seq1 = pF1KE1174.tfa, 1905 bp
seq2 = pF1KE1174/gi568815587f_66757745.tfa (gi568815587f:66757745_66960192), 202448 bp

>pF1KE1174 1905
>gi568815587f:66757745_66960192 (Chr11)

1-1349  (100001-101349)   100% ->
1350-1905  (101893-102448)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCCGCCGCTCCTGCTGCTGCTGCTGGCCAGTGGAGCGGCCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCCGCCGCTCCTGCTGCTGCTGCTGGCCAGTGGAGCGGCCGCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGCTGCCCTGCGTCTGCCAGAACCTGTCCGAGTCGCTCAGCACCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGCTGCCCTGCGTCTGCCAGAACCTGTCCGAGTCGCTCAGCACCCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGCCCACCGAGGCCTGCTGTTTGTGCCGCCCAACGTGGACCGGCGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGCCCACCGAGGCCTGCTGTTTGTGCCGCCCAACGTGGACCGGCGCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGAGCTGCGGCTGGCTGACAACTTCATCCAGGCCCTGGGGCCCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGAGCTGCGGCTGGCTGACAACTTCATCCAGGCCCTGGGGCCCCCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCCGCAACATGACGGGACTGGTGGACCTGACACTGTCTCGCAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCCGCAACATGACGGGACTGGTGGACCTGACACTGTCTCGCAATGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCACCCGCATTGGGGCCCGCGCCTTTGGGGACCTCGAGAGCCTGCGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCACCCGCATTGGGGCCCGCGCCTTTGGGGACCTCGAGAGCCTGCGTTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCCACCTTGACGGCAACAGGCTGGTGGAGCTGGGCACCGGGAGCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCCACCTTGACGGCAACAGGCTGGTGGAGCTGGGCACCGGGAGCCTCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGGCCCCGTCAATCTGCAGCACCTCATCCTCAGCGGCAACCAGCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGGCCCCGTCAATCTGCAGCACCTCATCCTCAGCGGCAACCAGCTGGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCATCGCGCCGGGAGCCTTCGACGACTTCCTAGAGAGCCTGGAGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCATCGCGCCGGGAGCCTTCGACGACTTCCTAGAGAGCCTGGAGGACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACCTGTCCTACAACAACCTCCGGCAGGTGCCCTGGGCCGGCATCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACCTGTCCTACAACAACCTCCGGCAGGTGCCCTGGGCCGGCATCGGCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CATGCCTGCCCTGCACACCCTCAACCTGGACCATAACCTTATTGACGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CATGCCTGCCCTGCACACCCTCAACCTGGACCATAACCTTATTGACGCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCCCCCAGGCGCCTTCGCCCAGCTCGGTCAGCTCTCCCGCCTGGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCCCCCAGGCGCCTTCGCCCAGCTCGGTCAGCTCTCCCGCCTGGACCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCTCCAACCGCCTGGCCACGCTGGCTCCGGACCCGCTTTTCTCTCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACCTCCAACCGCCTGGCCACGCTGGCTCCGGACCCGCTTTTCTCTCGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCGTGATGCAGAGGCCTCTCCCGCCCCCCTGGTGCTGAGCTTTAGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCGTGATGCAGAGGCCTCTCCCGCCCCCCTGGTGCTGAGCTTTAGCGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACCCCCTGCACTGCAACTGTGAGCTGCTGTGGCTGCGGCGGCTGGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACCCCCTGCACTGCAACTGTGAGCTGCTGTGGCTGCGGCGGCTGGCGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCGGACGACCTGGAAACGTGCGCCTCCCCGCCCGGCCTGGCCGGCCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCGGACGACCTGGAAACGTGCGCCTCCCCGCCCGGCCTGGCCGGCCGCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTCTGGGCAGTGCCCGAGGGCGAGTTCTCCTGTGAGCCGCCCCTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTCTGGGCAGTGCCCGAGGGCGAGTTCTCCTGTGAGCCGCCCCTCATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCCGCCACACGCAGCGCCTCTGGGTGCTGGAAGGCCAGCGGGCCACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCCGCCACACGCAGCGCCTCTGGGTGCTGGAAGGCCAGCGGGCCACGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CGGTGCCGGGCCCTGGGTGACCCCGCGCCTACCATGCACTGGGTCGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CGGTGCCGGGCCCTGGGTGACCCCGCGCCTACCATGCACTGGGTCGGTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGACGACCGGTTGGTTGGCAACTCCTCCCGAGCCCGGGCTTTCCCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGACGACCGGTTGGTTGGCAACTCCTCCCGAGCCCGGGCTTTCCCCAACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GGACCTTAGAGATTGGGGTGACCGGCGCTGGGGACGCTGGGGGCTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GGACCTTAGAGATTGGGGTGACCGGCGCTGGGGACGCTGGGGGCTACACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TGCATCGCCACCAACCCTGCTGGTGAGGCCACAGCCCGAGTAGAACTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TGCATCGCCACCAACCCTGCTGGTGAGGCCACAGCCCGAGTAGAACTGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGTGCTGGCCTTGCCCCATGGTGGGAACAGCAGTGCCGAGGGGGGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGTGCTGGCCTTGCCCCATGGTGGGAACAGCAGTGCCGAGGGGGGCCGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CCGGGCCCTCGGACATCGCCGCCTCCGCTCGCACTGCTGCCGAGGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CCGGGCCCTCGGACATCGCCGCCTCCGCTCGCACTGCTGCCGAGGGTGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GGGACGCTGGAGTCTGAGCCAGCCGTGCAGGTGACGGAGGTGACCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GGGACGCTGGAGTCTGAGCCAGCCGTGCAGGTGACGGAGGTGACCGCCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CTCAGGGCTGGTGAGCTGGGGTCCCGGGCGGCCAGCCGACCCAGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CTCAGGGCTGGTGAGCTGGGGTCCCGGGCGGCCAGCCGACCCAGTGTGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TGTTCCAAATCCAGTACAACAGCAGCGAAGATGAGACCCTCATCTACCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101301 TGTTCCAAATCCAGTACAACAGCAGCGAAGATGAGACCCTCATCTACCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1350         GATTGTCCCAGCCTCCAGCCACCACTTCCTGCTGAAGCACCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TG...CAGGATTGTCCCAGCCTCCAGCCACCACTTCCTGCTGAAGCACCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CGTCCCCGGCGCTGACTATGACCTCTGCCTGCTGGCCTTGTCACCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101935 CGTCCCCGGCGCTGACTATGACCTCTGCCTGCTGGCCTTGTCACCGGCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CTGGGCCCTCTGACCTCACGGCCACCAGGCTGCTGGGCTGTGCCCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101985 CTGGGCCCTCTGACCTCACGGCCACCAGGCTGCTGGGCTGTGCCCATTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 TCCACGCTGCCGGCCTCGCCCCTGTGCCACGCCCTGCAGGCCCACGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102035 TCCACGCTGCCGGCCTCGCCCCTGTGCCACGCCCTGCAGGCCCACGTGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 GGGCGGGACCCTGACCGTGGCCGTGGGGGGTGTGCTGGTGGCTGCCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102085 GGGCGGGACCCTGACCGTGGCCGTGGGGGGTGTGCTGGTGGCTGCCTTAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 TGGTCTTCACTGTGGCCTTGCTGGTTCGGGGCCGGGGGGCCGGAAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102135 TGGTCTTCACTGTGGCCTTGCTGGTTCGGGGCCGGGGGGCCGGAAATGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 CGCCTCCCCCTCAAGCTCAGCCACGTCCAGTCCCAGACCAATGGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102185 CGCCTCCCCCTCAAGCTCAGCCACGTCCAGTCCCAGACCAATGGAGGCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 CAGCCCCACACCCAAGGCCCACCCGCCGCGGAGCCCCCCGCCCCGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102235 CAGCCCCACACCCAAGGCCCACCCGCCGCGGAGCCCCCCGCCCCGGCCGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 AGCGCAGCTGCTCTCTGGACCTGGGAGATGCCGGGTGCTACGGTTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102285 AGCGCAGCTGCTCTCTGGACCTGGGAGATGCCGGGTGCTACGGTTATGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 AGGCGCCTGGGAGGAGCTTGGGCCCGACGGAGCCACTCTGTGCATGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102335 AGGCGCCTGGGAGGAGCTTGGGCCCGACGGAGCCACTCTGTGCATGGGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 GCTGCTCGGGGCAGGGTGCCGGGGGGTAGGAGGCAGCGCCGAGCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102385 GCTGCTCGGGGCAGGGTGCCGGGGGGTAGGAGGCAGCGCCGAGCGGCTGG

   1900     .    :
   1892 AAGAGAGTGTGGTG
        ||||||||||||||
 102435 AAGAGAGTGTGGTG