seq1 = pF1KE1123.tfa, 1368 bp
seq2 = pF1KE1123/gi568815595r_127981253.tfa (gi568815595r:127981253_128223724), 242472 bp

>pF1KE1123 1368
>gi568815595r:127981253_128223724 (Chr3)

(complement)

1-141  (100001-100141)   100% ->
142-228  (104311-104397)   100% ->
229-361  (110705-110837)   100% ->
362-513  (118801-118952)   100% ->
514-603  (122077-122166)   100% ->
604-753  (122981-123130)   100% ->
754-817  (124780-124843)   100% ->
818-1016  (126227-126425)   100% ->
1017-1119  (135917-136019)   100% ->
1120-1211  (141151-141242)   100% ->
1212-1368  (142316-142472)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGATTGAGGAGGTGAAGAGCACTACGAAGACGCAGCGCATCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGATTGAGGAGGTGAAGAGCACTACGAAGACGCAGCGCATCGCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCACAGCCACGTGAAAGGGCTGGGGCTGGACGAGAGCGGCTTGGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCACAGCCACGTGAAAGGGCTGGGGCTGGACGAGAGCGGCTTGGCCAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCGGCCTCAGGGCTTGTGGGCCAGGAGAACGCGCGAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100101 AGGCGGCCTCAGGGCTTGTGGGCCAGGAGAACGCGCGAGAGGTG...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCATGTGGCGTCATAGTAGAATTAATCAAAAGCAAGAAAATGGCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104311 GCATGTGGCGTCATAGTAGAATTAATCAAAAGCAAGAAAATGGCTGGAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCTGTCTTGTTGGCAGGACCTCCTGGAACTGGCAAG         ACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104361 AGCTGTCTTGTTGGCAGGACCTCCTGGAACTGGCAAGGTA...TAGACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCTGGCTCTGGCTATTGCTCAGGAGCTGGGTAGTAAGGTCCCCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110709 CTCTGGCTCTGGCTATTGCTCAGGAGCTGGGTAGTAAGGTCCCCTTCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAATGGTGGGGAGTGAAGTTTACTCAACTGAGATCAAGAAGACAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110759 CCAATGGTGGGGAGTGAAGTTTACTCAACTGAGATCAAGAAGACAGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTGATGGAGAACTTCCGCAGGGCCATTG         GGCTGCGAATAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110809 GCTGATGGAGAACTTCCGCAGGGCCATTGGTA...CAGGGCTGCGAATAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGAGACCAAGGAAGTTTATGAAGGTGAAGTCACAGAGCTAACTCCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118813 AGGAGACCAAGGAAGTTTATGAAGGTGAAGTCACAGAGCTAACTCCGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGACAGAGAATCCCATGGGAGGATATGGCAAAACCATTAGCCATGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118863 GAGACAGAGAATCCCATGGGAGGATATGGCAAAACCATTAGCCATGTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATAGGACTCAAAACAGCCAAAGGAACCAAACAGTTGAAA         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 118913 CATAGGACTCAAAACAGCCAAAGGAACCAAACAGTTGAAAGTG...TAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGACCCCAGCATTTTTGAAAGTTTGCAGAAAGAGCGAGTAGAAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122078 TGGACCCCAGCATTTTTGAAAGTTTGCAGAAAGAGCGAGTAGAAGCTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATGTGATTTACATTGAAGCCAACAGTGGGGCCGTGAAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 122128 GATGTGATTTACATTGAAGCCAACAGTGGGGCCGTGAAGGTA...CAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCAGGGCAGGTGTGATACCTATGCCACAGAATTCGACCTTGAAGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122983 GCAGGGCAGGTGTGATACCTATGCCACAGAATTCGACCTTGAAGCTGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGTATGTCCCCTTGCCAAAAGGGGATGTGCACAAAAAGAAAGAAATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123033 AGTATGTCCCCTTGCCAAAAGGGGATGTGCACAAAAAGAAAGAAATCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAAGATGTGACCTTGCATGACTTGGATGTGGCTAATGCGCGGCCCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 123083 CAAGATGTGACCTTGCATGACTTGGATGTGGCTAATGCGCGGCCCCAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    754        GGGGGACAAGATATCCTGTCCATGATGGGCCAGCTAATGAAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123133 A...CAGGGGGGACAAGATATCCTGTCCATGATGGGCCAGCTAATGAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAAAGAAGACAGAAATCACAG         ACAAACTTCGAGGGGAGATT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 124823 CAAAGAAGACAGAAATCACAGGTA...TAGACAAACTTCGAGGGGAGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AATAAGGTGGTGAACAAGTACATCGACCAGGGCATTGCTGAGCTGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126247 AATAAGGTGGTGAACAAGTACATCGACCAGGGCATTGCTGAGCTGGTCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGGTGTGCTGTTTGTTGATGAGGTCCACATGCTGGACATTGAGTGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126297 GGGTGTGCTGTTTGTTGATGAGGTCCACATGCTGGACATTGAGTGCTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCTACCTGCACCGCGCCCTGGAGTCTTCTATCGCTCCCATCGTCATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126347 CCTACCTGCACCGCGCCCTGGAGTCTTCTATCGCTCCCATCGTCATCTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCATCCAACCGAGGCAACTGTGTCATCAG         AGGCACTGAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 126397 GCATCCAACCGAGGCAACTGTGTCATCAGGTA...CAGAGGCACTGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CATCACATCCCCTCACGGCATCCCTCTTGACCTTCTGGACCGAGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135929 CATCACATCCCCTCACGGCATCCCTCTTGACCTTCTGGACCGAGTGATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TAATCCGGACCATGCTGTATACTCCACAGGAAATGAAACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 135979 TAATCCGGACCATGCTGTATACTCCACAGGAAATGAAACAGGTG...AAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATCATTAAAATCCGTGCCCAGACGGAAGGAATCAACATCAGTGAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141151 ATCATTAAAATCCGTGCCCAGACGGAAGGAATCAACATCAGTGAGGAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ACTGAACCACCTGGGGGAGATTGGCACCAAGACCACACTGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 141201 ACTGAACCACCTGGGGGAGATTGGCACCAAGACCACACTGAGGTG...TA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1212  GTACTCAGTGCAGCTGCTGACCCCGGCCAACTTGCTTGCTAAAATCAAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142315 GGTACTCAGTGCAGCTGCTGACCCCGGCCAACTTGCTTGCTAAAATCAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GGGAAGGACAGCATTGAGAAAGAGCATGTCGAAGAGATCAGTGAACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142365 GGGAAGGACAGCATTGAGAAAGAGCATGTCGAAGAGATCAGTGAACTTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTATGATGCCAAGTCCTCCGCCAAAATCCTGGCTGACCAGCAGGATAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142415 CTATGATGCCAAGTCCTCCGCCAAAATCCTGGCTGACCAGCAGGATAAGT

   1450     .
   1361 ACATGAAG
        ||||||||
 142465 ACATGAAG