100617 CAACTTCTCAGTG...AAGCCATGCATGGGACATTTGTGATTCTGCTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTCAGCCTGATCCTGATGGTTTTTGGGGGGATGACGGGGTTTCTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117646 GCTCAGCCTGATCCTGATGGTTTTTGGGGGGATGACGGGGTTTCTGAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCTCCTCCAAGCCTACCTCCTCCTCCTGCTCACTGGAATTCTCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117696 TCCTCCTCCAAGCCTACCTCCTCCTCCTGCTCACTGGAATTCTCTTCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTGGAG         CCATGGTGACCCTCGCTGGGATCAGCGTCTACAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117746 TTTGGAGGTA...CAGCCATGGTGACCCTCGCTGGGATCAGCGTCTACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCGTATTCAGCCGCCGCCTTCCGGGAGGCGCTGTGTCTCTTGGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119868 AGCGTATTCAGCCGCCGCCTTCCGGGAGGCGCTGTGTCTCTTGGAGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGCCCTCCTGGACCAGGTGGACATCAGCTTCGGCTGGTCCCTGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119918 AGGCCCTCCTGGACCAGGTGGACATCAGCTTCGGCTGGTCCCTGGCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGCTGGATCAGCTTCATCGCCGAGCTGCTCACCGGGGCAGCCTTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119968 GGCTGGATCAGCTTCATCGCCGAGCTGCTCACCGGGGCAGCCTTCCTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    624 AGCAGCCCGCGAGCTCAGCCTGAGACGGAGGCAGGACCAGGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120018 AGCAGCCCGCGAGCTCAGCCTGAGACGGAGGCAGGACCAGGCCATA