seq1 = pF1KE1143.tfa, 1275 bp
seq2 = pF1KE1143/gi568815584f_93107292.tfa (gi568815584f:93107292_93327032), 219741 bp

>pF1KE1143 1275
>gi568815584f:93107292_93327032 (Chr14)

1-150  (100001-100150)   100% ->
151-284  (102533-102666)   100% ->
285-345  (103357-103417)   100% ->
346-441  (104741-104836)   100% ->
442-495  (107638-107691)   100% ->
496-601  (107885-107990)   100% ->
602-810  (111236-111444)   100% ->
811-960  (111921-112070)   100% ->
961-1123  (112958-113120)   100% ->
1124-1185  (115022-115083)   100% ->
1186-1275  (119652-119741)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGAGCCGAGGGCGCCGCTGGGCGGCAGTCGGAGCTGGAGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGAGCCGAGGGCGCCGCTGGGCGGCAGTCGGAGCTGGAGCCCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTATCGTTGGTCGACGTCCTTGAGGAGGACGAGGAGCTGGAGAATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTATCGTTGGTCGACGTCCTTGAGGAGGACGAGGAGCTGGAGAATGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTGCGCTGTCCTGGGCGGCAGCGACTCCGAGAAGTGCTCCTACTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTGCGCTGTCCTGGGCGGCAGCGACTCCGAGAAGTGCTCCTACTCTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151          GGCTCAGTAAAGAGACAAGCACTATATGCCTGTAGTACCTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTG...CAGGGCTCAGTAAAGAGACAAGCACTATATGCCTGTAGTACCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCCCAGAGGGAGAAGAACCAGCAGGAATTTGTTTAGCTTGCAGTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102574 CACCCCAGAGGGAGAAGAACCAGCAGGAATTTGTTTAGCTTGCAGTTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATGTCATGGAAGTCACAAACTATTTGAGCTATACACAAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102624 AATGTCATGGAAGTCACAAACTATTTGAGCTATACACAAAAAGGTA...C

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    285   AAATTTTCGTTGTGATTGTGGAAACAGCAAGTTTAAAAATTTGGAATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103355 AGAAATTTTCGTTGTGATTGTGGAAACAGCAAGTTTAAAAATTTGGAATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAATTACTTCCT         GACAAAGCAAAGGTAAATTCTGGCAATA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103405 CAAATTACTTCCTGTA...CAGGACAAAGCAAAGGTAAATTCTGGCAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTACAATGACAACTTTTTTGGATTGTACTGCATTTGCAAGAGACCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104769 AGTACAATGACAACTTTTTTGGATTGTACTGCATTTGCAAGAGACCTTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTGATCCTGAAGACGAG         ATTCCAGATGAGATGATCCAGTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104819 CCTGATCCTGAAGACGAGGTA...TAGATTCCAGATGAGATGATCCAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGTAGTCTGTGAAGACTGGTTCCATGGAAGG         CATCTTGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107661 CGTAGTCTGTGAAGACTGGTTCCATGGAAGGGTA...CAGCATCTTGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCATTCCCCCTGAGAGTGGGGATTTTCAGGAGATGGTATGCCAGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107895 CCATTCCCCCTGAGAGTGGGGATTTTCAGGAGATGGTATGCCAGGCCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGAAACGTTGTTCTTTTTTGTGGGCTTATGCTGCACAATTGGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 107945 ATGAAACGTTGTTCTTTTTTGTGGGCTTATGCTGCACAATTGGCAGGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    602      TAACCAAAATATCCACTGAGGATGATGGATTGGTGCGGAACATTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107995 ..CAGTAACCAAAATATCCACTGAGGATGATGGATTGGTGCGGAACATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGGAATAGGTGATCAGGAAGTTATCAAACCTGAAAATGGAGAGCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111281 ATGGAATAGGTGATCAGGAAGTTATCAAACCTGAAAATGGAGAGCATCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATAGTACCCTCAAAGAGGATGTTCCAGAACAGGGAAAGGATGATGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111331 GATAGTACCCTCAAAGAGGATGTTCCAGAACAGGGAAAGGATGATGTCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGGTTAAAGTAGAGCAGAACAGTGAACCATGTGCCGGCTCTAGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111381 GGAGGTTAAAGTAGAGCAGAACAGTGAACCATGTGCCGGCTCTAGTTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AATCTGATCTCCAG         ACAGTGTTTAAGAATGAAAGCCTCAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111431 AATCTGATCTCCAGGTA...CAGACAGTGTTTAAGAATGAAAGCCTCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCAGAATCAAAATCTGGCTGCAAACTTCAGGAGCTTAAAGCTAAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111948 GCAGAATCAAAATCTGGCTGCAAACTTCAGGAGCTTAAAGCTAAGCAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TATAAAGAAAGACACTGCCACCTATTGGCCCCTGAACTGGCGTAGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111998 TATAAAGAAAGACACTGCCACCTATTGGCCCCTGAACTGGCGTAGCAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGTGTACCTGCCAAGACTGTATG         AAAATGTATGGAGATCTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 112048 TGTGTACCTGCCAAGACTGTATGGTA...AAGAAAATGTATGGAGATCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GATGTCTTATTCCTGACAGATGAATACGACACAGTTCTGGCTTATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112976 GATGTCTTATTCCTGACAGATGAATACGACACAGTTCTGGCTTATGAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAAAGGGAAGATTGCCCAGGCCACTGACAGGAGCGATCCCCTAATGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113026 CAAAGGGAAGATTGCCCAGGCCACTGACAGGAGCGATCCCCTAATGGATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCCTTAGCAGCATGAATAGAGTCCAGCAAGTGGAACTCATTTGTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113076 CCCTTAGCAGCATGAATAGAGTCCAGCAAGTGGAACTCATTTGTGGTA..

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124     AATACAATGATTTGAAGACTGAACTTAAAGACTATCTCAAGAGATT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113126 .TAGAATACAATGATTTGAAGACTGAACTTAAAGACTATCTCAAGAGATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGCTGATGAAGGCACG         GTTGTTAAGAGAGAGGACATTCAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 115068 TGCTGATGAAGGCACGGTA...CAGGTTGTTAAGAGAGAGGACATTCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGTTCTTTGAAGAGTTTCAGTCAAAAAAGAGAAGAAGAGTGGATGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119677 AGTTCTTTGAAGAGTTTCAGTCAAAAAAGAGAAGAAGAGTGGATGGGATG

   1350     .    :    .
   1261 CAGTATTACTGCAGC
        |||||||||||||||
 119727 CAGTATTACTGCAGC