seq1 = pF1KE1209.tfa, 390 bp
seq2 = pF1KE1209/gi568815597r_228357428.tfa (gi568815597r:228357428_228557817), 200390 bp

>pF1KE1209 390
>gi568815597r:228357428_228557817 (Chr1)

(complement)

1-390  (100001-100390)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGGTCGTGGTAAGCAGGGTGGCAAGGCGCGCGCCAAGGCTAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCGGTCGTGGTAAGCAGGGTGGCAAGGCGCGCGCCAAGGCTAAGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCTCGTCGCGCGCGGGGCTGCAGTTCCCCGTGGGCCGCGTGCACCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGCTCGTCGCGCGCGGGGCTGCAGTTCCCCGTGGGCCGCGTGCACCGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTCCGCAAGGGCAACTATTCGGAGCGCGTGGGCGCCGGCGCCCCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTCCGCAAGGGCAACTATTCGGAGCGCGTGGGCGCCGGCGCCCCGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATCTGGCCGCGGTGCTCGAGTACTTGACTGCCGAGATCCTGGAGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TATCTGGCCGCGGTGCTCGAGTACTTGACTGCCGAGATCCTGGAGCTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCAACGCGGCGCGCGACAACAAGAAGACGCGCATCATCCCGCGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGCAACGCGGCGCGCGACAACAAGAAGACGCGCATCATCCCGCGCCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCAGCTGGCCATCCGCAACGACGAGGAGCTCAACAAGCTGCTGGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCAGCTGGCCATCCGCAACGACGAGGAGCTCAACAAGCTGCTGGGCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGACCATCGCGCAGGGTGGCGTCCTGCCCAACATCCAGGCCGTACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGACCATCGCGCAGGGTGGCGTCCTGCCCAACATCCAGGCCGTACTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCCAAGAAGACGGAGAGCCACCACAAGGCCAAGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCCAAGAAGACGGAGAGCCACCACAAGGCCAAGGGCAAG