seq1 = pF1KE1163.tfa, 1740 bp
seq2 = pF1KE1163/gi568815584r_21398261.tfa (gi568815584r:21398261_21611223), 212963 bp

>pF1KE1163 1740
>gi568815584r:21398261_21611223 (Chr14)

(complement)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-318  (107343-107560)   100% ->
319-723  (107647-108051)   100% ->
724-899  (109321-109496)   100% ->
900-1116  (110095-110311)   100% ->
1117-1304  (110542-110729)   100% ->
1305-1343  (111422-111460)   100% ->
1344-1452  (111624-111732)   100% ->
1453-1518  (111853-111918)   100% ->
1519-1631  (112087-112199)   100% ->
1632-1740  (112855-112963)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGACACGTGGAGCTCTATCCAGGCCCACAAGAAGCAGCTGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGACACGTGGAGCTCTATCCAGGCCCACAAGAAGCAGCTGGACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGCGGGAGAGGCTGCAGCGGAGGCGGAAGCAGGACTCGGGGCACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGCGGGAGAGGCTGCAGCGGAGGCGGAAGCAGGACTCGGGGCACTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          ATCTACGGAATCCAGAGGCAGCATTGTCTCCAACCTTCCGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTG...TAGATCTACGGAATCCAGAGGCAGCATTGTCTCCAACCTTCCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTGACAGCCCAGTGCCTACTGCACCCACCTCTGGTGGCCCTAAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107384 AGTGACAGCCCAGTGCCTACTGCACCCACCTCTGGTGGCCCTAAGCCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACAGCTTCAGCAGTTCCTGAATTAGCTACAGATCCTGAGTTAGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107434 CACAGCTTCAGCAGTTCCTGAATTAGCTACAGATCCTGAGTTAGAGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTTGCTACACCACCTCTCTGATCTGGCCTTAACATTGCCCACTGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107484 AGTTGCTACACCACCTCTCTGATCTGGCCTTAACATTGCCCACTGATGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGTCCATCTGTCTTGCCATCTCCACG         CCAGATGCTCCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 107534 GTGTCCATCTGTCTTGCCATCTCCACGGTA...TAGCCAGATGCTCCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACTCAAGATGGGGTAGAAAGCCTCCTGCAGAAGTTTGCAGCTCAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107661 CACTCAAGATGGGGTAGAAAGCCTCCTGCAGAAGTTTGCAGCTCAGGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGATTGAGGTAAAGCGAGGTCTCCTACAAGATGATGCACATCCTACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107711 TGATTGAGGTAAAGCGAGGTCTCCTACAAGATGATGCACATCCTACTCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTAACCTATGCTGACCATTCCAAGCTCTCTGCCATGATGGGTGCTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107761 GTAACCTATGCTGACCATTCCAAGCTCTCTGCCATGATGGGTGCTGTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGAAAAGAAGGGCCCTGGGGAGGTAGCAGGGACTGTCACAGGGCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107811 AGAAAAGAAGGGCCCTGGGGAGGTAGCAGGGACTGTCACAGGGCAGAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGCGTGCAGAACAGGACTCGACTACAGTAGCTGCCTTTGCCAGTTCGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107861 GGCGTGCAGAACAGGACTCGACTACAGTAGCTGCCTTTGCCAGTTCGTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTCTCTGGTCTGAACTCTTCAGCATCGGAACCAGCAAAGGAGCCAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107911 GTCTCTGGTCTGAACTCTTCAGCATCGGAACCAGCAAAGGAGCCAGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAAATCAAGGAAACATGCTGCCTCAGATGTTGATCTGGAGATAGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107961 GAAATCAAGGAAACATGCTGCCTCAGATGTTGATCTGGAGATAGAGAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTCTGAACCAACAGTCCACTAAGGAACAACAGAGCAAGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108011 TTCTGAACCAACAGTCCACTAAGGAACAACAGAGCAAGAAGGTA...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTCAGTCAGGAGATCCTAGAGCTATTAAATACTACAACAGCCAAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109321 GTCAGTCAGGAGATCCTAGAGCTATTAAATACTACAACAGCCAAGGAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ATCCATTGTTGAAAAATTTCGCTCTCGAGGTCGGGCCCAAGTGCAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109371 ATCCATTGTTGAAAAATTTCGCTCTCGAGGTCGGGCCCAAGTGCAAGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCTGTGACTATGGAACCAAGGAGGAGTGCATGAAAGCCAGTGATGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109421 TCTGTGACTATGGAACCAAGGAGGAGTGCATGAAAGCCAGTGATGCTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CGACCCTGTCGCAAGCTGCACTTCAG         ACGAATTATCAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 109471 CGACCCTGTCGCAAGCTGCACTTCAGGTC...CAGACGAATTATCAATAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ACACACTGATGAGTCTTTAGGTGACTGCTCTTTCCTTAATACATGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110110 ACACACTGATGAGTCTTTAGGTGACTGCTCTTTCCTTAATACATGTTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACATGGATACCTGCAAGTATGTTCACTATGAAATTGATGCTTGCATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110160 ACATGGATACCTGCAAGTATGTTCACTATGAAATTGATGCTTGCATGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TCTGAGGCCCCTGGCAGCAAAGACCACACGCCAAGCCAGGAGCTTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110210 TCTGAGGCCCCTGGCAGCAAAGACCACACGCCAAGCCAGGAGCTTGCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TACACAGAGTGTCGGAGGTGATTCCAGTGCAGACCGACTCTTCCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110260 TACACAGAGTGTCGGAGGTGATTCCAGTGCAGACCGACTCTTCCCACCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AG         TGGATCTGTTGTGATATCCGCTACCTGGACGTCAGTATC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110310 AGGTA...CAGTGGATCTGTTGTGATATCCGCTACCTGGACGTCAGTATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TTGGGCAAGTTTGCAGTTGTGATGGCTGACCCACCCTGGGATATTCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110581 TTGGGCAAGTTTGCAGTTGTGATGGCTGACCCACCCTGGGATATTCACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GGAACTGCCCTATGGGACCCTGACAGATGATGAGATGCGCAGGCTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110631 GGAACTGCCCTATGGGACCCTGACAGATGATGAGATGCGCAGGCTCAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TACCCGTACTACAGGATGATGGCTTTCTCTTCCTCTGGGTCACAGGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 110681 TACCCGTACTACAGGATGATGGCTTTCTCTTCCTCTGGGTCACAGGCAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1305         GGCCATGGAGTTGGGGAGAGAATGTCTAAACCTCTGGGG   
        >>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 110731 TA...TAGGGCCATGGAGTTGGGGAGAGAATGTCTAAACCTCTGGGGGTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1344       GTATGAACGGGTAGATGAAATTATTTGGGTGAAGACAAATCAAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111464 ...CAGGTATGAACGGGTAGATGAAATTATTTGGGTGAAGACAAATCAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TGCAACGCATCATTCGGACAGGCCGTACAGGTCACTGGTTGAACCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111668 TGCAACGCATCATTCGGACAGGCCGTACAGGTCACTGGTTGAACCATGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AAGGAACACTGCTTG         GTTGGTGTCAAAGGAAATCCCCAAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 111718 AAGGAACACTGCTTGGTG...CAGGTTGGTGTCAAAGGAAATCCCCAAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CTTCAACCAGGGTCTGGATTGTGATGTGATCGTAGCTGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 111879 CTTCAACCAGGGTCTGGATTGTGATGTGATCGTAGCTGAGGTA...TAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TTCGTTCCACCAGTCATAAACCAGATGAAATCTATGGCATGATTGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112088 TTCGTTCCACCAGTCATAAACCAGATGAAATCTATGGCATGATTGAAAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CTATCTCCTGGCACTCGCAAGATTGAGTTATTTGGACGACCACACAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112138 CTATCTCCTGGCACTCGCAAGATTGAGTTATTTGGACGACCACACAATGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GCAACCCAACTG         GATCACCCTTGGAAACCAACTGGATGGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112188 GCAACCCAACTGGTA...CAGGATCACCCTTGGAAACCAACTGGATGGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TCCACCTACTAGACCCAGATGTGGTTGCACGGTTCAAGCAAAAGTACCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 112884 TCCACCTACTAGACCCAGATGTGGTTGCACGGTTCAAGCAAAGGTACCCA

   1800     .    :    .    :    .    :
   1711 GATGGTATCATCTCTAAACCTAAGAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 112934 GATGGTATCATCTCTAAACCTAAGAATTTA