seq1 = pF1KE1126.tfa, 1893 bp
seq2 = pF1KE1126/gi568815581f_19311409.tfa (gi568815581f:19311409_19516172), 204764 bp

>pF1KE1126 1893
>gi568815581f:19311409_19516172 (Chr17)

1-57  (100001-100058)   96% ->
58-95  (100225-100262)   100% ->
96-381  (101090-101375)   100% ->
382-588  (101530-101736)   100% ->
589-720  (101872-102003)   100% ->
721-825  (102169-102273)   100% ->
826-876  (102687-102737)   100% ->
877-933  (103041-103097)   100% ->
934-1008  (103178-103252)   100% ->
1009-1126  (103362-103479)   100% ->
1127-1296  (103630-103799)   100% ->
1297-1350  (103878-103931)   100% ->
1351-1425  (104110-104184)   100% ->
1426-1893  (104297-104764)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAAGGCCCGCCTTGTCAGTCACTTCCTTTTGTCATCGGCTTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAAGGCCCGCCTTGTCAGTCACTTCCTTTTGTCATCGGCTTGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACGGG AG         AGAAAACAGAGCTTCATGGGAAACAGCGGCAAC
        |||||-| >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACGGGCAAGTC...GAGAGAAAACAGAGCTTCATGGGAAACAGCGGCAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 AGTTG         GTCCCATACACCTTTCCCCAAGTTGGAGCTAGGCCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100258 AGTTGGTA...CAGGTCCCATACACCTTTCCCCAAGTTGGAGCTAGGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    132 GGGGCCCCAGCCCATGGCGCCCCGGGAGCTCCCTACCTGCTCCATCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101126 GGGGCCCCAGCCCATGGCGCCCCGGGAGCTCCCTACCTGCTCCATCTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    182 TGGAGAGGTTGCGCGACCCCATCTCGCTGGACTGTGGCCACGACTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101176 TGGAGAGGTTGCGCGACCCCATCTCGCTGGACTGTGGCCACGACTTCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 ATACGGTGCTTCAGCACACACCGTCTCCCGGGCTGTGAGCCGCCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101226 ATACGGTGCTTCAGCACACACCGTCTCCCGGGCTGTGAGCCGCCCTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 TCCTGAGTGCCGGAAGATATGCAAGCAGAAGAGGGGCCTCCGGAGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101276 TCCTGAGTGCCGGAAGATATGCAAGCAGAAGAGGGGCCTCCGGAGCCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 GCGAGAAGATGAAGCTCCTGCCGCAGCGGCCGCTGCCCCCTGCACTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101326 GCGAGAAGATGAAGCTCCTGCCGCAGCGGCCGCTGCCCCCTGCACTGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382          GAGACGTGTCCTGTGAGGGCGGAGCCGCTGCTGCTGGTTCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101376 GTC...CAGGAGACGTGTCCTGTGAGGGCGGAGCCGCTGCTGCTGGTTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423 CATCAATGCCTCTGGGGGCCTCATCCTTAGGATGGGGGCCATCAACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101571 CATCAATGCCTCTGGGGGCCTCATCCTTAGGATGGGGGCCATCAACCGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 GCCTGAAGCACCCTCTGGCCAGGGACACCCCAGTCTGCCTCCTCGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101621 GCCTGAAGCACCCTCTGGCCAGGGACACCCCAGTCTGCCTCCTCGCTGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523 CTGGGGGAGCAGCACTCAGGGAAGTCCTTCCTCCTCAACCATTTGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101671 CTGGGGGAGCAGCACTCAGGGAAGTCCTTCCTCCTCAACCATTTGCTTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573 GGGCTTGCCGGGCCTG         GAGTCTGGTGAGGGCGGCCGGCCAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101721 GGGCTTGCCGGGCCTGGTG...CAGGAGTCTGGTGAGGGCGGCCGGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 GAGGAGGAGAGGCATCCCTGCAGGGCTGCAGGTGGGGCGCCAATGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101897 GAGGAGGAGAGGCATCCCTGCAGGGCTGCAGGTGGGGCGCCAATGGCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664 GCCAGGGGCATATGGATGTGGAGCCACCCCTTCTTGCTGGGGAAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101947 GCCAGGGGCATATGGATGTGGAGCCACCCCTTCTTGCTGGGGAAAGAAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714 GAAGAAG         GTGGCGGTGTTCCTGGTGGACACAGGGGATGCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101997 GAAGAAGGTG...TAGGTGGCGGTGTTCCTGGTGGACACAGGGGATGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 TGAGCCCTGAGCTGAGCAGGGAAACAAGGATCAAGCTCTGTGCTCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102203 TGAGCCCTGAGCTGAGCAGGGAAACAAGGATCAAGCTCTGTGCTCTCACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805 ACGATGCTGAGCTCCTACCAG         ATCCTCAGCACCTCCCAGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102253 ACGATGCTGAGCTCCTACCAGGTG...CAGATCCTCAGCACCTCCCAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846 GCTGAAGGATACAGACCTGGACTATCTGGAG         ATGTTTGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102707 GCTGAAGGATACAGACCTGGACTATCTGGAGGTA...CAGATGTTTGTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    887 ACGTGGCCGAGGTGATGGGCAAGCATTATGGGATGGTGCCAATCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103051 ACGTGGCCGAGGTGATGGGCAAGCATTATGGGATGGTGCCAATCCAGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    934       CATCTGGACCTCTTAGTTCGTGACTCATCCCACCCCAACAAGGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103101 ...CAGCATCTGGACCTCTTAGTTCGTGACTCATCCCACCCCAACAAGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    978 AGGGCAGGGGCATGTAGGCAACATCTTCCAG         AGATTGTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103222 AGGGCAGGGGCATGTAGGCAACATCTTCCAGGTG...CAGAGATTGTCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1019 GCAGATACCCCAAGGTGCAGGAGCTGCTGCAAGGGAAGCGAGCCCGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103372 GCAGATACCCCAAGGTGCAGGAGCTGCTGCAAGGGAAGCGAGCCCGTTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1069 TGCCTCTTGCCTGCCCCAGGGAGGCGGCGGATGAACCAAGGCCATGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103422 TGCCTCTTGCCTGCCCCAGGGAGGCGGCGGATGAACCAAGGCCATGCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1119 CCCTGGTG         ACACAGATGATGACTTCCGCCACCTTCTGGGGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103472 CCCTGGTGGTG...CAGACACAGATGATGACTTCCGCCACCTTCTGGGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1160 CCTACGTCTCAGATGTGCTGAGTGCGGCCCCCCAGCACGCTAAGAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103663 CCTACGTCTCAGATGTGCTGAGTGCGGCCCCCCAGCACGCTAAGAGCCGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1210 TGCCAGGGGTACTGGAACGAGGGGCGCGCCGTGGCCAGGGGGGACAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103713 TGCCAGGGGTACTGGAACGAGGGGCGCGCCGTGGCCAGGGGGGACAGACG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1260 CCTACTCACGGGGCAGCAGCTAGCTCAGGAAATCAAG         AACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103763 CCTACTCACGGGGCAGCAGCTAGCTCAGGAAATCAAGGTG...CAGAACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TCTCAGGATGGATGGGGAGGACAGGGCCCGGTTTCACCTCTCCGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103882 TCTCAGGATGGATGGGGAGGACAGGGCCCGGTTTCACCTCTCCGGATGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351          ATGGCTGCTCAGCTGCACGACCTGAGGAAGGTGGAAGCTGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103932 GTA...CAGATGGCTGCTCAGCTGCACGACCTGAGGAAGGTGGAAGCTGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CAAGAGGGAGTTCGAGGAGTATGTGAGGCAGCAG         GACGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104151 CAAGAGGGAGTTCGAGGAGTATGTGAGGCAGCAGGTG...CAGGACGTAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CCACCAAGCGCATATTCTCTGCGCTGCGGGTCCTGCCAGACACCATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104304 CCACCAAGCGCATATTCTCTGCGCTGCGGGTCCTGCCAGACACCATGCGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 AACCTCCTCTCCACCCAGAAAGATGCCATTCTGGCCCGCCATGGTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104354 AACCTCCTCTCCACCCAGAAAGATGCCATTCTGGCCCGCCATGGTGTGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 CTTACTCTGCAAGGGGAGAGATCAGACCTTGGAGGCACTGGAAGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104404 CTTACTCTGCAAGGGGAGAGATCAGACCTTGGAGGCACTGGAAGCTGAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 TGCAGGCCACGGCCAAGGCCTTCATGGACTCCTACACGATGCGCTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104454 TGCAGGCCACGGCCAAGGCCTTCATGGACTCCTACACGATGCGCTTCTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 GGCCACCTAGCTGCTGTGGGGGGTGCTGTGGGGGCCGGGCTCATGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104504 GGCCACCTAGCTGCTGTGGGGGGTGCTGTGGGGGCCGGGCTCATGGGCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 GGCAGGGGGCGTGGTGGGTGCTGGCATGGCAGCAGCTGCACTGGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104554 GGCAGGGGGCGTGGTGGGTGCTGGCATGGCAGCAGCTGCACTGGCTGCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 AGGCTGGGATGGTGGCTGCTGGAGCTGCCGTGGGGGCCACAGGGGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104604 AGGCTGGGATGGTGGCTGCTGGAGCTGCCGTGGGGGCCACAGGGGCCGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 GTGGTTGGGGGTGGCGTGGGTGCTGGGTTGGCTGCCACAGTGGGCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104654 GTGGTTGGGGGTGGCGTGGGTGCTGGGTTGGCTGCCACAGTGGGCTGCAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 GGAGAAGGAGGAGGATGAGAGGCTTCTGGAAGGGGACCGAGAGCCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104704 GGAGAAGGAGGAGGATGAGAGGCTTCTGGAAGGGGACCGAGAGCCCCTTC

   2000     .    :
   1883 TCCAGGAAGAG
        |||||||||||
 104754 TCCAGGAAGAG