seq1 = pF1KE1197.tfa, 2751 bp
seq2 = pF1KE1197/gi568815575f_67445147.tfa (gi568815575f:67445147_67823838), 378692 bp

>pF1KE1197 2751
>gi568815575f:67445147_67823838 (ChrX)

1-1607  (100001-101616)   99% ->
1608-1759  (198110-198261)   100% ->
1760-1876  (240864-240980)   100% ->
1877-2164  (266256-266543)   100% ->
2165-2309  (272332-272476)   100% ->
2310-2440  (276687-276817)   100% ->
2441-2598  (277681-277838)   100% ->
2599-2751  (278540-278692)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGTGCAGTTAGGGCTGGGAAGGGTCTACCCTCGGCCGCCGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGTGCAGTTAGGGCTGGGAAGGGTCTACCCTCGGCCGCCGTCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCTACCGAGGAGCTTTCCAGAATCTGTTCCAGAGCGTGCGCGAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCTACCGAGGAGCTTTCCAGAATCTGTTCCAGAGCGTGCGCGAAGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCAGAACCCGGGCCCCAGGCACCCAGAGGCCGCGAGCGCAGCACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCAGAACCCGGGCCCCAGGCACCCAGAGGCCGCGAGCGCAGCACCTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGCCAGTTTGCTGCTGCTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGCCAGTTTGCTGCTGCTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAAGAGACTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAAGAGACTAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGGTGAGGATGGTTCTCCCCAAGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGGTGAGGATGGTTCTCCCCAAGCCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGTAGAGGCCCCACAGGCTACCTGGTCCTGGATGAGGAACAGCAACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGTAGAGGCCCCACAGGCTACCTGGTCCTGGATGAGGAACAGCAACCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACAGCCGCAGTCGGCCCTGGAGTGCCACCCCGAGAGAGGTTGCGTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACAGCCGCAGTCGGCCCTGGAGTGCCACCCCGAGAGAGGTTGCGTCCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCCTGGAGCCGCCGTGGCCGCCAGCAAGGGGCTGCCGCAGCAGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCCTGGAGCCGCCGTGGCCGCCAGCAAGGGGCTGCCGCAGCAGCTGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCACCTCCGGACGAGGATGACTCAGCTGCCCCATCCACGTTGTCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCACCTCCGGACGAGGATGACTCAGCTGCCCCATCCACGTTGTCCCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGGCCCCACTTTCCCCGGCTTAAGCAGCTGCTCCGCTGACCTTAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGGCCCCACTTTCCCCGGCTTAAGCAGCTGCTCCGCTGACCTTAAAGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCTGAGCGAGGCCAGCACCATGCAACTCCTTCAGCAACAGCAGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCTGAGCGAGGCCAGCACCATGCAACTCCTTCAGCAACAGCAGCAGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCAGTATCCGAAGGCAGCAGCAGCGGGAGAGCGAGGGAGGCCTCGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCAGTATCCGAAGGCAGCAGCAGCGGGAGAGCGAGGGAGGCCTCGGGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCCCACTTCCTCCAAGGACAATTACTTAGGGGGCACTTCGACCATTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCCCACTTCCTCCAAGGACAATTACTTAGGGGGCACTTCGACCATTTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAACGCCAAGGAGTTGTGTAAGGCAGTGTCGGTGTCCATGGGCCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAACGCCAAGGAGTTGTGTAAGGCAGTGTCGGTGTCCATGGGCCTGGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTGGAGGCGTTGGAGCATCTGAGTCCAGGGGAACAGCTTCGGGGGGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTGGAGGCGTTGGAGCATCTGAGTCCAGGGGAACAGCTTCGGGGGGATTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATGTACGCCCCACTTTTGGGAGTTCCACCCGCTGTGCGTCCCACTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATGTACGCCCCACTTTTGGGAGTTCCACCCGCTGTGCGTCCCACTCCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTGCCCCATTGGCCGAATGCAAAGGTTCTCTGCTAGACGACAGCGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTGCCCCATTGGCCGAATGCAAAGGTTCTCTGCTAGACGACAGCGCAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAGAGCACTGAAGATACTGCTGAGTATTCCCCTTTCAAGGGAGGTTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAGAGCACTGAAGATACTGCTGAGTATTCCCCTTTCAAGGGAGGTTACAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAAAGGGCTAGAAGGCGAGAGCCTAGGCTGCTCTGGCAGCGCTGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAAAGGGCTAGAAGGCGAGAGCCTAGGCTGCTCTGGCAGCGCTGCAGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GGAGCTCCGGGACACTTGAACTGCCGTCTACCCTGTCTCTCTACAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GGAGCTCCGGGACACTTGAACTGCCGTCTACCCTGTCTCTCTACAAGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGAGCACTGGACGAGGCAGCTGCGTACCAGAGTCGCGACTACTACAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GGAGCACTGGACGAGGCAGCTGCGTACCAGAGTCGCGACTACTACAACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TCCACTGGCTCTGGCCGGACCGCCGCCCCCTCCGCCGCCTCCCCATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TCCACTGGCTCTGGCCGGACCGCCGCCCCCTCCGCCGCCTCCCCATCCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ACGCTCGCATCAAGCTGGAGAACCCGCTGGACTACGGCAGCGCCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ACGCTCGCATCAAGCTGGAGAACCCGCTGGACTACGGCAGCGCCTGGGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GCTGCGGCGGCGCAGTGCCGCTATGGGGACCTGGCGAGCCTGCATGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GCTGCGGCGGCGCAGTGCCGCTATGGGGACCTGGCGAGCCTGCATGGCGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GGGTGCAGCGGGACCCGGTTCTGGGTCACCCTCAGCCGCCGCTTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GGGTGCAGCGGGACCCGGTTCTGGGTCACCCTCAGCCGCCGCTTCCTCAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CCTGGCACACTCTCTTCACAGCCGAAGAAGGCCAGTTGTATGGACCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CCTGGCACACTCTCTTCACAGCCGAAGAAGGCCAGTTGTATGGACCGTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GGTGGTGGTGGGAGTGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGG
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GGTGGTGGTGGGGGTGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CGGCGGCGGCG         AGGCGGGAGCTGTAGCCCCCTACGGCTACA
        |||||||||||---------||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CGGCGGCGGCGGCGGCGGCGAGGCGGGAGCTGTAGCCCCCTACGGCTACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CTCGGCCCCCTCAGGGGCTGGCGGGCCAGGAAAGCGACTTCACCGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CTCGGCCCCCTCAGGGGCTGGCGGGCCAGGAAAGCGACTTCACCGCACCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GATGTGTGGTACCCTGGCGGCATGGTGAGCAGAGTGCCCTATCCCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GATGTGTGGTACCCTGGCGGCATGGTGAGCAGAGTGCCCTATCCCAGTCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CACTTGTGTCAAAAGCGAAATGGGCCCCTGGATGGATAGCTACTCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CACTTGTGTCAAAAGCGAAATGGGCCCCTGGATGGATAGCTACTCCGGAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CTTACGGGGACATGCG         TTTGGAGACTGCCAGGGACCATGTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101601 CTTACGGGGACATGCGGTA...CAGTTTGGAGACTGCCAGGGACCATGTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 TTGCCCATTGACTATTACTTTCCACCCCAGAAGACCTGCCTGATCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198135 TTGCCCATTGACTATTACTTTCCACCCCAGAAGACCTGCCTGATCTGTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 AGATGAAGCTTCTGGGTGTCACTATGGAGCTCTCACATGTGGAAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198185 AGATGAAGCTTCTGGGTGTCACTATGGAGCTCTCACATGTGGAAGCTGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 AGGTCTTCTTCAAAAGAGCCGCTGAAG         GGAAACAGAAGTAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 198235 AGGTCTTCTTCAAAAGAGCCGCTGAAGGTA...CAGGGAAACAGAAGTAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 CTGTGCGCCAGCAGAAATGATTGCACTATTGATAAATTCCGAAGGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240878 CTGTGCGCCAGCAGAAATGATTGCACTATTGATAAATTCCGAAGGAAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 TTGTCCATCTTGTCGTCTTCGGAAATGTTATGAAGCAGGGATGACTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240928 TTGTCCATCTTGTCGTCTTCGGAAATGTTATGAAGCAGGGATGACTCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 GAG         CCCGGAAGCTGAAGAAACTTGGTAATCTGAAACTACAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240978 GAGGTA...TAGCCCGGAAGCTGAAGAAACTTGGTAATCTGAAACTACAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 GAGGAAGGAGAGGCTTCCAGCACCACCAGCCCCACTGAGGAGACAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266294 GAGGAAGGAGAGGCTTCCAGCACCACCAGCCCCACTGAGGAGACAACCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 GAAGCTGACAGTGTCACACATTGAAGGCTATGAATGTCAGCCCATCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266344 GAAGCTGACAGTGTCACACATTGAAGGCTATGAATGTCAGCCCATCTTTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 TGAATGTCCTGGAAGCCATTGAGCCAGGTGTAGTGTGTGCTGGACACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266394 TGAATGTCCTGGAAGCCATTGAGCCAGGTGTAGTGTGTGCTGGACACGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 AACAACCAGCCCGACTCCTTTGCAGCCTTGCTCTCTAGCCTCAATGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266444 AACAACCAGCCCGACTCCTTTGCAGCCTTGCTCTCTAGCCTCAATGAACT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 GGGAGAGAGACAGCTTGTACACGTGGTCAAGTGGGCCAAGGCCTTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266494 GGGAGAGAGACAGCTTGTACACGTGGTCAAGTGGGCCAAGGCCTTGCCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165          GCTTCCGCAACTTACACGTGGACGACCAGATGGCTGTCATT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266544 GTA...CAGGCTTCCGCAACTTACACGTGGACGACCAGATGGCTGTCATT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2206 CAGTACTCCTGGATGGGGCTCATGGTGTTTGCCATGGGCTGGCGATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272373 CAGTACTCCTGGATGGGGCTCATGGTGTTTGCCATGGGCTGGCGATCCTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2256 CACCAATGTCAACTCCAGGATGCTCTACTTCGCCCCTGATCTGGTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272423 CACCAATGTCAACTCCAGGATGCTCTACTTCGCCCCTGATCTGGTTTTCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2306 ATGA         GTACCGCATGCACAAGTCCCGGATGTACAGCCAGTGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272473 ATGAGTA...CAGGTACCGCATGCACAAGTCCCGGATGTACAGCCAGTGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2347 GTCCGAATGAGGCACCTCTCTCAAGAGTTTGGATGGCTCCAAATCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276724 GTCCGAATGAGGCACCTCTCTCAAGAGTTTGGATGGCTCCAAATCACCCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2397 CCAGGAATTCCTGTGCATGAAAGCACTGCTACTCTTCAGCATTA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 276774 CCAGGAATTCCTGTGCATGAAAGCACTGCTACTCTTCAGCATTAGTA...

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2441    TTCCAGTGGATGGGCTGAAAAATCAAAAATTCTTTGATGAACTTCGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277678 CAGTTCCAGTGGATGGGCTGAAAAATCAAAAATTCTTTGATGAACTTCGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2488 ATGAACTACATCAAGGAACTCGATCGTATCATTGCATGCAAAAGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277728 ATGAACTACATCAAGGAACTCGATCGTATCATTGCATGCAAAAGAAAAAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2538 TCCCACATCCTGCTCAAGACGCTTCTACCAGCTCACCAAGCTCCTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277778 TCCCACATCCTGCTCAAGACGCTTCTACCAGCTCACCAAGCTCCTGGACT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2588 CCGTGCAGCCT         ATTGCGAGAGAGCTGCATCAGTTCACTTTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 277828 CCGTGCAGCCTGTA...CAGATTGCGAGAGAGCTGCATCAGTTCACTTTT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2629 GACCTGCTAATCAAGTCACACATGGTGAGCGTGGACTTTCCGGAAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278570 GACCTGCTAATCAAGTCACACATGGTGAGCGTGGACTTTCCGGAAATGAT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2679 GGCAGAGATCATCTCTGTGCAAGTGCCCAAGATCCTTTCTGGGAAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278620 GGCAGAGATCATCTCTGTGCAAGTGCCCAAGATCCTTTCTGGGAAAGTCA

   2800     .    :    .    :
   2729 AGCCCATCTATTTCCACACCCAG
        |||||||||||||||||||||||
 278670 AGCCCATCTATTTCCACACCCAG