seq1 = pF1KE1204.tfa, 345 bp
seq2 = pF1KE1204/gi568815597r_160937778.tfa (gi568815597r:160937778_161138675), 200898 bp

>pF1KE1204 345
>gi568815597r:160937778_161138675 (Chr1)

(complement)

5-133  (99998-100125)   98% ->
134-296  (100601-100763)   100% ->
297-345  (100850-100898)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      5 CTGGAGCGCCCACGGTCTCGCTTCCTGAACTCCGTTCACTCCTAGCCTCC
        || -||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 CTC AGCGCCCACGGTCTCGCTTCCTGAACTCCGTTCACTCCTAGCCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     55 GGACGGGCCCGGCTCTTCGACGTGCGCTCTCGCGAGGAGGCGGCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 GGACGGGCCCGGCTCTTCGACGTGCGCTCTCGCGAGGAGGCGGCAGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    105 GACCATCCCAGGGGCGCTCAACATCCCGG         TGTCCGAGTTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100097 GACCATCCCAGGGGCGCTCAACATCCCGGGTA...CAGTGTCCGAGTTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146 AGAGTGCTCTGCAGATGGAGCCAGCTGCCTTCCAGGCTTTATATTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100613 AGAGTGCTCTGCAGATGGAGCCAGCTGCCTTCCAGGCTTTATATTCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196 GAGAAGCCAAAGCTGGAAGATGAGCATCTCGTTTTCTTCTGTCAGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100663 GAGAAGCCAAAGCTGGAAGATGAGCATCTCGTTTTCTTCTGTCAGATGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    246 CAAGCGGGGCCTCCAGGCCACGCAGCTGGCCCGGAGTCTTGGATACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100713 CAAGCGGGGCCTCCAGGCCACGCAGCTGGCCCGGAGTCTTGGATACACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    296 G         GGCTCGCAACTACGCTGGAGCCTATAGAGAATGGTTGGAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100763 GGTA...CAGGGCTCGCAACTACGCTGGAGCCTATAGAGAATGGTTGGAG

    350     .
    337 AAAGAGAGT
        |||||||||
 100890 AAAGAGAGT