seq1 = pF1KE1167.tfa, 1794 bp
seq2 = pF1KE1167/gi568815592f_4615779.tfa (gi568815592f:4615779_5054053), 438275 bp

>pF1KE1167 1794
>gi568815592f:4615779_5054053 (Chr6)

1-103  (100001-100103)   100% ==
183-853  (275931-276601)   100% ->
854-1110  (319737-319993)   99% ->
1111-1283  (321787-321959)   100% ->
1284-1494  (327768-327978)   100% ->
1495-1638  (336488-336631)   100% ->
1639-1794  (338120-338275)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACATTTCAGGCAAGCCACAGGTCAGCCTGGGGAAAAAGCAGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACATTTCAGGCAAGCCACAGGTCAGCCTGGGGAAAAAGCAGGAAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAACTGGCAATACGAGGGCCCAACCCAAAAGTTATTCCTGAAGAGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAACTGGCAATACGAGGGCCCAACCCAAAAGTTATTCCTGAAGAGAAACA

    100 
    101 ACG
        |||
 100101 ACG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACAGGTTGAAAGGATTGTTGACAAAAGGAAAAATAAAAAAGGGAAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275931 ACAGGTTGAAAGGATTGTTGACAAAAGGAAAAATAAAAAAGGGAAGACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTATTTGGTTCGGTGGAAAGGCTATGACAGCGAGGACGACACTTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275981 AGTATTTGGTTCGGTGGAAAGGCTATGACAGCGAGGACGACACTTGGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCGGAACAGCACCTCGTGAACTGTGAGGAATACATCCACGACTTCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276031 CCGGAACAGCACCTCGTGAACTGTGAGGAATACATCCACGACTTCAACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACGCCACACGGAGAAGCAGAAGGAGAGCACATTGACCAGAACAAACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276081 ACGCCACACGGAGAAGCAGAAGGAGAGCACATTGACCAGAACAAACAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCTCTCCCAACAATGCTAGGAAACAAATCTCCAGATCCACCAACAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276131 CCTCTCCCAACAATGCTAGGAAACAAATCTCCAGATCCACCAACAGCAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTTCTAAGACCTCTCCTAAGGCACTCGTGATTGGGAAAGACCACGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276181 TTTTCTAAGACCTCTCCTAAGGCACTCGTGATTGGGAAAGACCACGAATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAAAACAGCCAGCTGTTTGCTGCCAGCCAGAAGTTCAGGAAGAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276231 CAAAAACAGCCAGCTGTTTGCTGCCAGCCAGAAGTTCAGGAAGAACACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTCCATCTCTCTCCAGCCGGAAGAACATGGACCTAGCGAAGTCAGGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276281 CTCCATCTCTCTCCAGCCGGAAGAACATGGACCTAGCGAAGTCAGGTATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAGATCCTCGTGCCTAAAAGCCCCGTTAAGAGCAGGACCGCAGTGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276331 AAGATCCTCGTGCCTAAAAGCCCCGTTAAGAGCAGGACCGCAGTGGACGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTTTCAGAGCGAGAGCCCTGAGAAACTGGACCCCGTCGAGCAGGGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276381 CTTTCAGAGCGAGAGCCCTGAGAAACTGGACCCCGTCGAGCAGGGTCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGGACACAGTGGCACCCGAAGTGGCAGCGGAAAAGCCGGTCGGAGCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276431 AGGACACAGTGGCACCCGAAGTGGCAGCGGAAAAGCCGGTCGGAGCTTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTGGGCCCCGGTGCCGAGAGGGCCAGGATGGGGAGCAGGCCCAGGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276481 TTGGGCCCCGGTGCCGAGAGGGCCAGGATGGGGAGCAGGCCCAGGATACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCCACTAGTGCCTCAGGTGCCCGGCCCTGTGACTGCAGCCATGGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276531 CCCACTAGTGCCTCAGGTGCCCGGCCCTGTGACTGCAGCCATGGCCACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GCTTAGCTGTTAACGGGAAAG         GTACATCTCCGTTCATGGAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 276581 GCTTAGCTGTTAACGGGAAAGGTG...CAGGTACATCTCCGTTCATGGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GCATTAACAGCCAATGGGACAACCAACATACAGACATCTGTTACAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319757 GCATTAACAGCCAATGGGACAACCAACATACAGACATCTGTTACAGGAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GACTGCCAGCAAAAGGAAATTTATTGACGACAGAAGAGACCAGCCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319807 GACTGCCAGCAAAAGGAAATTTATTGACGACAGAAGAGACCAGCCTTTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACAAGCGATTGCATTTCAGCGTGAGGCAAACAGAAAGTGCCTACAGATAC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319857 ACAAGCGATTGCGTTTCAGCGTGAGGCAAACAGAAAGTGCCTACAGATAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AGAGATATTGTGGTCAGGAAGCAGGATGGCTTCACCCACATCTTGTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319907 AGAGATATTGTGGTCAGGAAGCAGGATGGCTTCACCCACATCTTGTTATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CACAAAGTCCTCAGAGAATAACTCACTAAATCCAGAG         GTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 319957 CACAAAGTCCTCAGAGAATAACTCACTAAATCCAGAGGTG...CAGGTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TGAGAGAAGTCCAGAGTGCTCTGAGCACGGCCGCTGCCGATGACAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321791 TGAGAGAAGTCCAGAGTGCTCTGAGCACGGCCGCTGCCGATGACAGCAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CTGGTACTGCTCAGCGCCGTTGGCAGCGTCTTCTGTTGTGGACTTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321841 CTGGTACTGCTCAGCGCCGTTGGCAGCGTCTTCTGTTGTGGACTTGACTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TATTTATTTTATACGACGTCTGACAGATGACAGGAAAAGAGAAAGCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321891 TATTTATTTTATACGACGTCTGACAGATGACAGGAAAAGAGAAAGCACTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AAATGGCAGAAGCTATCAG         AAACTTCGTGAATACTTTCATT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 321941 AAATGGCAGAAGCTATCAGGTA...TAGAAACTTCGTGAATACTTTCATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CAATTTAAGAAGCCCATTATTGTAGCAGTCAATGGCCCAGCCATTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 327790 CAATTTAAGAAGCCCATTATTGTAGCAGTCAATGGCCCAGCCATTGGTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 AGGAGCATCTATATTGCCTCTTTGCGATGTGGTTTGGGCTAATGAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 327840 AGGAGCATCTATATTGCCTCTTTGCGATGTGGTTTGGGCTAATGAAAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 CTTGGTTTCAAACACCCTATACCACCTTCGGACAGAGTCCAGATGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 327890 CTTGGTTTCAAACACCCTATACCACCTTCGGACAGAGTCCAGATGGCTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 TCTACCGTTATGTTTCCCAAGATAATGGGAGGAGCATCT         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 327940 TCTACCGTTATGTTTCCCAAGATAATGGGAGGAGCATCTGTG...CAGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 AAACGAGATGCTGCTCAGTGGACGGAAGCTGACAGCGCAGGAGGCGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336490 AAACGAGATGCTGCTCAGTGGACGGAAGCTGACAGCGCAGGAGGCGTGTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 GCAAGGGCCTGGTCTCCCAGGTGTTTTGGCCCGGGACGTTCACTCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336540 GCAAGGGCCTGGTCTCCCAGGTGTTTTGGCCCGGGACGTTCACTCAGGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 GTGATGGTTCGCATTAAGGAGCTTGCCTCGTGCAATCCAGTT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 336590 GTGATGGTTCGCATTAAGGAGCTTGCCTCGTGCAATCCAGTTGTA...CA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1639  GTGCTTGAGGAATCCAAAGCCCTCGTGCGCTGCAACATGAAGATGGAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338119 GGTGCTTGAGGAATCCAAAGCCCTCGTGCGCTGCAACATGAAGATGGAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 TGGAGCAGGCCAACGAGAGGGAGTGTGAGGTGCTGAAGAAAATCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338169 TGGAGCAGGCCAACGAGAGGGAGTGTGAGGTGCTGAAGAAAATCTGGGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 TCGGCCCAGGGGATGGACTCCATGTTAAAGTACTTGCAGAGGAAGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338219 TCGGCCCAGGGGATGGACTCCATGTTAAAGTACTTGCAGAGGAAGATCGA

   1650     .
   1788 TGAGTTC
        |||||||
 338269 TGAGTTC