seq1 = pF1KE1199.tfa, 1104 bp
seq2 = pF1KE1199/gi568815579r_19045800.tfa (gi568815579r:19045800_19250719), 204920 bp

>pF1KE1199 1104
>gi568815579r:19045800_19250719 (Chr19)

(complement)

1-54  (99985-100038)   100% ->
55-258  (101291-101494)   100% ->
259-393  (102888-103022)   100% ->
394-541  (103537-103684)   100% ->
542-675  (103845-103978)   100% ->
676-769  (104072-104165)   100% ->
770-881  (104336-104447)   100% ->
882-1104  (104698-104920)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAGGAAAAAAATCCAGATCTCCCGCATCCTGGACCAAAGGAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99985 ATGGGGAGGAAAAAAATCCAGATCTCCCGCATCCTGGACCAAAGGAATCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAG         GTGACGTTCACCAAGCGGAAGTTCGGGCTGATGAAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100035 GCAGGTG...CAGGTGACGTTCACCAAGCGGAAGTTCGGGCTGATGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGCCTATGAGCTGAGCGTGCTCTGTGACTGTGAGATAGCCCTCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101328 AGGCCTATGAGCTGAGCGTGCTCTGTGACTGTGAGATAGCCCTCATCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCAACAGCGCCAACCGCCTCTTCCAGTATGCCAGCACGGACATGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101378 TTCAACAGCGCCAACCGCCTCTTCCAGTATGCCAGCACGGACATGGACCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGCTGCTGAAGTACACAGAGTACAGCGAGCCCCACGAGAGCCGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101428 TGTGCTGCTGAAGTACACAGAGTACAGCGAGCCCCACGAGAGCCGCACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACACTGACATCCTCGAG         ACGCTGAAGCGGAGGGGCATTGGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101478 ACACTGACATCCTCGAGGTA...TAGACGCTGAAGCGGAGGGGCATTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCGATGGGCCAGAGCTGGAGCCGGATGAAGGGCCTGAGGAGCCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102912 CTCGATGGGCCAGAGCTGGAGCCGGATGAAGGGCCTGAGGAGCCAGGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGTTTCGGAGGCTGGCAGGCGAAGGGGGTGATCCGGCCTTGCCCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102962 GAAGTTTCGGAGGCTGGCAGGCGAAGGGGGTGATCCGGCCTTGCCCCGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCGGCTGTAT         CCTGCAGCTCCTGCTATGCCCAGCCCAGAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103012 CCCGGCTGTATGTA...CAGCCTGCAGCTCCTGCTATGCCCAGCCCAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGTATACGGGGCCTTACCGCCACCAGGCTGTGACCCCAGTGGGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103567 GTGGTATACGGGGCCTTACCGCCACCAGGCTGTGACCCCAGTGGGCTTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAAGCACTGCCCGCCCAGAGCCGCCCATCTCCCTTCCGACCAGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103617 GGAAGCACTGCCCGCCCAGAGCCGCCCATCTCCCTTCCGACCAGCAGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAAAGCCGGGCCCCCAG         GCCTGGTGCACCCTCTCTTCTCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103667 CCAAAGCCGGGCCCCCAGGTG...CAGGCCTGGTGCACCCTCTCTTCTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCAAGCCACCTCACCAGCAAGACACCACCCCCACTGTACCTGCCGACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103868 CCAAGCCACCTCACCAGCAAGACACCACCCCCACTGTACCTGCCGACGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGGGCGGAGGTCAGACCTGCCTGGTGGCCTGGCTGGGCCCCGAGGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103918 AGGGCGGAGGTCAGACCTGCCTGGTGGCCTGGCTGGGCCCCGAGGGGGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TAAACACCTCC         AGAAGCCTCTACAGTGGCCTGCAGAACCCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103968 TAAACACCTCCGTG...CAGAGAAGCCTCTACAGTGGCCTGCAGAACCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGCTCCACTGCAACTCCCGGACCCCCACTGGGGAGCTTCCCCTTCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104102 TGCTCCACTGCAACTCCCGGACCCCCACTGGGGAGCTTCCCCTTCCTCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGGAGGCCCCCCAG         AATATGGCCTGGGAGACCCTCCACCGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104152 CGGAGGCCCCCCAGGTA...CAGAATATGGCCTGGGAGACCCTCCACCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCCCTGGCTTGTTGCAGCCCCCCACCCTGGCCCCCTGGCAGCCCTCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104363 CCCCTGGCTTGTTGCAGCCCCCCACCCTGGCCCCCTGGCAGCCCTCGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGTGATGGGCCCCCCGCCGTGTCCTCCCAGCCCAG         TGGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104413 GGTGATGGGCCCCCCGCCGTGTCCTCCCAGCCCAGGTA...CAGTGGGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCGAAGCCTGGGCGAGGAGGGTCCCCCAACCCGCGGCGCCTCCCCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104704 CCGAAGCCTGGGCGAGGAGGGTCCCCCAACCCGCGGCGCCTCCCCGCCGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCCCCCCAGTCAGCATCAAGTCTGAGCGCCTCTCTCCGGCCCCCGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104754 CCCCCCCAGTCAGCATCAAGTCTGAGCGCCTCTCTCCGGCCCCCGGGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCCGGCGACTTTCCTAAGACCTTCCCCTATCCCTTGCTCCTCGCCCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104804 CCCGGCGACTTTCCTAAGACCTTCCCCTATCCCTTGCTCCTCGCCCGGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCTGGCAGAGCCTCTGCGGCCTGGGCCCGCCCTGCGCCGGCTGCCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104854 CCTGGCAGAGCCTCTGCGGCCTGGGCCCGCCCTGCGCCGGCTGCCCTTGG

   1150     .    :    .
   1088 CCGACGGCTGGCCCCGG
        |||||||||||||||||
 104904 CCGACGGCTGGCCCCGG