seq1 = pF1KE1162.tfa, 1701 bp
seq2 = pF1KE1162/gi568815579r_53008380.tfa (gi568815579r:53008380_53216386), 208007 bp

>pF1KE1162 1701
>gi568815579r:53008380_53216386 (Chr19)

(complement)

1-74  (100001-100074)   100% ->
75-172  (101080-101177)   100% ->
173-1701  (106479-108007)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGAACTCTACACAGAGGACTTTATACAGGGATGTGATGTTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGAACTCTACACAGAGGACTTTATACAGGGATGTGATGTTGGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTACAGGAACCTGGTCTCCCTGG         GCTGGAGTGCAATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100051 ACTACAGGAACCTGGTCTCCCTGGGTG...CAGGCTGGAGTGCAATGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAATCTCGGCTCACTGCAACCTTCGCCTCCCGGATTCAAATGATTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101097 CAATCTCGGCTCACTGCAACCTTCGCCTCCCGGATTCAAATGATTCTCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAG         ATCTGTCTCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101147 GCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTA...TAGATCTGTCTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAACTGTGTAATCAAGGAACTAGCACCACAACAGGAAGGTAACCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106489 TAACTGTGTAATCAAGGAACTAGCACCACAACAGGAAGGTAACCCAGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGTATTCCACACAGTGACATTGGAACAACATGAAAAACATGACATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106539 AAGTATTCCACACAGTGACATTGGAACAACATGAAAAACATGACATTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGTTTTGCTTCAGGGAAATCAAGAAAAAAATACACGACTTTGACTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106589 GAGTTTTGCTTCAGGGAAATCAAGAAAAAAATACACGACTTTGACTGTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTGGAGAGATGACGAAAGAAATTGCAACAAAGTGACTACGGCCCCAAAAG
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106639 GTGGAGAGATGATGAAAGAAATTGCAACAAAGTGACTACGGCCCCAAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAATCTTACTTGTAGGAGAGACCAACGCGATAGAAGAGGTATAGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106689 AAAATCTTACTTGTAGGAGAGACCAACGCGATAGAAGAGGTATAGGAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGTCTATTAAACATCAGCTTGGATTAAGCTTTCTACCACATCCCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106739 AAGTCTATTAAACATCAGCTTGGATTAAGCTTTCTACCACATCCCCATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACTGCAGCAGTTTCAAGCTGAAGGGAAAATTTATGAATGTAACCATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106789 ACTGCAGCAGTTTCAAGCTGAAGGGAAAATTTATGAATGTAACCATGTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGAAGTCTGTCAACCATGGTTCCTCAGTTTCACCACCCCAAATACTTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 106839 AGAAGTCTGTCAACCATGGTTCCTCAGTTTCACCACCCCAAATAATTTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCTACCGTCAAAACCCATGTTTCTAATAAATGTGGGACTGATTTCATCTG
        |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 106889 TCTACCATCAAAACCCATGTTTCTAATAAATATGGGACTGATTTCATCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TTCTTCATTACTCACACAAGAACAGAAATCATGCATTAGGGAAAAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106939 TTCTTCATTACTCACACAAGAACAGAAATCATGCATTAGGGAAAAACCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACAGATATATTGAGTGCGACAAAGCCTTGAATCATGGCTCACACATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106989 ACAGATATATTGAGTGCGACAAAGCCTTGAATCATGGCTCACACATGACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GTACGTCAGGTAAGTCATTCTGGAGAGAAAGGATATAAATGTGATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107039 GTACGTCAGGTAAGTCATTCTGGAGAGAAAGGATATAAATGTGATCTGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGGCAAGGTCTTTAGTCAAAAATCAAACCTTGCGCGTCATTGGAGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107089 TGGCAAGGTCTTTAGTCAAAAATCAAACCTTGCGCGTCATTGGAGAGTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ATACTGGAGAGAAACCATACAAATGTAATGAATGTGACAGAAGTTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107139 ATACTGGAGAGAAACCATACAAATGTAATGAATGTGACAGAAGTTTCAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CGCAACTCATGCCTTGCACTACATCGGAGAGTTCACACTGGAGAGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107189 CGCAACTCATGCCTTGCACTACATCGGAGAGTTCACACTGGAGAGAAACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TTACAAATGTTATGAGTGTGACAAGGTCTTCAGTCGAAATTCATGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107239 TTACAAATGTTATGAGTGTGACAAGGTCTTCAGTCGAAATTCATGCCTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CACTACATCAGAAAACTCATATTGGAGAGAAACCTTACACGTGTAAAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 107289 CACTACATCAGAAAACTCATATTGGAGAGAAACCTTACACATGTAAAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TGTGGCAAAGCCTTTAGTGTGAGGTCAACACTTACCAACCATCAGGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107339 TGTGGCAAAGCCTTTAGTGTGAGGTCAACACTTACCAACCATCAGGTAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TCATAGTGGCAAGAAACCTTACAAATGCAATGAATGTGGCAAGGTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107389 TCATAGTGGCAAGAAACCTTACAAATGCAATGAATGTGGCAAGGTGTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GTCAGACTTCAAGCCTTGCAACTCATCAGAGAATTCACACTGGGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107439 GTCAGACTTCAAGCCTTGCAACTCATCAGAGAATTCACACTGGGGAGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CCATACAAGTGTAATGAATGTGGTAAAGTCTTCAGTCAGACTTCAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107489 CCATACAAGTGTAATGAATGTGGTAAAGTCTTCAGTCAGACTTCAAGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TGCAAGGCATTGGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAATGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107539 TGCAAGGCATTGGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAATGCAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AATGTGGTAAGGTTTTCAGTTACAATTCACACCTTGCGAGTCATCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107589 AATGTGGTAAGGTTTTCAGTTACAATTCACACCTTGCGAGTCATCGGAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GTTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGGAAAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107639 GTTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGGAAAGCCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TAGTGTGCATTCGAACTTAACTACCCATCAGGTCATCCATACTGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107689 TAGTGTGCATTCGAACTTAACTACCCATCAGGTCATCCATACTGGAGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 AGCCTTACAAATGTAATCAATGTGGCAAAGGCTTCAGTGTGCATTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107739 AGCCTTACAAATGTAATCAATGTGGCAAAGGCTTCAGTGTGCATTCAAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 CTAACTACCCATCAGGTCATCCATACTGGAGAAAAACCTTACAAATGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107789 CTAACTACCCATCAGGTCATCCATACTGGAGAAAAACCTTACAAATGTAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 TGAGTGTGGCAAATCCTTTAGTGTGCGCCCAAACCTCACTAGACATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107839 TGAGTGTGGCAAATCCTTTAGTGTGCGCCCAAACCTCACTAGACATCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 TAATCCATACTGGAAAGAAACCTTACAAATGTAGTGATTGTGGGAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107889 TAATCCATACTGGAAAGAAACCTTACAAATGTAGTGATTGTGGGAAGTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 TTTAGTGTGCGCCCAAACCTCTTCAGACATCAAATTATCCATACTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107939 TTTAGTGTGCGCCCAAACCTCTTCAGACATCAAATTATCCATACTAAGGA

   1700     .    :    .
   1683 GAAACCTTATAAAAGAAAT
        |||||||||||||||||||
 107989 GAAACCTTATAAAAGAAAT