seq1 = pF1KE1164.tfa, 1779 bp
seq2 = pF1KE1164/gi568815597f_93010228.tfa (gi568815597f:93010228_93237024), 226797 bp

>pF1KE1164 1779
>gi568815597f:93010228_93237024 (Chr1)

1-204  (99998-100201)   99% ->
205-289  (100318-100403)   98% ->
290-382  (104464-104556)   100% ->
383-483  (104761-104861)   100% ->
484-632  (105243-105391)   100% ->
633-728  (108118-108213)   100% ->
729-797  (109106-109174)   100% ->
798-921  (110322-110445)   100% ->
922-989  (117005-117072)   100% ->
990-1160  (119051-119221)   100% ->
1161-1266  (123476-123581)   100% ->
1267-1319  (123701-123753)   100% ->
1320-1424  (123864-123968)   100% ->
1425-1779  (126443-126797)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAGACTCTACAGGGGCAGGTAATTCACTGGTCCACAAGCGGTCTCC
        |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 AACAGAGACTCTACAGGGGCAGGTAATTCACTGGTCCACAAGCGGTCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTACGTCGAAACCAAAAGACCCCAACATCCTTGACCAAGCTGTCTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 TTTACGTCGAAACCAAAAGACCCCAACATCCTTGACCAAGCTGTCTTTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGATGGACATAAAGCCAAAAAGCCAGCATGTAAATTTGAAGAGGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 AGGATGGACATAAAGCCAAAAAGCCAGCATGTAAATTTGAAGAGGGTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGTCCTAGCTAGATGGTCAGATGGCTTGTTTTATCTTGGCACTATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100148 GATGTCCTAGCTAGATGGTCAGATGGCTTGTTTTATCTTGGCACTATCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAAG         ATAAACATATTGAAACAGAGCTGCTTCATCATATTTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100198 AAAGGCA...CAGATAAACATATTGAAACAGAGCTGCTTCATCATATTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGACAGTTCTAAATCCTGGGTTCTCTGGAAGGACATTCAAACAGG AG 
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-||>
 100355 AAGACAGTTCTAAATCCTGGGTTCTCTGGAAGGACATTCAAACAGGCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290         CCACTGGAAGTGGGGAAATGGTCTGTACAATATGTCAAGAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100405 TG...GAGCCACTGGAAGTGGGGAAATGGTCTGTACAATATGTCAAGAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 AGTATTCAGAAGCTCCCAATGAAATGGTTATATGTGACAAGTGTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104506 AGTATTCAGAAGCTCCCAATGAAATGGTTATATGTGACAAGTGTGGCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382 G         GATATCATCAGTTGTGTCACACACCTCATATTGATTCCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104556 GGTA...AAGGATATCATCAGTTGTGTCACACACCTCATATTGATTCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423 TGTGATTGATTCAGATGAAAAATGGCTCTGTCGGCAGTGTGTTTTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104801 TGTGATTGATTCAGATGAAAAATGGCTCTGTCGGCAGTGTGTTTTTGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 CAACAACAAAG         AGGGGTGGTGCACTTAAGAAAGGACCAAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104851 CAACAACAAAGGTA...TAGAGGGGTGGTGCACTTAAGAAAGGACCAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514 GCCAAAGCATTGCAAGTCATGAAGCAGACATTACCCTATAGTGTGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105273 GCCAAAGCATTGCAAGTCATGAAGCAGACATTACCCTATAGTGTGGCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564 CCTTGAATGGGATGCAGGTCATAAAACCAATGTCCAGCAGTGTTACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105323 CCTTGAATGGGATGCAGGTCATAAAACCAATGTCCAGCAGTGTTACTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 ATTGTGGAGGCCCTGGAGA         CTGGTATTTGAAGATGCTACAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105373 ATTGTGGAGGCCCTGGAGAGTA...TAGCTGGTATTTGAAGATGCTACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655 TGCTGCAAATGTAAGCAGTGGTTTCATGAGGCTTGTGTGCAATGCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108140 TGCTGCAAATGTAAGCAGTGGTTTCATGAGGCTTGTGTGCAATGCCTTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 AAAGCCAATGCTATTTGGAGACAG         ATTTTATACGTTTATAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108190 AAAGCCAATGCTATTTGGAGACAGGTG...TAGATTTTATACGTTTATAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    746 GCTCTGTCTGCAGTTCTGGACCAGAATACCTCAAACGTCTACCATTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109123 GCTCTGTCTGCAGTTCTGGACCAGAATACCTCAAACGTCTACCATTACAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796 TG         GGTAGATATAGCACACCTATGCCTTTACAACCTAAGTGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109173 TGGTA...CAGGGTAGATATAGCACACCTATGCCTTTACAACCTAAGTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    837 TATTCATAAGAAGAAATACTTTGATTCTGAACTTGAGCTTATGACATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110361 TATTCATAAGAAGAAATACTTTGATTCTGAACTTGAGCTTATGACATACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    887 TTAATGAAAACTGGGATAGATTGCACCCTGGAGAG         CTGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 110411 TTAATGAAAACTGGGATAGATTGCACCCTGGAGAGGTA...CAGCTGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928 GACACACCAAAATCTGAAAGATATGAGCATGTTCTGGAGGCATTAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117011 GACACACCAAAATCTGAAAGATATGAGCATGTTCTGGAGGCATTAAATGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    978 TTACAAGACCAT         GTTTATGTCTGGGAAAGAAATAAAGAAGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 117061 TTACAAGACCATGTA...TAGGTTTATGTCTGGGAAAGAAATAAAGAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1019 AGAAGCATTTGTTTGGGTTGCGAATTCGTGTTCCTCCTGTGCCACCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119080 AGAAGCATTTGTTTGGGTTGCGAATTCGTGTTCCTCCTGTGCCACCAAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1069 GTGGCTTTCAAAGCAGAGAAAGAACCTGAAGGAACATCTCATGAATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119130 GTGGCTTTCAAAGCAGAGAAAGAACCTGAAGGAACATCTCATGAATTTAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1119 AATTAAAGGCAGAAAGGCATCCAAACCTATATCTGATTCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 119180 AATTAAAGGCAGAAAGGCATCCAAACCTATATCTGATTCAAGGTA...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161  GGAAGTAAGCAATGGCATAGAAAAAAAAGGAAAGAAAAAATCTGTAGGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123475 GGGAAGTAAGCAATGGCATAGAAAAAAAAGGAAAGAAAAAATCTGTAGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1210 CGTCCACCTGGCCCATATACAAGAAAAATGATTCAAAAAACTGCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123525 CGTCCACCTGGCCCATATACAAGAAAAATGATTCAAAAAACTGCTGAGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1260 ACTTTTG         GATAAGGAATCAATTTCAGAGAATCCTACTTTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123575 ACTTTTGGTA...CAGGATAAGGAATCAATTTCAGAGAATCCTACTTTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 ATTTACCTTGTTCTATAGG         GAGAACTGAGGGAACTGCACAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 123735 ATTTACCTTGTTCTATAGGGTA...CAGGAGAACTGAGGGAACTGCACAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TCATCCAATACCTCAGATGTGGATTTCACGGGTGCTTCCAGTGCAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123886 TCATCCAATACCTCAGATGTGGATTTCACGGGTGCTTCCAGTGCAAAAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 AACTACCTCGTCTAGCATTTCCAGGCATTATGG         ATTATCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 123936 AACTACCTCGTCTAGCATTTCCAGGCATTATGGGTA...TAGATTATCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 ACTCCAGAAAAAGAACGCGTACAGGAAGATCTTGGCCTGCTGCAATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126451 ACTCCAGAAAAAGAACGCGTACAGGAAGATCTTGGCCTGCTGCAATACCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 CATTTGCGGAGAAGAAGAGGTCGTCTTCCAAGAAGAGCACTCCAGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126501 CATTTGCGGAGAAGAAGAGGTCGTCTTCCAAGAAGAGCACTCCAGACTCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GAACTCAGAAATTGTAAAAGATGATGAAGGCAAAGAAGATTATCAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126551 GAACTCAGAAATTGTAAAAGATGATGAAGGCAAAGAAGATTATCAGTTTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 ATGAACTCAACACAGAGATTCTGAATAACTTAGCAGATCAGGAGTTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126601 ATGAACTCAACACAGAGATTCTGAATAACTTAGCAGATCAGGAGTTACAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 CTCAATCATCTAAAGAACTCCATTACCAGTTATTTTGGTGCTGCAGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126651 CTCAATCATCTAAAGAACTCCATTACCAGTTATTTTGGTGCTGCAGGTAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 AATAGCATGTGGCGAAAAATACCGAGTTTTGGCACGTCGGGTGACACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126701 AATAGCATGTGGCGAAAAATACCGAGTTTTGGCACGTCGGGTGACACTTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1733 ATGGAAAGGTGCAGTATCTTGTGGAATGGGAAGGAGCAACTGCATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126751 ATGGAAAGGTGCAGTATCTTGTGGAATGGGAAGGAGCAACTGCATCC