seq1 = pF1KE1178.tfa, 2058 bp
seq2 = pF1KE1178/gi568815590f_144729477.tfa (gi568815590f:144729477_144943165), 213689 bp

>pF1KE1178 2058
>gi568815590f:144729477_144943165 (Chr8)

1-130  (100000-100128)   99% ->
131-247  (107915-108031)   100% ->
248-2058  (111879-113689)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGTGGTAACATTTGGCGATGTGGCTGTGCACTTCTCTCGGGAGGA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGAGGTGGTAACATTTGGCGATGTGGCTGTGCACTTCTCTCGGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGGCAGTGTCTGGACCCTGGCCAGAGGGCCCTCTACAGGGAAGTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GTGGCAGTGTCTGGACCCTGGCCAGAGGGCCCTCTACAGGGAAGTGATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAGAACCACAGCAGTGTGGCTGGACTAG         CAGGATTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100099 TGGAGAACCACAGCAGTGTGGCTGGACTAGGTG...CAGCAGGATTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTTTCAAGCCTGAGCTGATCTCTCGGCTGGAGCAGGGAGAAGAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107926 GTTTTCAAGCCTGAGCTGATCTCTCGGCTGGAGCAGGGAGAAGAGCCATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTCCTCGACCTGCAGGGAGCAGAGGGGACAGAGGCACCAAGGACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107976 GGTCCTCGACCTGCAGGGAGCAGAGGGGACAGAGGCACCAAGGACCTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGACAG         ATTCTACGATTAGGACTGAAAATGAGCAGGCCTGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108026 AGACAGGTG...CAGATTCTACGATTAGGACTGAAAATGAGCAGGCCTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGACATGGACATCCTAAAATCAGAATCCTATGGGACAGTGGTCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111914 GAGGACATGGACATCCTAAAATCAGAATCCTATGGGACAGTGGTCAGAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCCCCACAGGACTTTCCTCAGAATCCTGGCTTTGGAGACGTTTCTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111964 CTCCCCACAGGACTTTCCTCAGAATCCTGGCTTTGGAGACGTTTCTGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGAGGTCTGGTTAGACAGTCATCTGGGCAGTCCCGGGCTGAAAGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112014 CTGAGGTCTGGTTAGACAGTCATCTGGGCAGTCCCGGGCTGAAAGTGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCTTTACCTTCCAAAATAACTGTTTGAATGAGGAGACTGTGGTTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112064 GGCTTTACCTTCCAAAATAACTGTTTGAATGAGGAGACTGTGGTTCCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GACCTTCACCAAGGACGCACCCCAGGGATGTAAGGAGCTGGGAAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112114 GACCTTCACCAAGGACGCACCCCAGGGATGTAAGGAGCTGGGAAGCAGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCCTGGATTGTCAGCCTCTTGAAAGTCAGGGAGAGAGTGCGGAAGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112164 GCCTGGATTGTCAGCCTCTTGAAAGTCAGGGAGAGAGTGCGGAAGGGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCCCAGAGATGCGAGGAGTGTGGCAAAGGCATCAGAGCCACTTCAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112214 TCCCAGAGATGCGAGGAGTGTGGCAAAGGCATCAGAGCCACTTCAGATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CGCTCTGCATTGGGAAATTAATACACAGAAAATTAGCAGATGTCAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112264 CGCTCTGCATTGGGAAATTAATACACAGAAAATTAGCAGATGTCAAGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCCAAAAAAAGTTATCTGACTGCTTGCAGGGGAAACATACAAATAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112314 GCCAAAAAAAGTTATCTGACTGCTTGCAGGGGAAACATACAAATAACTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CATGGAGAGAAGCCGTACGAATGTGCAGAGTGTGGGAAAGTCTTCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112364 CATGGAGAGAAGCCGTACGAATGTGCAGAGTGTGGGAAAGTCTTCAGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTGCTCGCAGCTTAATCAGCATCAGAGAATCCACACGGGAGAGAAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112414 CTGCTCGCAGCTTAATCAGCATCAGAGAATCCACACGGGAGAGAAACCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TTAAATGCACTGAGTGTGGAAAAGCCTTCCGCCTGAGCTCAAAACTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112464 TTAAATGCACTGAGTGTGGAAAAGCCTTCCGCCTGAGCTCAAAACTTATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CAGCATCAAAGAATCCACACTGGGGAGAAGCCCTACAGATGTGAGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112514 CAGCATCAAAGAATCCACACTGGGGAGAAGCCCTACAGATGTGAGGAATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGGAAAAGCTTTTGGTCAGAGCTCAAGCCTCATCCACCATCAGAGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112564 TGGAAAAGCTTTTGGTCAGAGCTCAAGCCTCATCCACCATCAGAGAATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACACAGGAGAGAGGCCCTATGGTTGTCGTGAGTGTGGGAAAGCCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112614 ACACAGGAGAGAGGCCCTATGGTTGTCGTGAGTGTGGGAAAGCCTTCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CAGCAGTCGCAGCTGGTTAGACACCAGAGAACTCACACTGGGGAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112664 CAGCAGTCGCAGCTGGTTAGACACCAGAGAACTCACACTGGGGAGAGGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CTACCCTTGCAAGGAGTGTGGGAAGGCCTTCAGCCAGAGCTCCACCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112714 CTACCCTTGCAAGGAGTGTGGGAAGGCCTTCAGCCAGAGCTCCACCCTAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CCCAGCATCAAAGGATGCATACTGGGGAGAAAGCTCAAATTCTAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112764 CCCAGCATCAAAGGATGCATACTGGGGAGAAAGCTCAAATTCTAAAAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TCAGACAGTCCAAGCCTTGTTGCACATCAGAGAATTCACGCTGTAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112814 TCAGACAGTCCAAGCCTTGTTGCACATCAGAGAATTCACGCTGTAGAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 ACCATTTAAGTGTGATGAGTGTGGGAAAGCTTTTAGGTGGATCTCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112864 ACCATTTAAGTGTGATGAGTGTGGGAAAGCTTTTAGGTGGATCTCTCGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TGAGTCAGCATCAGCTGATTCACACTGGAGAGAAGCCTTATAAATGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112914 TGAGTCAGCATCAGCTGATTCACACTGGAGAGAAGCCTTATAAATGCAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AAGTGTACAAAAGCCTTTGGTTGTAGTTCACGGCTTATTCGCCATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112964 AAGTGTACAAAAGCCTTTGGTTGTAGTTCACGGCTTATTCGCCATCAGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 AACTCACACTGGAGAAAAACCATTTAAATGTGATGAGTGTGGCAAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113014 AACTCACACTGGAGAAAAACCATTTAAATGTGATGAGTGTGGCAAAGGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 TTGTTCAGGGCTCACACCTTATTCAGCATCAGCGAATCCACACTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113064 TTGTTCAGGGCTCACACCTTATTCAGCATCAGCGAATCCACACTGGAGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 AAACCCTATGTGTGTAATGACTGTGGAAAAGCCTTCAGTCAGAGTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113114 AAACCCTATGTGTGTAATGACTGTGGAAAAGCCTTCAGTCAGAGTTCCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 CCTTATTTACCATCAGAGAATCCATAAAGGAGAGAAGCCCTACGAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113164 CCTTATTTACCATCAGAGAATCCATAAAGGAGAGAAGCCCTACGAATGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 TCCAATGCGGAAAAGCCTTCAGTATGAGCACACAGCTTACAATACATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113214 TCCAATGCGGAAAAGCCTTCAGTATGAGCACACAGCTTACAATACATCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 AGGGTTCACACTGGAGAGAGGCCCTATAAATGTAATGAATGTGGGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113264 AGGGTTCACACTGGAGAGAGGCCCTATAAATGTAATGAATGTGGGAAAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 CTTCAGTCAAAACTCAACCCTTTTCCAACACCAGATAATTCATGCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113314 CTTCAGTCAAAACTCAACCCTTTTCCAACACCAGATAATTCATGCAGGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 TGAAGCCCTATGAGTGCAGTGAGTGTGGAAAAGCCTTCAGCCGGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113364 TGAAGCCCTATGAGTGCAGTGAGTGTGGAAAAGCCTTCAGCCGGAGCTCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 TATCTTATTGAACACCAGAGAATACACACTAGGGCCCAGTGGTTTTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113414 TATCTTATTGAACACCAGAGAATACACACTAGGGCCCAGTGGTTTTACGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 ATATGGGAATGCCCTGGAAGGGTCCACCTTTGTGAGCCGTAAAAAGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113464 ATATGGGAATGCCCTGGAAGGGTCCACCTTTGTGAGCCGTAAAAAGGTTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 ATACTATAAAGAAACTGCATCAGTGTGAAGACTGTGAGAAGATATTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113514 ATACTATAAAGAAACTGCATCAGTGTGAAGACTGTGAGAAGATATTTAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 TGGCGTTCACACCTAATTATACACCAGAGAATTCACACCGGGGAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113564 TGGCGTTCACACCTAATTATACACCAGAGAATTCACACCGGGGAGAAGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 TTATAAATGCAATGACTGTGGCAAAGCTTTTAATCGTAGCTCAAGGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113614 TTATAAATGCAATGACTGTGGCAAAGCTTTTAATCGTAGCTCAAGGCTTA

   2050     .    :    .    :    .
   2033 CCCAGCATCAAAAAATTCACATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||
 113664 CCCAGCATCAAAAAATTCACATGGGA