seq1 = pF1KE1187.tfa, 2295 bp
seq2 = pF1KE1187/gi568815594f_4199946.tfa (gi568815594f:4199946_4421313), 221368 bp

>pF1KE1187 2295
>gi568815594f:4199946_4421313 (Chr4)

1-152  (100001-100152)   100% ->
153-1255  (102044-103146)   99% ->
1256-1302  (106193-106239)   100% ->
1303-1376  (113096-113169)   100% ->
1377-1459  (115691-115773)   100% ->
1460-1621  (115864-116025)   100% ->
1622-2295  (120695-121368)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCCTGTTGCTACCCACAGCTGCCATCTGCTCCAGCAACTGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCCTGTTGCTACCCACAGCTGCCATCTGCTCCAGCAACTGCATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCGAATCCAAGGCCTGCTTTGTGACTGTATGTTGGTGGTAAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCGAATCCAAGGCCTGCTTTGTGACTGTATGTTGGTGGTAAAAGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTGCTTTAAAGCGCATAAGAATGTCCTGGCAGCATTCAGCCAGTATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTGCTTTAAAGCGCATAAGAATGTCCTGGCAGCATTCAGCCAGTATTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AG         GAGCCTCTTTCAGAATTCTTCAAGCCAGAAGAATGATGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGTG...CAGGAGCCTCTTTCAGAATTCTTCAAGCCAGAAGAATGATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTTCACTTGGATGTTAAAAATGTCAGTGGCATAGGGCAGATCCTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102083 TTTTCACTTGGATGTTAAAAATGTCAGTGGCATAGGGCAGATCCTGGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCATGTACACTTCTCATCTAGATCTTAACCAGGACAATATACAAGTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102133 TCATGTACACTTCTCATCTAGATCTTAACCAGGACAATATACAAGTAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGACACAGCACAGTGTTTGCAAGTTCAAAATGTTCTGAGTCTGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102183 CTGGACACAGCACAGTGTTTGCAAGTTCAAAATGTTCTGAGTCTGTGTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACATTTTTAAAATCAGCCACTGTAGTACAGCCACCTGGCATGCCTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102233 CACATTTTTAAAATCAGCCACTGTAGTACAGCCACCTGGCATGCCTTGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATAGTACATTGTCTCTACAAAGCACCCTGACCCCAGATGCCACTTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102283 ATAGTACATTGTCTCTACAAAGCACCCTGACCCCAGATGCCACTTGTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATCAGTGAAAACTACCCCCCTCATTTACTGCAGGAATGTTCAGCAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102333 ATCAGTGAAAACTACCCCCCTCATTTACTGCAGGAATGTTCAGCAGATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ACAGCAGAACAAAACGTTGGATGAATCGCATCCGCATGCTTCACCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102383 ACAGCAGAACAAAACGTTGGATGAATCGCATCCGCATGCTTCACCATCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTAATCGTCATCACTCCGCAGGTGAAATCTCAAAACAAGCTCCTGATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102433 TTAATCGTCATCACTCCGCAGGTGAAATCTCAAAACAAGCTCCTGATACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TCAGATGGCAGCTGCACAGAACTGCCTTTCAAACAGCCAAATTACTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102483 TCAGATGGCAGCTGCACAGAACTGCCTTTCAAACAGCCAAATTACTATTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAAACTCAGAAACTTTTACAGTAAGCAGTACCATAAACACGCAGCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102533 CAAACTCAGAAACTTTTACAGTAAGCAGTACCATAAACACGCAGCTGGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCAGTCAGGAGAGAGTTGTTGAGCAGCCTTTTGCTTTCAGCACCTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102583 CCAGTCAGGAGAGAGTTGTTGAGCAGCCTTTTGCTTTCAGCACCTCTACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GACCTTACCACGGTAGAGAGCCAGCCTTGTGCTGTCAGTCATTCTGAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 102633 GACCTTACCACGGTAGAGAGCCAGCCTTGTGCCGTCAGTCATTCTGAATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CATCCTGGAGTCTCCCGAGCACTTACCTTCCAACTTCCTGGCCCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102683 CATCCTGGAGTCTCCCGAGCACTTACCTTCCAACTTCCTGGCCCAGCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGAATGACTCTGCCCCACACCCTGAGTCAGACGCCACATGCCAACAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102733 TGAATGACTCTGCCCCACACCCTGAGTCAGACGCCACATGCCAACAACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GTCAAGCAGATGAGGCTCAAAAAGGCCATTCATCTGAAGAAGCTCAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102783 GTCAAGCAGATGAGGCTCAAAAAGGCCATTCATCTGAAGAAGCTCAATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCTGAAGTCACAGAAATACGCAGAGCAAGTATCTGAACCCAAGTCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102833 CCTGAAGTCACAGAAATACGCAGAGCAAGTATCTGAACCCAAGTCAGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ATGGTTTGACAAAGAGGTTGGAATCTGCTAGTAAAAATACCCTAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102883 ATGGTTTGACAAAGAGGTTGGAATCTGCTAGTAAAAATACCCTAGAGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GCTAGCAGCCAAAGTGCTGAAGAAAAAGAAAGTGAAGAAGTCGTCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102933 GCTAGCAGCCAAAGTGCTGAAGAAAAAGAAAGTGAAGAAGTCGTCAGTTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TGAGAATTTTAATTGCATTAGTGAGACGGAGAGGCCTGAAGACCCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102983 TGAGAATTTTAATTGCATTAGTGAGACGGAGAGGCCTGAAGACCCGGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CCCTGGAAGACCAGTCCCAGACACTTCAGTCCCAGAGACAATACGCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103033 CCCTGGAAGACCAGTCCCAGACACTTCAGTCCCAGAGACAATACGCGTGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GAATTATGCGGGAAACCTTTTAAACACCCAAGCAACTTGGAGCTTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103083 GAATTATGCGGGAAACCTTTTAAACACCCAAGCAACTTGGAGCTTCACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 ACGGTCTCATACAG         GTGAGAAACCTTTTGAATGTAACATTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103133 ACGGTCTCATACAGGTA...TAGGTGAGAAACCTTTTGAATGTAACATTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GTGGGAAACATTTCTCTCAG         GCAGGTAACTTGCAGACTCAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106220 GTGGGAAACATTTCTCTCAGGTG...CAGGCAGGTAACTTGCAGACTCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 TTACGACGGCATTCTGGTGAAAAACCATACATCTGCGAGATCTGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113117 TTACGACGGCATTCTGGTGAAAAACCATACATCTGCGAGATCTGTGGAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GAG         GTTTGCAGCCTCTGGCGACGTCCAGCGTCACATTATTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113167 GAGGTC...TAGGTTTGCAGCCTCTGGCGACGTCCAGCGTCACATTATTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TTCACTCAGGAGAAAAACCACACTTGTGTGACATCTGTGGTCGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 115729 TTCACTCAGGAGAAAAACCACACTTGTGTGACATCTGTGGTCGAGGTA..

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1460     GGTTTAGTAACTTCAGTAATTTGAAGGAGCACAAAAAGACACACAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115779 .TAGGGTTTAGTAACTTCAGTAATTTGAAGGAGCACAAAAAGACACACAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GGCTGATAAAGTCTTCACCTGTGATGAGTGTGGAAAGTCTTTTAATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115910 GGCTGATAAAGTCTTCACCTGTGATGAGTGTGGAAAGTCTTTTAATATGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AAAGGAAGTTAGTAAAGCACAGAATTCGGCACACGGGGGAGCGGCCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115960 AAAGGAAGTTAGTAAAGCACAGAATTCGGCACACGGGGGAGCGGCCTTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 AGCTGCTCTGCCTGCG         GGAAATGTTTTGGGGGATCAGGTGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 116010 AGCTGCTCTGCCTGCGGTG...CAGGGAAATGTTTTGGGGGATCAGGTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 CCTCCGCAGGCATGTCCGCGCTCACACTGGGGAGAAGCCGTACACATGTG
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 120720 CCTCCGCAGGCATGTCCGCACTCACACTGGGGAGAAGCCGTACACATGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 AGATCTGTAACAAGTGCTTTACCCGCTCTGCGGTGCTCCGGCGGCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120770 AGATCTGTAACAAGTGCTTTACCCGCTCTGCGGTGCTCCGGCGGCACAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 AAGATGCACTGCAAAGCTGGTGACGAGAGCCCAGATGTGCTGGAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120820 AAGATGCACTGCAAAGCTGGTGACGAGAGCCCAGATGTGCTGGAGGAGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 CAGCCAAGCCATCGAGACCTCCGACCTCGAGAAATCTCAGAGCTCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120870 CAGCCAAGCCATCGAGACCTCCGACCTCGAGAAATCTCAGAGCTCAGACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 CTTTCTCCCAAGACACGTCTGTGACGCTGATGCCAGTGTCGGTTAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120920 CTTTCTCCCAAGACACGTCTGTGACGCTGATGCCAGTGTCGGTTAAACTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 CCTGTCCACCCAGTGGAAAATTCTGTGGCAGAATTTGATAGCCACTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120970 CCTGTCCACCCAGTGGAAAATTCTGTGGCAGAATTTGATAGCCACTCTGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 CGGCTCCTATTGTAAGTTACGGTCCATGATCCAACCTCATGGAGTTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121020 CGGCTCCTATTGTAAGTTACGGTCCATGATCCAACCTCATGGAGTTAGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 ACCAGGAGAAGCTGAGTTTGGATCCTGGTAAACTTGCCAAGCCCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121070 ACCAGGAGAAGCTGAGTTTGGATCCTGGTAAACTTGCCAAGCCCCAGATG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 CAGCAGACACAGCCTCAGGCCTATGCTTACTCGGATGTGGACACCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121120 CAGCAGACACAGCCTCAGGCCTATGCTTACTCGGATGTGGACACCCCAGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 CGGTGGCGAACCACTGCAGGCCGATGGCATGGCCATGATCCGTTCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121170 CGGTGGCGAACCACTGCAGGCCGATGGCATGGCCATGATCCGTTCCTCTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 TGGCTGCTTTGGACAACCACGGCGGTGACCCCCTGGGCAGTCGAGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121220 TGGCTGCTTTGGACAACCACGGCGGTGACCCCCTGGGCAGTCGAGCATCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 TCCACCACTTATAGGAACTCAGAGGGTCAGTTTTTCTCCAGCATGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121270 TCCACCACTTATAGGAACTCAGAGGGTCAGTTTTTCTCCAGCATGACTCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2247 CTGGGGGCTAGCGATGAAGACGCTGCAGAATGAAAACGAGTTAGACCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121320 CTGGGGGCTAGCGATGAAGACGCTGCAGAATGAAAACGAGTTAGACCAG