seq1 = pF1KE1138.tfa, 1116 bp
seq2 = pF1KE1138/gi568815581f_34861567.tfa (gi568815581f:34861567_35062682), 201116 bp

>pF1KE1138 1116
>gi568815581f:34861567_35062682 (Chr17)

1-1116  (100001-101116)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCTCCGCCTCCGCCCGGACTCCGGCAGGGAAGCGAGTGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCCTCCGCCTCCGCCCGGACTCCGGCAGGGAAGCGAGTGATAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGGAAGAATTGCGGCGGTTAATGAAGGAGAAGCAGCGTCTGAGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGGAAGAATTGCGGCGGTTAATGAAGGAGAAGCAGCGTCTGAGCACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCGGAAACGGATAGAATCTCCATTCGCGAAGTACAACCGTTTGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCGGAAACGGATAGAATCTCCATTCGCGAAGTACAACCGTTTGGGGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGAGTTGTGCCCTGTGTAACACTCCGGTTAAGAGCGAGCTCCTGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGAGTTGTGCCCTGTGTAACACTCCGGTTAAGAGCGAGCTCCTGTGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GACTCACGTCCTGGGAAAGCAGCACCGAGAGAAAGTGGCCGAGCTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GACTCACGTCCTGGGAAAGCAGCACCGAGAGAAAGTGGCCGAGCTGAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGCGAAGGAAGCCAGCCAGGGTTCGTCCGCCAGTTCAGCGCCTCAGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100251 GCGCGAAGGAAGCCAGCCAGGGTTCGTCCGCCAGTTCAGCGCCTCATTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCAAGAGGAAAGCGCCGGACGCAGACGACCAAGATGTCAAGAGAGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTCAAGAGGAAAGCGCCGGACGCAGACGACCAAGATGTCAAGAGAGCGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCCACCTTGGTGCCTCAGGTACAGCCCTCCACATCTGCGTGGACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCCACCTTGGTGCCTCAGGTACAGCCCTCCACATCTGCGTGGACCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACTTTGACAAAATAGGAAAGGAGTTCATTAGAGCGACTCCCAGTAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACTTTGACAAAATAGGAAAGGAGTTCATTAGAGCGACTCCCAGTAAGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCAGGACTCAGTTTACTCCCCGATTATGAAGATGAGGAGGAGGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCAGGACTCAGTTTACTCCCCGATTATGAAGATGAGGAGGAGGAGGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAGGAGGAAGGAGATGGAGAAAGAAAAAGGGGGGACGCCAGCAAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGAGGAGGAAGGAGATGGAGAAAGAAAAAGGGGGGACGCCAGCAAGCCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTCCGACGCACAGGGCAAGGAGCACTCAGTTTCCTCTTCACGGGAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCTCCGACGCACAGGGCAAGGAGCACTCAGTTTCCTCTTCACGGGAGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACAAGTAGTGTGCTGCCAAACGATTTCTTTAGTACTAATCCTCCCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACAAGTAGTGTGCTGCCAAACGATTTCTTTAGTACTAATCCTCCCAAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCCCATAATTCCTCATTCAGGGTCAATTGAGAAAGCAGAAATACATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCCCATAATTCCTCATTCAGGGTCAATTGAGAAAGCAGAAATACATGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAGTGGTGGAAAGGAGAGAAAACACCGCGGAAGCGTTACCGGAAGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAGTGGTGGAAAGGAGAGAAAACACCGCGGAAGCGTTACCGGAAGGTTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTGACGACCCTGAGGTAGATGCAAGAGTACGAAAGGTTGATGCTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTGACGACCCTGAGGTAGATGCAAGAGTACGAAAGGTTGATGCTCCAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGATCAGATGGACAAAGAGTGGGACGAATTCCAAAAAGCCATGAGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGATCAGATGGACAAAGAGTGGGACGAATTCCAAAAAGCCATGAGGCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCAACACTATTTCCGAAGCCATAGTTGCCGAAGAGGATGAGGAGGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCAACACTATTTCCGAAGCCATAGTTGCCGAAGAGGATGAGGAGGGACGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTGGACCGCCAGATTGGGGAGATCGATGAGCAGATAGAGTGTTACCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTGGACCGCCAGATTGGGGAGATCGATGAGCAGATAGAGTGTTACCGACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGTGGAAAAGCTACGGAATCGCCAGGATGAAATAAAAAATAAACTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGTGGAAAAGCTACGGAATCGCCAGGATGAAATAAAAAATAAACTTAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AAATCCTGACCATAAAAGAACTGCAGAAAAAGGAAGAAGAGAATGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AAATCCTGACCATAAAAGAACTGCAGAAAAAGGAAGAAGAGAATGCTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGCGATGATGAGGGGGAACTACAGGATTTGTTGTCTCAGGATTGGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGCGATGATGAGGGGGAACTACAGGATTTGTTGTCTCAGGATTGGAGGGT

   1100     .    :    .
   1101 GAAAGGGGCATTGTTA
        ||||||||||||||||
 101101 GAAAGGGGCATTGTTA