seq1 = pF1KE1198.tfa, 2754 bp
seq2 = pF1KE1198/gi568815575f_67445147.tfa (gi568815575f:67445147_67823838), 378692 bp

>pF1KE1198 2754
>gi568815575f:67445147_67823838 (ChrX)

1-1610  (100001-101616)   99% ->
1611-1762  (198110-198261)   100% ->
1763-1879  (240864-240980)   100% ->
1880-2167  (266256-266543)   100% ->
2168-2312  (272332-272476)   100% ->
2313-2443  (276687-276817)   100% ->
2444-2601  (277681-277838)   100% ->
2602-2754  (278540-278692)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGTGCAGTTAGGGCTGGGAAGGGTCTACCCTCGGCCGCCGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGTGCAGTTAGGGCTGGGAAGGGTCTACCCTCGGCCGCCGTCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCTACCGAGGAGCTTTCCAGAATCTGTTCCAGAGCGTGCGCGAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCTACCGAGGAGCTTTCCAGAATCTGTTCCAGAGCGTGCGCGAAGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCAGAACCCGGGCCCCAGGCACCCAGAGGCCGCGAGCGCAGCACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCAGAACCCGGGCCCCAGGCACCCAGAGGCCGCGAGCGCAGCACCTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGCCAGTTTGCTGCTGCTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||---|||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGCCAGTTTGCTGCTGCT   GCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAAGAGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100198 GCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAAGAGACTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCCCAGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGGTGAGGATGGTTCTCCCCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100248 GCCCCAGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGGTGAGGATGGTTCTCCCCAAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CATCGTAGAGGCCCCACAGGCTACCTGGTCCTGGATGAGGAACAGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100298 CATCGTAGAGGCCCCACAGGCTACCTGGTCCTGGATGAGGAACAGCAACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTCACAGCCGCAGTCGGCCCTGGAGTGCCACCCCGAGAGAGGTTGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100348 TTCACAGCCGCAGTCGGCCCTGGAGTGCCACCCCGAGAGAGGTTGCGTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGAGCCTGGAGCCGCCGTGGCCGCCAGCAAGGGGCTGCCGCAGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100398 CAGAGCCTGGAGCCGCCGTGGCCGCCAGCAAGGGGCTGCCGCAGCAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCAGCACCTCCGGACGAGGATGACTCAGCTGCCCCATCCACGTTGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100448 CCAGCACCTCCGGACGAGGATGACTCAGCTGCCCCATCCACGTTGTCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTGGGCCCCACTTTCCCCGGCTTAAGCAGCTGCTCCGCTGACCTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100498 GCTGGGCCCCACTTTCCCCGGCTTAAGCAGCTGCTCCGCTGACCTTAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACATCCTGAGCGAGGCCAGCACCATGCAACTCCTTCAGCAACAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100548 ACATCCTGAGCGAGGCCAGCACCATGCAACTCCTTCAGCAACAGCAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAAGCAGTATCCGAAGGCAGCAGCAGCGGGAGAGCGAGGGAGGCCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100598 GAAGCAGTATCCGAAGGCAGCAGCAGCGGGAGAGCGAGGGAGGCCTCGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGCTCCCACTTCCTCCAAGGACAATTACTTAGGGGGCACTTCGACCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100648 GGCTCCCACTTCCTCCAAGGACAATTACTTAGGGGGCACTTCGACCATTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTGACAACGCCAAGGAGTTGTGTAAGGCAGTGTCGGTGTCCATGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100698 CTGACAACGCCAAGGAGTTGTGTAAGGCAGTGTCGGTGTCCATGGGCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGTGTGGAGGCGTTGGAGCATCTGAGTCCAGGGGAACAGCTTCGGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100748 GGTGTGGAGGCGTTGGAGCATCTGAGTCCAGGGGAACAGCTTCGGGGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTGCATGTACGCCCCACTTTTGGGAGTTCCACCCGCTGTGCGTCCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100798 TTGCATGTACGCCCCACTTTTGGGAGTTCCACCCGCTGTGCGTCCCACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTTGTGCCCCATTGGCCGAATGCAAAGGTTCTCTGCTAGACGACAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100848 CTTGTGCCCCATTGGCCGAATGCAAAGGTTCTCTGCTAGACGACAGCGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGCAAGAGCACTGAAGATACTGCTGAGTATTCCCCTTTCAAGGGAGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100898 GGCAAGAGCACTGAAGATACTGCTGAGTATTCCCCTTTCAAGGGAGGTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CACCAAAGGGCTAGAAGGCGAGAGCCTAGGCTGCTCTGGCAGCGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100948 CACCAAAGGGCTAGAAGGCGAGAGCCTAGGCTGCTCTGGCAGCGCTGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CAGGGAGCTCCGGGACACTTGAACTGCCGTCTACCCTGTCTCTCTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100998 CAGGGAGCTCCGGGACACTTGAACTGCCGTCTACCCTGTCTCTCTACAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCCGGAGCACTGGACGAGGCAGCTGCGTACCAGAGTCGCGACTACTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101048 TCCGGAGCACTGGACGAGGCAGCTGCGTACCAGAGTCGCGACTACTACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CTTTCCACTGGCTCTGGCCGGACCGCCGCCCCCTCCGCCGCCTCCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101098 CTTTCCACTGGCTCTGGCCGGACCGCCGCCCCCTCCGCCGCCTCCCCATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CCCACGCTCGCATCAAGCTGGAGAACCCGCTGGACTACGGCAGCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101148 CCCACGCTCGCATCAAGCTGGAGAACCCGCTGGACTACGGCAGCGCCTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GCGGCTGCGGCGGCGCAGTGCCGCTATGGGGACCTGGCGAGCCTGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101198 GCGGCTGCGGCGGCGCAGTGCCGCTATGGGGACCTGGCGAGCCTGCATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CGCGGGTGCAGCGGGACCCGGTTCTGGGTCACCCTCAGCCGCCGCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101248 CGCGGGTGCAGCGGGACCCGGTTCTGGGTCACCCTCAGCCGCCGCTTCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CATCCTGGCACACTCTCTTCACAGCCGAAGAAGGCCAGTTGTATGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101298 CATCCTGGCACACTCTCTTCACAGCCGAAGAAGGCCAGTTGTATGGACCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TGTGGTGGTGGTGGGGGTGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101348 TGTGGTGGTGGTGGGGGTGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CGGCGGCGGCGGCG         AGGCGGGAGCTGTAGCCCCCTACGGCT
        ||||||||||||||---------|||||||||||||||||||||||||||
 101398 CGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGAGGCGGGAGCTGTAGCCCCCTACGGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 ACACTCGGCCCCCTCAGGGGCTGGCGGGCCAGGAAAGCGACTTCACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101448 ACACTCGGCCCCCTCAGGGGCTGGCGGGCCAGGAAAGCGACTTCACCGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 CCTGATGTGTGGTACCCTGGCGGCATGGTGAGCAGAGTGCCCTATCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101498 CCTGATGTGTGGTACCCTGGCGGCATGGTGAGCAGAGTGCCCTATCCCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TCCCACTTGTGTCAAAAGCGAAATGGGCCCCTGGATGGATAGCTACTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101548 TCCCACTTGTGTCAAAAGCGAAATGGGCCCCTGGATGGATAGCTACTCCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 GACCTTACGGGGACATGCG         TTTGGAGACTGCCAGGGACCAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101598 GACCTTACGGGGACATGCGGTA...CAGTTTGGAGACTGCCAGGGACCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 GTTTTGCCCATTGACTATTACTTTCCACCCCAGAAGACCTGCCTGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198132 GTTTTGCCCATTGACTATTACTTTCCACCCCAGAAGACCTGCCTGATCTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 TGGAGATGAAGCTTCTGGGTGTCACTATGGAGCTCTCACATGTGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198182 TGGAGATGAAGCTTCTGGGTGTCACTATGGAGCTCTCACATGTGGAAGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 GCAAGGTCTTCTTCAAAAGAGCCGCTGAAG         GGAAACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 198232 GCAAGGTCTTCTTCAAAAGAGCCGCTGAAGGTA...CAGGGAAACAGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 TACCTGTGCGCCAGCAGAAATGATTGCACTATTGATAAATTCCGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240875 TACCTGTGCGCCAGCAGAAATGATTGCACTATTGATAAATTCCGAAGGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 AAATTGTCCATCTTGTCGTCTTCGGAAATGTTATGAAGCAGGGATGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240925 AAATTGTCCATCTTGTCGTCTTCGGAAATGTTATGAAGCAGGGATGACTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 TGGGAG         CCCGGAAGCTGAAGAAACTTGGTAATCTGAAACTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240975 TGGGAGGTA...TAGCCCGGAAGCTGAAGAAACTTGGTAATCTGAAACTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 CAGGAGGAAGGAGAGGCTTCCAGCACCACCAGCCCCACTGAGGAGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266291 CAGGAGGAAGGAGAGGCTTCCAGCACCACCAGCCCCACTGAGGAGACAAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 CCAGAAGCTGACAGTGTCACACATTGAAGGCTATGAATGTCAGCCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266341 CCAGAAGCTGACAGTGTCACACATTGAAGGCTATGAATGTCAGCCCATCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 TTCTGAATGTCCTGGAAGCCATTGAGCCAGGTGTAGTGTGTGCTGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266391 TTCTGAATGTCCTGGAAGCCATTGAGCCAGGTGTAGTGTGTGCTGGACAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 GACAACAACCAGCCCGACTCCTTTGCAGCCTTGCTCTCTAGCCTCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266441 GACAACAACCAGCCCGACTCCTTTGCAGCCTTGCTCTCTAGCCTCAATGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 ACTGGGAGAGAGACAGCTTGTACACGTGGTCAAGTGGGCCAAGGCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266491 ACTGGGAGAGAGACAGCTTGTACACGTGGTCAAGTGGGCCAAGGCCTTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 CTG         GCTTCCGCAACTTACACGTGGACGACCAGATGGCTGTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266541 CTGGTA...CAGGCTTCCGCAACTTACACGTGGACGACCAGATGGCTGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2206 ATTCAGTACTCCTGGATGGGGCTCATGGTGTTTGCCATGGGCTGGCGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272370 ATTCAGTACTCCTGGATGGGGCTCATGGTGTTTGCCATGGGCTGGCGATC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2256 CTTCACCAATGTCAACTCCAGGATGCTCTACTTCGCCCCTGATCTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272420 CTTCACCAATGTCAACTCCAGGATGCTCTACTTCGCCCCTGATCTGGTTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2306 TCAATGA         GTACCGCATGCACAAGTCCCGGATGTACAGCCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272470 TCAATGAGTA...CAGGTACCGCATGCACAAGTCCCGGATGTACAGCCAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2347 TGTGTCCGAATGAGGCACCTCTCTCAAGAGTTTGGATGGCTCCAAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276721 TGTGTCCGAATGAGGCACCTCTCTCAAGAGTTTGGATGGCTCCAAATCAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2397 CCCCCAGGAATTCCTGTGCATGAAAGCACTGCTACTCTTCAGCATTA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 276771 CCCCCAGGAATTCCTGTGCATGAAAGCACTGCTACTCTTCAGCATTAGTA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2444       TTCCAGTGGATGGGCTGAAAAATCAAAAATTCTTTGATGAACTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276821 ...CAGTTCCAGTGGATGGGCTGAAAAATCAAAAATTCTTTGATGAACTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2488 CGAATGAACTACATCAAGGAACTCGATCGTATCATTGCATGCAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277725 CGAATGAACTACATCAAGGAACTCGATCGTATCATTGCATGCAAAAGAAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2538 AAATCCCACATCCTGCTCAAGACGCTTCTACCAGCTCACCAAGCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277775 AAATCCCACATCCTGCTCAAGACGCTTCTACCAGCTCACCAAGCTCCTGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2588 ACTCCGTGCAGCCT         ATTGCGAGAGAGCTGCATCAGTTCACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 277825 ACTCCGTGCAGCCTGTA...CAGATTGCGAGAGAGCTGCATCAGTTCACT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2629 TTTGACCTGCTAATCAAGTCACACATGGTGAGCGTGGACTTTCCGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278567 TTTGACCTGCTAATCAAGTCACACATGGTGAGCGTGGACTTTCCGGAAAT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2679 GATGGCAGAGATCATCTCTGTGCAAGTGCCCAAGATCCTTTCTGGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278617 GATGGCAGAGATCATCTCTGTGCAAGTGCCCAAGATCCTTTCTGGGAAAG

   2800     .    :    .    :    .
   2729 TCAAGCCCATCTATTTCCACACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||
 278667 TCAAGCCCATCTATTTCCACACCCAG