seq1 = pF1KE1161.tfa, 1662 bp
seq2 = pF1KE1161/gi568815574r_23945607.tfa (gi568815574r:23945607_24147688), 202082 bp

>pF1KE1161 1662
>gi568815574r:23945607_24147688 (ChrY)

(complement)

1-1592  (100001-101592)   100% ->
1593-1662  (102013-102082)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCCCAGGAGTTTGAGGTTGAAGCTATTGTTGACAAAAGACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCCCAGGAGTTTGAGGTTGAAGCTATTGTTGACAAAAGACAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAAAAATGGGAATACACAGTATTTGGTTCGGTGGAAAGGTTATGACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAAAAATGGGAATACACAGTATTTGGTTCGGTGGAAAGGTTATGACAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGATGACACTTGGGAACCAGAGCAGCACCTCATGAACTGTGAAAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGATGACACTTGGGAACCAGAGCAGCACCTCATGAACTGTGAAAAATGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTACATGATTTTAATAGACGACAGACTGAAAAACAGAAAAAACTGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTACATGATTTTAATAGACGACAGACTGAAAAACAGAAAAAACTGACATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GACTACAACCAGTAGAATTTTTTCAAACAATGCCAGAAGAAGAACTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GACTACAACCAGTAGAATTTTTTCAAACAATGCCAGAAGAAGAACTTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GATCTACAAAAGCAAACTATTCTAAGAACTCTCCTAAAACGCCAGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GATCTACAAAAGCAAACTATTCTAAGAACTCTCCTAAAACGCCAGTGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GATAAACACCACAGGTCCAAAAACCGCAAGTTATTTGCTGCCAGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GATAAACACCACAGGTCCAAAAACCGCAAGTTATTTGCTGCCAGCAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGTTAGGAGAAAGGCAGCTTCAATTCTCTCCGACACAAAGAATATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGTTAGGAGAAAGGCAGCTTCAATTCTCTCCGACACAAAGAATATGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TAATAAATTCAACTATTGAGACCCTTGCACCTGACAGCCCCTTTGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TAATAAATTCAACTATTGAGACCCTTGCACCTGACAGCCCCTTTGACCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAAACTGTGAGTGGCTTTCAGAAACTTGAGAAACTGGACCCTATTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAAACTGTGAGTGGCTTTCAGAAACTTGAGAAACTGGACCCTATTGCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGATCAGCAGGACACGGTGGTCTTCAAGGTGACAGAAGGGAAACTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGATCAGCAGGACACGGTGGTCTTCAAGGTGACAGAAGGGAAACTCCTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGGACCCTTTGTCACGTCCTGGTGCAGAACAGACTGGAATACAGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGGACCCTTTGTCACGTCCTGGTGCAGAACAGACTGGAATACAGAACAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACTCAGATACACCCACTAATGTCGCAGATGTCTGGCTCAGTTACTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACTCAGATACACCCACTAATGTCGCAGATGTCTGGCTCAGTTACTGCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TATGGCCACAGGTTCAGCTACCCGAAAGGGTATAGTGGTATTAATAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TATGGCCACAGGTTCAGCTACCCGAAAGGGTATAGTGGTATTAATAGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CATTAGCAGCCAATGGGACAACAGACATGCATACCTCAGTTCCAAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CATTAGCAGCCAATGGGACAACAGACATGCATACCTCAGTTCCAAGAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAAGGTGGGCAAAGAAATATTACTGATGACAGCAGAGACCAGCCTTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAAGGTGGGCAAAGAAATATTACTGATGACAGCAGAGACCAGCCTTTTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAAGAAGATGCACTTCACCATAAGGCTAACAGAAAGTGCCAGCACATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAAGAAGATGCACTTCACCATAAGGCTAACAGAAAGTGCCAGCACATACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GAGACATTGTAGTGAAGAAAGAGGATGGATTCACCCAGATAGTGCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GAGACATTGTAGTGAAGAAAGAGGATGGATTCACCCAGATAGTGCTATCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACTAGATCGACAGAAAAAAATGCACTGAATACAGAAGTAATTAAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACTAGATCGACAGAAAAAAATGCACTGAATACAGAAGTAATTAAAGAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AGTTAATGCTCTGAATAGCGCTGCTGCAGATGACAGCAAGCTCGTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AGTTAATGCTCTGAATAGCGCTGCTGCAGATGACAGCAAGCTCGTGCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TCAGTGCAGCTGGAAGTGTCTTTTGCTGCGGTCTTGATTTTGGGTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TCAGTGCAGCTGGAAGTGTCTTTTGCTGCGGTCTTGATTTTGGGTACTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GTGAAGCACTTAAGGAATAACAGAAACACAGCAAGCCTTGAAATGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GTGAAGCACTTAAGGAATAACAGAAACACAGCAAGCCTTGAAATGGTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CACCATCAAGAACTTTGTGAATACTTTTATTCAATTTAAAAAGCCTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CACCATCAAGAACTTTGTGAATACTTTTATTCAATTTAAAAAGCCTATTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TTGTATCAGTCAATGGCCCTGCGATTGGACTAGGTGCATCCATCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TTGTATCAGTCAATGGCCCTGCGATTGGACTAGGTGCATCCATCCTGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CTTTGTGATCTCGTGTGGGCTAATGAAAAGGCTTGGTTCCAAACCCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CTTTGTGATCTCGTGTGGGCTAATGAAAAGGCTTGGTTCCAAACCCCTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TACGACCTTTGGACAGAGTCCAGATGGCTGTTCTTCTATTACATTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TACGACCTTTGGACAGAGTCCAGATGGCTGTTCTTCTATTACATTCCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 AAATGATGGGTAAAGCATCTGCCAATGAAATGTTAATTGCTGGGCGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 AAATGATGGGTAAAGCATCTGCCAATGAAATGTTAATTGCTGGGCGAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CTGACAGCAAGGGAGGCATGCGCCAAAGGCCTGGTCTCTCAGGTATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CTGACAGCAAGGGAGGCATGCGCCAAAGGCCTGGTCTCTCAGGTATTTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GACTGGAACTTTCACCCAAGAGGTTATGATTCAAATTAAGGAGCTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GACTGGAACTTTCACCCAAGAGGTTATGATTCAAATTAAGGAGCTTGCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CATACAATCCAATTGTACTGGAAGAATGTAAGGCCCTCGTTCGCTGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CATACAATCCAATTGTACTGGAAGAATGTAAGGCCCTCGTTCGCTGTAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 ATTAAGTTGGAGTTGGAACAGGCCAATGAGAGAGAGTGTGAGGTGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 ATTAAGTTGGAGTTGGAACAGGCCAATGAGAGAGAGTGTGAGGTGCTGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 GAAGATCTGGAGCTCAGCCCAAGGGATAGAATCCATGTTAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101551 GAAGATCTGGAGCTCAGCCCAAGGGATAGAATCCATGTTAAAGTA...TA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593  AATACCTCTGTTGGGATATAAAGCAGCCTTCCCTCCCAGAAAGACACAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102012 GAATACCTCTGTTGGGATATAAAGCAGCCTTCCCTCCCAGAAAGACACAG

   1650     .    :    .    :
   1642 AATGATCAGAGATGGTGCCCT
        |||||||||||||||||||||
 102062 AATGATCAGAGATGGTGCCCT