seq1 = pF1KE1156.tfa, 1392 bp
seq2 = pF1KE1156/gi568815579f_57391468.tfa (gi568815579f:57391468_57594087), 202620 bp

>pF1KE1156 1392
>gi568815579f:57391468_57594087 (Chr19)

1-33  (96484-96516)   100% ->
34-160  (100004-100130)   100% ->
161-1392  (101389-102620)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCCGCCCTGAGGGACCCCGCTCAG         GGCTATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  96484 ATGGCGGCGGCCGCCCTGAGGGACCCCGCTCAGGTG...CAGGGCTATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GACCTTTGAGGATGTGGCTGTCTACTTCTCCCAGGAGGAATGGAGATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100012 GACCTTTGAGGATGTGGCTGTCTACTTCTCCCAGGAGGAATGGAGATTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGATGACGCTCAGAGGCTCCTCTACCGCAATGTGATGCTGGAGAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100062 TTGATGACGCTCAGAGGCTCCTCTACCGCAATGTGATGCTGGAGAACTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACACTTCTGGCCTCTCTGG         GTTGTTGGCATGGAGCCGAGGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100112 ACACTTCTGGCCTCTCTGGGTA...CAGGTTGTTGGCATGGAGCCGAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAGGAGGCTCCTGAGCAGATTGCTTCTGTAGGACTGCTCAGTTCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101411 TGAGGAGGCTCCTGAGCAGATTGCTTCTGTAGGACTGCTCAGTTCAAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCAGCAACACCAGAAGCAGCACTGTGGAGAGAAACCCTTAAAAAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101461 TTCAGCAACACCAGAAGCAGCACTGTGGAGAGAAACCCTTAAAAAGACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGGGCAGGGTCCCAGTTTTGAGGAGTTGCAAAGTTCACCTATCAGAGAA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101511 GAGGGCAGGGTCCCAGTTTTGAGGAGTTGCAAAGTTCACCTATCAGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTCCTTGCAAAGCAGGGAGGTTGGGAAGGCCCTCCTGATCAGCTCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101561 GTCCTTGCAAAGCAGGGAGGTTGGGAAGGCCCTCCTGATCAGCTCAGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCTCAAGCACCAGGTGACTCACACAGGAGAGAAGTCACATAGGAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101611 TTCTCAAGCACCAGGTGACTCACACAGGAGAGAAGTCACATAGGAGCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAAAGTAGGGAGGCCTTTCATGCTGGAAAAAGGCATTACAAATGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101661 AAAAGTAGGGAGGCCTTTCATGCTGGAAAAAGGCATTACAAATGCAGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATGTGGGAAAGCCTTTGGTCAGAAATATTTACTTGTTCAGCACCAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101711 ATGTGGGAAAGCCTTTGGTCAGAAATATTTACTTGTTCAGCACCAGAGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TACATGCTGGGAAAAAGACGTATGAATGCAGTGAATGTGGGAAGTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101761 TACATGCTGGGAAAAAGACGTATGAATGCAGTGAATGTGGGAAGTTATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGAGATATGTCCAACCTTTTTATACACCAAATAGTTCACACTGGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101811 AGAGATATGTCCAACCTTTTTATACACCAAATAGTTCACACTGGAGAAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCCTTACGGGTGTAGTAACTGTGGAAAATCCTTTAGCCGTAATGCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101861 GCCTTACGGGTGTAGTAACTGTGGAAAATCCTTTAGCCGTAATGCTCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCATTGAACACCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAAGCCTTTTACATGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101911 TCATTGAACACCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAAGCCTTTTACATGCAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAATGTGGAAAAGCTTTCAGGCATAATTCCACACTTGTTCAGCATCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101961 GAATGTGGAAAAGCTTTCAGGCATAATTCCACACTTGTTCAGCATCACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AATCCACACTGGAGTAAGGCCTTATGAGTGCAGTGAATGTGGAAAATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102011 AATCCACACTGGAGTAAGGCCTTATGAGTGCAGTGAATGTGGAAAATTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TTAGTTTCAACTCCAGCCTCATGAAACATCAGAGAGTTCACACTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 102061 TTAGTTTCAACTCCAGCCTCATGAAACATCAGAGAATTCACACTGGAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AGACCTTATAAGTGCAGTGAATGTGGAAAATTCTATAGCCACAAGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102111 AGACCTTATAAGTGCAGTGAATGTGGAAAATTCTATAGCCACAAGTCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCTTATCAAACATTGGCGTGTTCATACTGGAGAAAGGCCTTACAAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102161 CCTTATCAAACATTGGCGTGTTCATACTGGAGAAAGGCCTTACAAGTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GCGACTGTGGGAAATTTTTTACCCAATGCTCAAGCCTCATGCAACATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102211 GCGACTGTGGGAAATTTTTTACCCAATGCTCAAGCCTCATGCAACATCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AAAGTTCACACTGGAGAAAAGCCTTTTAAGTGCAATGAATGTGGGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102261 AAAGTTCACACTGGAGAAAAGCCTTTTAAGTGCAATGAATGTGGGAGATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CTTTAGAGAGAATTCCACCCTAGTTAGACATCAGAGGGTTCACACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102311 CTTTAGAGAGAATTCCACCCTAGTTAGACATCAGAGGGTTCACACTGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CAAAGCCTTATGAGTGCAGGGAATGTGGGAAATTTTTTAGCCAAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102361 CAAAGCCTTATGAGTGCAGGGAATGTGGGAAATTTTTTAGCCAAAGCTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 ACCCTCATGCAACATCGAAAAGTTCACATTGGAGAAAAGCCTTTTAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102411 ACCCTCATGCAACATCGAAAAGTTCACATTGGAGAAAAGCCTTTTAAGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CAATGAATGTGGGAGATTGTTTAGAGAGAATTCCAGCCTTGTTAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102461 CAATGAATGTGGGAGATTGTTTAGAGAGAATTCCAGCCTTGTTAAACATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AGAGGGTTCACACTGGAGCAAAGCCTTATGAGTGCAGGGAATGTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102511 AGAGGGTTCACACTGGAGCAAAGCCTTATGAGTGCAGGGAATGTGGGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TTTTTTCGCCACAACTCCAGTCTTTTTAAACATCGAAGGATTCACACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102561 TTTTTTCGCCACAACTCCAGTCTTTTTAAACATCGAAGGATTCACACTGG

   1400     .    :
   1383 AGAAATGCAG
        ||||||||||
 102611 AGAAATGCAG