seq1 = pF1KE1136.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KE1136/gi568815586f_12808250.tfa (gi568815586f:12808250_13012536), 204287 bp

>pF1KE1136 1071
>gi568815586f:12808250_13012536 (Chr12)

1-922  (100001-100922)   100% ->
923-981  (103835-103893)   100% ->
982-1071  (104198-104287)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTACAACAGTCCCTGATGGTTGCCGCAATGGCCTGAAATCCAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTACAACAGTCCCTGATGGTTGCCGCAATGGCCTGAAATCCAAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACAGACTTTGTGATAAGGCTGAAGCTTGGGGCATCGTCCTAGAAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTACAGACTTTGTGATAAGGCTGAAGCTTGGGGCATCGTCCTAGAAACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCCACAGCCGGGGTTGTGACCTCGGTGGCCTTCATGCTCACTCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCCACAGCCGGGGTTGTGACCTCGGTGGCCTTCATGCTCACTCTCCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCTCGTCTGCAAGGTGCAGGACTCCAACAGGCGAAAAATGCTGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCCTCGTCTGCAAGGTGCAGGACTCCAACAGGCGAAAAATGCTGCCTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCAGTTTCTCTTCCTCCTGGGTGTGTTGGGCATCTTTGGCCTCACCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCAGTTTCTCTTCCTCCTGGGTGTGTTGGGCATCTTTGGCCTCACCTTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTTCATCATCGGACTGGACGGGAGCACAGGGCCCACACGCTTCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTTCATCATCGGACTGGACGGGAGCACAGGGCCCACACGCTTCTTCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGGGATCCTCTTTTCCATCTGCTTCTCCTGCCTGCTGGCTCATGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGGGATCCTCTTTTCCATCTGCTTCTCCTGCCTGCTGGCTCATGCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAGTCTGACCAAGCTCGTCCGGGGGAGGAAGCCCCTTTCCCTGTTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAGTCTGACCAAGCTCGTCCGGGGGAGGAAGCCCCTTTCCCTGTTGGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTCTGGGTCTGGCCGTGGGCTTCAGCCTAGTCCAGGATGTTATCGCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTCTGGGTCTGGCCGTGGGCTTCAGCCTAGTCCAGGATGTTATCGCTATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAATATATTGTCCTGACCATGAATAGGACCAACGTCAATGTCTTTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAATATATTGTCCTGACCATGAATAGGACCAACGTCAATGTCTTTTCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTTTCCGCTCCTCGTCGCAATGAAGACTTTGTCCTCCTGCTCACCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTTTCCGCTCCTCGTCGCAATGAAGACTTTGTCCTCCTGCTCACCTACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCTCTTCTTGATGGCGCTGACCTTCCTCATGTCCTCCTTCACCTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCTCTTCTTGATGGCGCTGACCTTCCTCATGTCCTCCTTCACCTTCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGTTCCTTCACGGGCTGGAAGAGACATGGGGCCCACATCTACCTCACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGTTCCTTCACGGGCTGGAAGAGACATGGGGCCCACATCTACCTCACGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTCCTCTCCATTGCCATCTGGGTGGCCTGGATCACCCTGCTCATGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTCCTCTCCATTGCCATCTGGGTGGCCTGGATCACCCTGCTCATGCTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTGACTTTGACCGCAGGTGGGATGACACCATCCTCAGCTCCGCCTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTGACTTTGACCGCAGGTGGGATGACACCATCCTCAGCTCCGCCTTGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCAATGGCTGGGTGTTCCTGTTGGCTTATGTTAGTCCCGAGTTTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCCAATGGCTGGGTGTTCCTGTTGGCTTATGTTAGTCCCGAGTTTTGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCTCACAAAGCAACGAAACCCCATGGATTATCCTGTTGAGGATGCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCTCACAAAGCAACGAAACCCCATGGATTATCCTGTTGAGGATGCTTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTAAACCTCAACTCGTGAAGAAGAGCTATGGTGTGGAGAACAGAGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTAAACCTCAACTCGTGAAGAAGAGCTATGGTGTGGAGAACAGAGCCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCTCAAGAGGAAATCACTCAAG         GTTTTGAAGAGACAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100901 TCTCAAGAGGAAATCACTCAAGGTA...CAGGTTTTGAAGAGACAGGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CACGCTCTATGCCCCCTATTCCACACATTTTCAGCTGCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103854 CACGCTCTATGCCCCCTATTCCACACATTTTCAGCTGCAGGTA...CAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACCAGCCTCCCCAAAAGGAATTCTCCATCCCACGGGCCCACGCTTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104199 ACCAGCCTCCCCAAAAGGAATTCTCCATCCCACGGGCCCACGCTTGGCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .
   1033 AGCCCTTACAAAGACTATGAAGTAAAGAAAGAGGGCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104249 AGCCCTTACAAAGACTATGAAGTAAAGAAAGAGGGCAGC