seq1 = pF1KE1133.tfa, 990 bp
seq2 = pF1KE1133/gi568815593r_160249171.tfa (gi568815593r:160249171_160470637), 221467 bp

>pF1KE1133 990
>gi568815593r:160249171_160470637 (Chr5)

(complement)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-379  (115618-115870)   100% ->
380-990  (120857-121467)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAAAACTATGCCTGGGGCCGACGCTCTGCCCGGCTGCTGCCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAAAACTATGCCTGGGGCCGACGCTCTGCCCGGCTGCTGCCGCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAAGCCGGGACGCGGAGCCCCGCCGAGAGCTTCTTTGCTCCGGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAAGCCGGGACGCGGAGCCCCGCCGAGAGCTTCTTTGCTCCGGACGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTGGACGTGGCGGGCAGCCGCGAGG         GTAACCACCATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 CCTGGACGTGGCGGGCAGCCGCGAGGGTG...CAGGTAACCACCATGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCTGGGTGCTCCTGGCCTGTGCCCTCCCCTGTGCTGCTGACCCACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115633 CCCTGGGTGCTCCTGGCCTGTGCCCTCCCCTGTGCTGCTGACCCACTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGCGCCTTTGCTCGCAGGGACTTCCGGAAAGGCTCCCCTCAACTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115683 TGGCGCCTTTGCTCGCAGGGACTTCCGGAAAGGCTCCCCTCAACTGGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAGCCTGCCTGGCCCCCAGGGCCCACCCGGCCCCCCAGGAGCCCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115733 GCAGCCTGCCTGGCCCCCAGGGCCCACCCGGCCCCCCAGGAGCCCCAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCTCAGGAATGATGGGACGAATGGGCTTTCCTGGCAAAGACGGCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115783 CCCTCAGGAATGATGGGACGAATGGGCTTTCCTGGCAAAGACGGCCAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGACACGACGGCGACCGGGGGGACAGCGGAGAGGAAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 115833 TGGACACGACGGCGACCGGGGGGACAGCGGAGAGGAAGGTA...CAGGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACCTGGCCGGACAGGTAACCGGGGAAAGCCAGGACCAAAGGGCAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120860 CACCTGGCCGGACAGGTAACCGGGGAAAGCCAGGACCAAAGGGCAAAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGGCCATTGGGCGGGCTGGCCCCCGTGGCCCCAAGGGGGTCAACGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120910 GGGGCCATTGGGCGGGCTGGCCCCCGTGGCCCCAAGGGGGTCAACGGTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCCCGGGAAGCATGGCACACCAGGCAAGAAGGGGCCCAAGGGCAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120960 CCCCGGGAAGCATGGCACACCAGGCAAGAAGGGGCCCAAGGGCAAGAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGGAGCCAGGCCTCCCAGGCCCCTGCAGCTGTGGCAGTGGCCATACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121010 GGGAGCCAGGCCTCCCAGGCCCCTGCAGCTGTGGCAGTGGCCATACCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCAGCTTTCTCGGTGGCAGTGACCAAGAGCTACCCACGGGAGCGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121060 TCAGCTTTCTCGGTGGCAGTGACCAAGAGCTACCCACGGGAGCGGCTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CATCAAGTTTGACAAGATTCTGATGAACGAGGGTGGCCACTACAATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121110 CATCAAGTTTGACAAGATTCTGATGAACGAGGGTGGCCACTACAATGCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCAGCGGCAAGTTCGTCTGCGGCGTGCCTGGGATCTACTACTTCACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121160 CCAGCGGCAAGTTCGTCTGCGGCGTGCCTGGGATCTACTACTTCACCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GACATCACGCTGGCCAACAAGCACCTGGCCATCGGCCTGGTGCACAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121210 GACATCACGCTGGCCAACAAGCACCTGGCCATCGGCCTGGTGCACAACGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCAGTACCGCATCCGGACCTTTGATGCCAACACCGGCAACCACGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121260 CCAGTACCGCATCCGGACCTTTGATGCCAACACCGGCAACCACGATGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CCTCAGGCTCCACCATCCTGGCTCTCAAGCAGGGTGACGAAGTTTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121310 CCTCAGGCTCCACCATCCTGGCTCTCAAGCAGGGTGACGAAGTTTGGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CAGATCTTCTACTCAGAGCAGAACGGGCTCTTCTATGACCCTTACTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121360 CAGATCTTCTACTCAGAGCAGAACGGGCTCTTCTATGACCCTTACTGGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGACAGCCTCTTTACGGGCTTCCTAATCTATGCCGACCAGGATGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121410 AGACAGCCTCTTTACGGGCTTCCTAATCTATGCCGACCAGGATGACCCCA

   1000     .
    983 ACGAGGTA
        ||||||||
 121460 ACGAGGTA