seq1 = pF1KE1124.tfa, 1407 bp
seq2 = pF1KE1124/gi568815582f_87875116.tfa (gi568815582f:87875116_88176658), 301543 bp

>pF1KE1124 1407
>gi568815582f:87875116_88176658 (Chr16)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-162  (105921-106012)   100% ->
163-362  (108945-109144)   100% ->
363-538  (130975-131150)   100% ->
539-778  (143313-143552)   99% ->
779-946  (152368-152535)   100% ->
947-1083  (157994-158130)   100% ->
1084-1155  (160208-160279)   100% ->
1156-1194  (162858-162896)   100% ->
1195-1338  (196954-197097)   100% ->
1339-1407  (201475-201543)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGTCGGAACACGACCTGGCCGATGTGGTTCAGATTGCAGTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGTCGGAACACGACCTGGCCGATGTGGTTCAGATTGCAGTGGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGAGCCCTGACCACCCAG         TTGTTTTGGAGAATCATGTAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 CCTGAGCCCTGACCACCCAGGTA...CAGTTGTTTTGGAGAATCATGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGACAGATGAAGACGAACCTGCTTTGAAACGCCAGCGACTAGAAATCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105942 TGACAGATGAAGACGAACCTGCTTTGAAACGCCAGCGACTAGAAATCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCCAGGATCCATCTATAAAG         TCATTCCTGTATTCCATCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105992 TGCCAGGATCCATCTATAAAGGTA...CAGTCATTCCTGTATTCCATCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCAGACAATCTGCTTGCGGTTGGATAGCATTGAAGCCAAATTGCAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108965 CCAGACAATCTGCTTGCGGTTGGATAGCATTGAAGCCAAATTGCAAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGAGGCTACTTGTAAATCCTTAGAAGAAAAGCTGGATCTGGTCACGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109015 TGGAGGCTACTTGTAAATCCTTAGAAGAAAAGCTGGATCTGGTCACGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCAGCACAGCCCCATCCAGGTCCCCATGGTGGCCGGCTCCCCTCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109065 AAGCAGCACAGCCCCATCCAGGTCCCCATGGTGGCCGGCTCCCCTCTCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCAACCCAGACGTGCAACAAAGTGCGATG         CGCTGTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109115 GGCAACCCAGACGTGCAACAAAGTGCGATGGTA...TAGCGCTGTGCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCGTCGGCAGAACACCATTGTGGTGAAGGTGCCGGGCCAAGAAGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130986 GGCGTCGGCAGAACACCATTGTGGTGAAGGTGCCGGGCCAAGAAGACAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACCACGAGGACGGGGAGAGCGGCTCGGAGGCCAGCGACTCTGTGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131036 CACCACGAGGACGGGGAGAGCGGCTCGGAGGCCAGCGACTCTGTGTCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGTGGGCAGGCGGGCAGTCAGAGCATCGGGAGCAACGTCACGCTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131086 CTGTGGGCAGGCGGGCAGTCAGAGCATCGGGAGCAACGTCACGCTCATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCTGAACTCGGAAG         AGGACTACCCCAATGGCACCTGGCTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 131136 CCCTGAACTCGGAAGGTG...CAGAGGACTACCCCAATGGCACCTGGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCGACGAGAACAACCCCGAGATGCGGGTACGCTGCGCCATCATCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143339 GGCGACGAGAACAACCCCGAGATGCGGGTACGCTGCGCCATCATCCCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGACATGCTGCACATCAGCACCAACTGCCGCACGGCTGAGAAGATGGCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 143389 CGACATGCTGCACATCAGCACCAACTGCCGCACGGCCGAGAAGATGGCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TAACGCTGCTGGACTACCTCTTCCACCGCGAGGTGCAGGCTGTGTCCAAC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143439 TCACGCTGCTGGACTACCTCTTCCACCGCGAGGTGCAGGCTGTGTCCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTCTCGGGGCAGGGCAAGCACGGGAAGAAGCAGCTGGACCCGCTCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143489 CTCTCGGGGCAGGGCAAGCACGGGAAGAAGCAGCTGGACCCGCTCACCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTACGGCATCCGGT         GTCACCTTTTCTATAAATTTGGCATCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 143539 CTACGGCATCCGGTGTA...CAGGTCACCTTTTCTATAAATTTGGCATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAGAATCCGACTGGTACCGAATCAAGCAGAGCATCGACTCCAAGTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152395 CAGAATCCGACTGGTACCGAATCAAGCAGAGCATCGACTCCAAGTGCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACGGCGTGGCGGCGCAAGCAGCGGGGCCAGAGCCTGGCGGTCAAGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152445 ACGGCGTGGCGGCGCAAGCAGCGGGGCCAGAGCCTGGCGGTCAAGAGCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTCGCGGAGAACGCCCAACTCGTCCTCCTACTGCCCTTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 152495 CTCGCGGAGAACGCCCAACTCGTCCTCCTACTGCCCTTCAGGTA...CAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCCGATGATGAGCACCCCACCTCCTGCCAGCGAGCTCCCGCAGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157994 AGCCGATGATGAGCACCCCACCTCCTGCCAGCGAGCTCCCGCAGCCACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCGCAGCCGCAGGCCCTGCACTACGCGCTGGCCAACGCACAGCAGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158044 CCGCAGCCGCAGGCCCTGCACTACGCGCTGGCCAACGCACAGCAGGTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GATCCACCAGATCGGAGAAGACGGACAGGTGCAAGTA         ATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 158094 GATCCACCAGATCGGAGAAGACGGACAGGTGCAAGTAGTA...CGGATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CACAGGGACACCTCCACATCGCCCAGGTGCCGCAGGGGGAGCAAGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160212 CACAGGGACACCTCCACATCGCCCAGGTGCCGCAGGGGGAGCAAGTCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATCACGCAGGACAGCGAG         GGCAACCTCCAGATCCATCACGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 160262 ATCACGCAGGACAGCGAGGTG...TAGGGCAACCTCCAGATCCATCACGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGGGCAGGACGGTCAG         GTGCTGCAGGGTGCACAGCTGATCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 162881 GGGGCAGGACGGTCAGGTG...CAGGTGCTGCAGGGTGCACAGCTGATCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCGTGGCCTCCTCGGACCCCGCGGCGGCGGGCGTGGATGGGTCGCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196979 CCGTGGCCTCCTCGGACCCCGCGGCGGCGGGCGTGGATGGGTCGCCACTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAGGGCAGCGACATCCAGGTTCAGTACGTGCAGCTGGCGCCAGTGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197029 CAGGGCAGCGACATCCAGGTTCAGTACGTGCAGCTGGCGCCAGTGAGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCACACGGCCGGGGCACAG         ACGGCCGAAGCCCTGCAGCCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 197079 CCACACGGCCGGGGCACAGGTG...CAGACGGCCGAAGCCCTGCAGCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1361 CGCTACAGCCGGAGATGCAGCTCGAGCACGGGGCCATCCAGATTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201497 CGCTACAGCCGGAGATGCAGCTCGAGCACGGGGCCATCCAGATTCAG