seq1 = pF1KE1172.tfa, 1884 bp
seq2 = pF1KE1172/gi568815579f_52305903.tfa (gi568815579f:52305903_52516736), 210834 bp

>pF1KE1172 1884
>gi568815579f:52305903_52516736 (Chr19)

7-142  (99998-100131)   98% ->
143-271  (100613-100741)   100% ->
272-1884  (109222-110834)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 CTTACTCAGGGACCCTTGAAATTCATGGATGTGGCCATAGAGTTCTCTCA
        |||--|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 CTT  TCAGGGACCCTTGAAATTCATGGATGTGGCCATAGAGTTCTCTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 GGAAGAGTGGAAATGCCTGGACCCTGCGCAGAGGACTTTATACAGGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 GGAAGAGTGGAAATGCCTGGACCCTGCGCAGAGGACTTTATACAGGGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    107 TGATGTTGGAGAATTATAGGAACCTGGTCTCCCTGG         GAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100096 TGATGTTGGAGAATTATAGGAACCTGGTCTCCCTGGGTG...TAGGAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148 TGTCTTCCTGACCTGAGTGTTACCTCCATGTTAGAGCAAAAGAGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100618 TGTCTTCCTGACCTGAGTGTTACCTCCATGTTAGAGCAAAAGAGAGATCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198 CTGGACTCTGCAGAGTGAAGAGAAAATAGCAAACGATCCAGACGGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100668 CTGGACTCTGCAGAGTGAAGAGAAAATAGCAAACGATCCAGACGGCAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    248 AGTGCATCAAAGGTGTGAACACAG         AGAGGAGCTCTAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100718 AGTGCATCAAAGGTGTGAACACAGGTG...TAGAGAGGAGCTCTAAATTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289 GGAAGTAATGCAGGAAACAAGCCTTGTAAAAATCAACTTGGATTCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109239 GGAAGTAATGCAGGAAACAAGCCTTGTAAAAATCAACTTGGATTCACTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339 TCAGTTACATCTGAGTGATCTACAGCTATTTCAAGCTGAAAGGAAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109289 TCAGTTACATCTGAGTGATCTACAGCTATTTCAAGCTGAAAGGAAAATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389 CTGGGTGTAAGCATTTTGAAAAACCCGTCAGTGACAATTCCTCAGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109339 CTGGGTGTAAGCATTTTGAAAAACCCGTCAGTGACAATTCCTCAGTTTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    439 CCGCTTGAAAAAATTTCTTCCAGTGTCAAATCCCACCTTTTAAATAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109389 CCGCTTGAAAAAATTTCTTCCAGTGTCAAATCCCACCTTTTAAATAAATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    489 TAGAAATAATTTTGATCATGCTCCATTACTTCCACAAGAACAGAAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109439 TAGAAATAATTTTGATCATGCTCCATTACTTCCACAAGAACAGAAAGCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    539 ACATTAGGGAAAAAGCTTATAAATGTAATGAGCACGGCCAAGTCTTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109489 ACATTAGGGAAAAAGCTTATAAATGTAATGAGCACGGCCAAGTCTTTAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    589 GCATCTGCAAGCCTTACTAACCAAGTAATCCATAACGCAGATAATCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109539 GCATCTGCAAGCCTTACTAACCAAGTAATCCATAACGCAGATAATCCTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    639 CAAATGCAGTGAATGTGGCAAGGTCTTTAGTTGCAGTTCAAAGCTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109589 CAAATGCAGTGAATGTGGCAAGGTCTTTAGTTGCAGTTCAAAGCTTGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    689 TACATCGAAGAATGCATACTGGAGAGAAGCCTTACAAATGTCATGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109639 TACATCGAAGAATGCATACTGGAGAGAAGCCTTACAAATGTCATGAATGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739 GGCAAGCTCTTCAGTAGCAATTCAAACCTTTCACAACATCAAAGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109689 GGCAAGCTCTTCAGTAGCAATTCAAACCTTTCACAACATCAAAGAATTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    789 TACTGGAGAGAAGCCTTACAAATGTCATGAATGTGACAAGGTCTTTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109739 TACTGGAGAGAAGCCTTACAAATGTCATGAATGTGACAAGGTCTTTCGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    839 GCAGTTCAAAGCTTGCACAACATCAAAGAATTCATACTGGAGAGAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109789 GCAGTTCAAAGCTTGCACAACATCAAAGAATTCATACTGGAGAGAAGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    889 TACAAATGTCATGAATGTGACAAGGTCTTCAATCAAATTGCACACCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109839 TACAAATGTCATGAATGTGACAAGGTCTTCAATCAAATTGCACACCTTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    939 ACGACATCAAAAAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAGTTGTAATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109889 ACGACATCAAAAAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAGTTGTAATAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    989 GTGGCAAGGTCTTTAGTCGCCATTCATATCTAGCAGAACATCAAACGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109939 GTGGCAAGGTCTTTAGTCGCCATTCATATCTAGCAGAACATCAAACGGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1039 CATACTGGTGAGAAACCTTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109989 CATACTGGTGAGAAACCTTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCATTTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1089 AGTGCGTTCCAGCCTCATAACCCATCAGTTAATTCACACTGGAAGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110039 AGTGCGTTCCAGCCTCATAACCCATCAGTTAATTCACACTGGAAGGAAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1139 CTTACAAATGTAAAGAATGTGACAAGGTCTTTGGGCGCAAGTGTTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110089 CTTACAAATGTAAAGAATGTGACAAGGTCTTTGGGCGCAAGTGTTTCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1189 ACCTCTCATCAGAGAATTCATACTAGAGAGAGACCTTATGGATGCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110139 ACCTCTCATCAGAGAATTCATACTAGAGAGAGACCTTATGGATGCAGTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1239 GTGTGGCAAGATCTTTAGTCAGAAATCAGACCTTATACGACATCGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110189 GTGTGGCAAGATCTTTAGTCAGAAATCAGACCTTATACGACATCGAAAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1289 CTCATACTGATGAGAAGCCTTACAAATGTAATAAATGTGGCACAGCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110239 CTCATACTGATGAGAAGCCTTACAAATGTAATAAATGTGGCACAGCGTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1339 AGAGAGTTTTCAGACCTTACTGCCCATTTTCTAATCCATAGTGGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110289 AGAGAGTTTTCAGACCTTACTGCCCATTTTCTAATCCATAGTGGAGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1389 ACCTTATGAATGTAAAGAATGTGGCAAAGTCTTCAGGTACAAGTCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110339 ACCTTATGAATGTAAAGAATGTGGCAAAGTCTTCAGGTACAAGTCTTCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1439 TAACCAGTCATCATAGAATTCATACTGGAGAGAAGCCTTACAAATGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110389 TAACCAGTCATCATAGAATTCATACTGGAGAGAAGCCTTACAAATGTAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1489 AGATGTGGCAAGGTCTTCAGTCGCAGTTCAAACCTGGTATGCCATCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110439 AGATGTGGCAAGGTCTTCAGTCGCAGTTCAAACCTGGTATGCCATCAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1539 AATTCATACAGGAGAAAAGCCTTACAAATGTAATCAATGTGGCAAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110489 AATTCATACAGGAGAAAAGCCTTACAAATGTAATCAATGTGGCAAGGTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1589 TTAATCAAGCATCATACCTTACAAGACATCAAATAATTCATACTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110539 TTAATCAAGCATCATACCTTACAAGACATCAAATAATTCATACTGGAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1639 AGGCCTTACAGATGTAGTAAATGTGGCAAAGCATTTCGAGGGTGTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110589 AGGCCTTACAGATGTAGTAAATGTGGCAAAGCATTTCGAGGGTGTTCAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689 CCTTACTGCCCATCTTGCAATCCATACTGAAAAGAAATCTCATGAGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110639 CCTTACTGCCCATCTTGCAATCCATACTGAAAAGAAATCTCATGAGTGTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 AAGAATGTGGCAAGATCTTCACTCAGAAGTCTTCCCTCACCAATCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110689 AAGAATGTGGCAAGATCTTCACTCAGAAGTCTTCCCTCACCAATCACCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 AGAATTCACATTGGAGAGAAACCTTACAAATGCACCCTGTGCAGTAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110739 AGAATTCACATTGGAGAGAAACCTTACAAATGCACCCTGTGCAGTAAGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1839 CTTCAGTCACAATTCTGACCTTGCACAGCATCAGAGAGTTCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110789 CTTCAGTCACAATTCTGACCTTGCACAGCATCAGAGAGTTCATTCA